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- PDB-9cbs: Crystal structure of Chaetomium thermophilum Gcn2 HisRS-like doma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cbs
タイトルCrystal structure of Chaetomium thermophilum Gcn2 HisRS-like domain, catalytic domain
要素non-specific serine/threonine protein kinase
キーワードTRANSLATION / stress response / gcn2 / tRNA-binding / regulatory
機能・相同性
機能・相同性情報


eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / DNA damage checkpoint signaling / non-specific serine/threonine protein kinase / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
eIF-2-alpha kinase Gcn2 / Histidyl tRNA synthetase-related domain / Anticodon binding domain of tRNAs / RWD domain / RWD domain profile. / RWD / RWD domain / Class II Histidinyl-tRNA synthetase (HisRS)-like catalytic core domain / Histidyl-tRNA synthetase / : ...eIF-2-alpha kinase Gcn2 / Histidyl tRNA synthetase-related domain / Anticodon binding domain of tRNAs / RWD domain / RWD domain profile. / RWD / RWD domain / Class II Histidinyl-tRNA synthetase (HisRS)-like catalytic core domain / Histidyl-tRNA synthetase / : / Anticodon-binding domain superfamily / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
non-specific serine/threonine protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermochaetoides thermophila (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Zhang, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK) 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / : 2024
タイトル: Gcn2 structurally mimics and functionally repurposes the HisRS enzyme for the integrated stress response.
著者: Bou-Nader, C. / Gaikwad, S. / Bahmanjah, S. / Zhang, F. / Hinnebusch, A.G. / Zhang, J.
履歴
登録2024年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年9月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年9月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: non-specific serine/threonine protein kinase
B: non-specific serine/threonine protein kinase
C: non-specific serine/threonine protein kinase
D: non-specific serine/threonine protein kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,4324
ポリマ-150,4324
非ポリマー00
1,38777
1
A: non-specific serine/threonine protein kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6081
ポリマ-37,6081
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: non-specific serine/threonine protein kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6081
ポリマ-37,6081
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
3
C: non-specific serine/threonine protein kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6081
ポリマ-37,6081
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
4
D: non-specific serine/threonine protein kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6081
ポリマ-37,6081
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)126.091, 132.554, 138.961
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 1037 through 1038 or resid 1040...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 1037 through 1038 or resid 1040...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 1037 through 1038 or resid 1040...
d_4ens_1(chain "D" and (resid 1037 through 1038 or resid 1040...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11LEULEUMSEMSEAA1037 - 10389 - 10
d_12ARGARGVALVALAA1040 - 104312 - 15
d_13ASPASPARGARGAA1045 - 105217 - 24
d_14HISHISVALVALAA1054 - 107626 - 48
d_15LEULEUASPASPAA1078 - 108050 - 52
d_16ASNASNPHEPHEAA1082 - 111954 - 91
d_17ASPASPASPASPAA112193
d_18ASPASPALAALAAA1124 - 114396 - 115
d_19ASPASPARGARGAA1145 - 1196117 - 168
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d_113ASNASNASPASPAA1253 - 1262225 - 234
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d_115THRTHRARGARGAA1285 - 1312257 - 284
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d_117PROPROPROPROAA1333305
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d_22ARGARGVALVALBB1040 - 104312 - 15
d_23ASPASPARGARGBB1045 - 105217 - 24
d_24HISHISVALVALBB1054 - 107626 - 48
d_25LEULEUASPASPBB1078 - 108050 - 52
d_26ASNASNPHEPHEBB1082 - 111954 - 91
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d_28ASPASPALAALABB1124 - 114396 - 115
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d_214VALVALVALVALBB1264 - 1283236 - 255
d_215THRTHRARGARGBB1285 - 1312257 - 284
d_216VALVALHISHISBB1314 - 1331286 - 303
d_217PROPROPROPROBB1333305
d_218ARGARGALAALABB1342 - 1356314 - 328
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d_32ARGARGVALVALCC1040 - 104312 - 15
d_33ASPASPARGARGCC1045 - 105217 - 24
d_34HISHISVALVALCC1054 - 107626 - 48
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d_37ASPASPASPASPCC112193
d_38ASPASPALAALACC1124 - 114396 - 115
d_39ASPASPARGARGCC1145 - 1196117 - 168
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d_311LYSLYSVALVALCC1215 - 1216187 - 188
d_312SERSERILEILECC1218 - 1251190 - 223
d_313ASNASNASPASPCC1253 - 1262225 - 234
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d_42ARGARGVALVALDD1040 - 104312 - 15
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d_44HISHISVALVALDD1054 - 107626 - 48
d_45LEULEUASPASPDD1078 - 108050 - 52
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d_47ASPASPASPASPDD112193
d_48ASPASPALAALADD1124 - 114396 - 115
d_49ASPASPARGARGDD1145 - 1196117 - 168
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d_417ARGARGALAALADD1342 - 1356314 - 328

