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万見
- PDB-9cae: Cryo-EM structure of the reconstituted RuvBL lobe of the human TI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9cae
タイトルCryo-EM structure of the reconstituted RuvBL lobe of the human TIP60 complex (composite structure)
要素
  • Actin, cytoplasmic 1
  • Actin-like protein 6A
  • DNA methyltransferase 1-associated protein 1
  • E1A-binding protein p400,E1A-binding protein p400/Haloalkane dehalogenase chimera
  • Enhancer of polycomb homolog 1
  • RuvB-like 1
  • RuvB-like 2,RuvB-like 2/Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein chimera
  • Vacuolar protein sorting-associated protein 72 homolog
キーワードGENE REGULATION / histone acetyltransferase / chromatin regulator / transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


piccolo histone acetyltransferase complex / promoter-enhancer loop anchoring activity / telomerase RNA localization to Cajal body / positive regulation of norepinephrine uptake / regulation of DNA strand elongation / positive regulation of telomere maintenance in response to DNA damage / sperm DNA condensation / histone chaperone activity / establishment of protein localization to chromatin / cellular response to cytochalasin B ...piccolo histone acetyltransferase complex / promoter-enhancer loop anchoring activity / telomerase RNA localization to Cajal body / positive regulation of norepinephrine uptake / regulation of DNA strand elongation / positive regulation of telomere maintenance in response to DNA damage / sperm DNA condensation / histone chaperone activity / establishment of protein localization to chromatin / cellular response to cytochalasin B / R2TP complex / bBAF complex / npBAF complex / regulation of transepithelial transport / nBAF complex / brahma complex / dynein axonemal particle / morphogenesis of a polarized epithelium / neural retina development / protein localization to adherens junction / postsynaptic actin cytoskeleton / Swr1 complex / structural constituent of postsynaptic actin cytoskeleton / protein antigen binding / Formation of the dystrophin-glycoprotein complex (DGC) / GBAF complex / Formation of annular gap junctions / Tat protein binding / Gap junction degradation / regulation of G0 to G1 transition / Folding of actin by CCT/TriC / Cell-extracellular matrix interactions / dense body / RPAP3/R2TP/prefoldin-like complex / chromatin-protein adaptor activity / Ino80 complex / regulation of nucleotide-excision repair / Prefoldin mediated transfer of substrate to CCT/TriC / RSC-type complex / apical protein localization / regulation of double-strand break repair / blastocyst formation / box C/D snoRNP assembly / adherens junction assembly / RHOF GTPase cycle / Adherens junctions interactions / tight junction / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / protein folding chaperone complex / Interaction between L1 and Ankyrins / SWI/SNF complex / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / positive regulation of T cell differentiation / regulation of norepinephrine uptake / transporter regulator activity / apical junction complex / nitric-oxide synthase binding / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / positive regulation of double-strand break repair / spinal cord development / maintenance of blood-brain barrier / regulation of chromosome organization / NuA4 histone acetyltransferase complex / negative regulation of gene expression, epigenetic / establishment or maintenance of cell polarity / cortical cytoskeleton / spermatid development / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / positive regulation of stem cell population maintenance / Transcriptional Regulation by E2F6 / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / Recycling pathway of L1 / regulation of synaptic vesicle endocytosis / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / regulation of DNA replication / TFIID-class transcription factor complex binding / brush border / regulation of embryonic development / kinesin binding / MLL1 complex / somatic stem cell population maintenance / Telomere Extension By Telomerase / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / negative regulation of cell differentiation / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / enzyme-substrate adaptor activity / positive regulation of myoblast differentiation / RHO GTPases activate IQGAPs / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / regulation of DNA repair / regulation of protein localization to plasma membrane / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / DNA helicase activity / cytoskeleton organization / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / EPHB-mediated forward signaling / TBP-class protein binding / substantia nigra development / calyx of Held
類似検索 - 分子機能
Enhancer of polycomb, C-terminal / Enhancer of Polycomb C-terminus / DNA methyltransferase 1-associated 1 / DNA methyltransferase 1-associated protein 1 (DMAP1) / E1A-binding protein p400, N-terminal / E1A-binding protein p400, N-terminal / SWR1-complex protein 4/DNA methyltransferase 1-associated protein 1 / DAMP1, SANT/Myb-like domain / SANT/Myb-like domain of DAMP1 / Enhancer of polycomb protein ...Enhancer of polycomb, C-terminal / Enhancer of Polycomb C-terminus / DNA methyltransferase 1-associated 1 / DNA methyltransferase 1-associated protein 1 (DMAP1) / E1A-binding protein p400, N-terminal / E1A-binding protein p400, N-terminal / SWR1-complex protein 4/DNA methyltransferase 1-associated protein 1 / DAMP1, SANT/Myb-like domain / SANT/Myb-like domain of DAMP1 / Enhancer of polycomb protein / Vps72/YL1, N-terminal / YL1 nuclear protein / Vps72/YL1, C-terminal / YL1 nuclear protein C-terminal domain / YL1 nuclear protein C-terminal domain / Myb-like domain profile. / domain in helicases and associated with SANT domains / RuvB-like / RuvB-like, AAA-lid domain / RuvBL1/2, DNA/RNA binding domain / TIP49 P-loop domain / TIP49 AAA-lid domain / TIP49, P-loop domain / HSA domain / Helicase/SANT-associated domain / HSA domain profile. / Enhancer of polycomb-like, N-terminal / Enhancer of polycomb-like / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / SANT/Myb domain / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family / Actin / Helicase conserved C-terminal domain / ATPase, nucleotide binding domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / Actin-like protein 6A / Actin, cytoplasmic 1 / Vacuolar protein sorting-associated protein 72 homolog / E1A-binding protein p400 / Enhancer of polycomb homolog 1 / DNA methyltransferase 1-associated protein 1 / RuvB-like 2 / RuvB-like 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Rhodococcus rhodochrous (バクテリア)
Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.07 Å
データ登録者Louder, R.K. / Park, G. / Patel, A.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural divergence of H2A.Z-associated human chromatin remodelers SRCAP and TIP60
著者: Park, G. / Patel, A.B. / Wu, C. / Louder, R.K.
履歴
登録2024年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月18日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月18日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E1A-binding protein p400,E1A-binding protein p400/Haloalkane dehalogenase chimera
B: Vacuolar protein sorting-associated protein 72 homolog
C: Enhancer of polycomb homolog 1
E: RuvB-like 1
F: RuvB-like 2,RuvB-like 2/Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein chimera
G: RuvB-like 1
H: RuvB-like 2,RuvB-like 2/Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein chimera
I: RuvB-like 1
J: RuvB-like 2,RuvB-like 2/Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein chimera
L: Actin, cytoplasmic 1
M: Actin-like protein 6A
N: DNA methyltransferase 1-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)962,14228
ポリマ－957,76112
非ポリマー4,38016
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 8種, 12分子 ABCEGIFHJLMN