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.00917028824804, -0.710790694439, -0.703343795389), (0.989562307742, -0.0947082303898, 0.108613029574), (-0.143813576933, -0.696998522089, 0.702503178139)-22.5532414095, 3.28234619145, -63.893044705
2given(-0.106413860496, -0.700410031383, 0.705763330184), (0.994300915309, -0.0703432438933, 0.0801094117696), (-0.00646375354546, 0.710265876962, 0.703903831438)-27.9777942105, 37.479117831, -12.783042264
3given(0.996430684258, -0.0129096172458, 0.0834220189879), (0.0834188636719, -0.000783638683682, -0.996514264371), (0.0129299904541, 0.999916360349, 0.00029606397129)30.4079317023, -30.4070758757, 34.7285470743

-
要素

#1: タンパク質
non-specific serine/threonine protein kinase


分子量: 37607.957 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermochaetoides thermophila (菌類)
遺伝子: CTHT_0028700 / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌)
参照: UniProt: G0S7T0, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.17 % / 解説: plates
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.15 M MgCl2, 0.15 M CaCl2, 100 mM HEPES pH 7.5, 20% v/v PEG 500 MME, and 5% PEG 20000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→50 Å / Num. obs: 65096 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 33.2 % / Biso Wilson estimate: 56.61 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.21 / Rpim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 48.1
反射 シェル解像度: 2.69→2.74 Å / 冗長度: 20 % / Rmerge(I) obs: 1.27 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique obs: 3228 / CC1/2: 0.916 / CC star: 0.978 / Rpim(I) all: 0.283 / % possible all: 93.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXD位相決定
PHENIX1.20.1-4487精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.69→35.49 Å / SU ML: 0.3207 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.38 / 位相誤差: 22.9015
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2096 1991 3.09 %
Rwork0.1769 62436 -
obs0.1779 64427 98.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 66.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.69→35.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10114 0 0 77 10191
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003710346
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.700714008
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04551557
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00691805
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.83951404
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.661752681539
ens_1d_3AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.690743317386
ens_1d_4AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.826758316119
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.69-2.760.31461380.25624107X-RAY DIFFRACTION92.62
2.76-2.830.2881300.23554336X-RAY DIFFRACTION97.21
2.83-2.920.2981460.23064353X-RAY DIFFRACTION98
2.92-3.010.29491450.23354406X-RAY DIFFRACTION98.4
3.01-3.120.26611300.22294416X-RAY DIFFRACTION99.08
3.12-3.240.2631480.21364464X-RAY DIFFRACTION99.46
3.24-3.390.26521360.20314485X-RAY DIFFRACTION99.55
3.39-3.570.22431390.19594463X-RAY DIFFRACTION99.76
3.57-3.790.21111530.17194482X-RAY DIFFRACTION99.94
3.79-4.080.18241370.1634519X-RAY DIFFRACTION99.83
4.08-4.490.15281440.13764519X-RAY DIFFRACTION100
4.49-5.140.16751450.13994544X-RAY DIFFRACTION99.98
5.14-6.470.2221430.18784594X-RAY DIFFRACTION99.98
6.47-35.490.17681570.15534748X-RAY DIFFRACTION99.49
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.95829175936-1.102649777910.4068551767121.79403238597-1.02023169392.42545348876-0.06039712422080.134286284171-0.270298054286-0.05593735330380.01021714250060.1238577615110.1606253395140.130116774280.06366886502030.370505973519-0.03747635531630.05744841083440.3277969714960.008964800846740.363666829369-46.676-29.25111.181
23.146938769480.322744018582-0.4984491698522.34134422302-0.1159209536131.02538584894-0.01412395003370.08202336815350.182571706343-0.03374297458280.05884985383640.1640198673360.05780064241640.0448852191535-0.03681972452420.379051975909-0.02651996719320.05053251780430.39878022211-0.03981015716650.311755566637-40.276-20.4696.494
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8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 1133:1163 )B1133 - 1163
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 1164:1188 )B1164 - 1188
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 1189:1221 )B1189 - 1221
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 1222:1259 )B1222 - 1259
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 1260:1303 )B1260 - 1303
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND RESID 1304:1331 )B1304 - 1331
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN B AND RESID 1332:1357 )B1332 - 1357
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN C AND RESID 1029:1053 )C1029 - 1053
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN C AND RESID 1054:1133 )C1054 - 1133
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN C AND RESID 1134:1163 )C1134 - 1163
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN C AND RESID 1164:1188 )C1164 - 1188
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN C AND RESID 1189:1221 )C1189 - 1221
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN C AND RESID 1222:1303 )C1222 - 1303
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN C AND RESID 1304:1331 )C1304 - 1331
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN C AND RESID 1332:1356 )C1332 - 1356
23X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN D AND RESID 1036:1105 )D1036 - 1105
24X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN D AND RESID 1106:1145 )D1106 - 1145
25X-RAY DIFFRACTION25( CHAIN D AND RESID 1146:1323 )D1146 - 1323
26X-RAY DIFFRACTION26( CHAIN D AND RESID 1324:1357 )D1324 - 1357

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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