#1: タンパク質 E1A-binding protein p400,E1A-binding protein p400/Haloalkane dehalogenase chimera / CAG repeat protein 32 / Domino homolog / hDomino / Trinucleotide repeat-containing gene 12 protein ...CAG repeat protein 32 / Domino homolog / hDomino / Trinucleotide repeat-containing gene 12 protein / p400 kDa SWI2/SNF2-related protein


分子量: 312752.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Rhodococcus rhodochrous (バクテリア)
遺伝子: EP400, CAGH32, KIAA1498, KIAA1818, TNRC12, dhaA / プラスミド: pHOE / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q96L91, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与, haloalkane dehalogenase
#2: タンパク質 Vacuolar protein sorting-associated protein 72 homolog / Protein YL-1 / Transcription factor-like 1


分子量: 40658.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VPS72, TCFL1, YL1 / プラスミド: pHOE / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15906
#3: タンパク質 Enhancer of polycomb homolog 1


分子量: 29563.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPC1 / プラスミド: pHOE / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H2F5
#4: タンパク質 RuvB-like 1 / 49 kDa TATA box-binding protein-interacting protein / 49 kDa TBP-interacting protein / 54 kDa ...49 kDa TATA box-binding protein-interacting protein / 49 kDa TBP-interacting protein / 54 kDa erythrocyte cytosolic protein / ECP-54 / INO80 complex subunit H / Nuclear matrix protein 238 / NMP 238 / Pontin 52 / TIP49a / TIP60-associated protein 54-alpha / TAP54-alpha


分子量: 50296.914 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RUVBL1, INO80H, NMP238, TIP49, TIP49A / プラスミド: pHOE / 細胞株 (発現宿主): expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y265, DNA helicase
#5: タンパク質 RuvB-like 2,RuvB-like 2/Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein chimera / 48 kDa TATA box-binding protein-interacting protein / 48 kDa TBP-interacting protein / 51 kDa ...48 kDa TATA box-binding protein-interacting protein / 48 kDa TBP-interacting protein / 51 kDa erythrocyte cytosolic protein / ECP-51 / INO80 complex subunit J / Repressing pontin 52 / Reptin 52 / TIP49b / TIP60-associated protein 54-beta / TAP54-beta


分子量: 93837.578 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌)
遺伝子: RUVBL2, INO80J, TIP48, TIP49B, CGI-46, malE, b4034, JW3994
プラスミド: pHOE / 細胞株 (発現宿主): expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y230, DNA helicase
#6: タンパク質 Actin, cytoplasmic 1 / Beta-actin


分子量: 41782.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACTB / プラスミド: pHOE / 細胞株 (発現宿主): expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P60709
#7: タンパク質 Actin-like protein 6A / 53 kDa BRG1-associated factor A / Actin-related protein Baf53a / ArpNbeta / BRG1-associated factor ...53 kDa BRG1-associated factor A / Actin-related protein Baf53a / ArpNbeta / BRG1-associated factor 53A / BAF53A / INO80 complex subunit K


分子量: 47509.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACTL6A, BAF53, BAF53A, INO80K / プラスミド: pHOE / 細胞株 (発現宿主): expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O96019
#8: タンパク質 DNA methyltransferase 1-associated protein 1 / DNMAP1 / DNMT1-associated protein 1


分子量: 53090.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DMAP1, KIAA1425 / プラスミド: pHOE / 細胞株 (発現宿主): expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NPF5

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非ポリマー , 2種, 16分子

#9: 化合物
ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#10: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Reconstituted RUVBL lobe of the TIP60 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#8 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.70 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 株: expi293 / プラスミド: pHOE
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
2PHENIX1.21_5207モデル精密化
5CTFFINDCTF補正
10RELION初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
12RELION分類
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.07 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 45284 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 58.92 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.003134579
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.546546733
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0435327
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00695974
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.625113250

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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