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- EMDB-45388: Cryo-EM structure of the reconstituted RuvBL lobe of the human TI... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-45388
タイトルCryo-EM structure of the reconstituted RuvBL lobe of the human TIP60 complex (composite structure)
マップデータ
試料
  • 複合体: Reconstituted RUVBL lobe of the TIP60 complex
    • タンパク質・ペプチド: E1A-binding protein p400,E1A-binding protein p400/Haloalkane dehalogenase chimera
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associated protein 72 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Enhancer of polycomb homolog 1
    • タンパク質・ペプチド: RuvB-like 1
    • タンパク質・ペプチド: RuvB-like 2,RuvB-like 2/Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein chimera
    • タンパク質・ペプチド: Actin, cytoplasmic 1
    • タンパク質・ペプチド: Actin-like protein 6A
    • タンパク質・ペプチド: DNA methyltransferase 1-associated protein 1
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードhistone acetyltransferase / chromatin regulator / transcription regulation / GENE REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


piccolo histone acetyltransferase complex / promoter-enhancer loop anchoring activity / telomerase RNA localization to Cajal body / regulation of DNA strand elongation / positive regulation of telomere maintenance in response to DNA damage / sperm DNA condensation / positive regulation of norepinephrine uptake / histone chaperone activity / establishment of protein localization to chromatin / R2TP complex ...piccolo histone acetyltransferase complex / promoter-enhancer loop anchoring activity / telomerase RNA localization to Cajal body / regulation of DNA strand elongation / positive regulation of telomere maintenance in response to DNA damage / sperm DNA condensation / positive regulation of norepinephrine uptake / histone chaperone activity / establishment of protein localization to chromatin / R2TP complex / dynein axonemal particle / cellular response to cytochalasin B / bBAF complex / neural retina development / npBAF complex / nBAF complex / brahma complex / regulation of transepithelial transport / Swr1 complex / Formation of annular gap junctions / morphogenesis of a polarized epithelium / Formation of the dystrophin-glycoprotein complex (DGC) / structural constituent of postsynaptic actin cytoskeleton / RPAP3/R2TP/prefoldin-like complex / Gap junction degradation / GBAF complex / Folding of actin by CCT/TriC / regulation of G0 to G1 transition / protein localization to adherens junction / Cell-extracellular matrix interactions / dense body / postsynaptic actin cytoskeleton / protein antigen binding / Tat protein binding / Ino80 complex / chromatin-protein adaptor activity / blastocyst formation / Prefoldin mediated transfer of substrate to CCT/TriC / RSC-type complex / regulation of double-strand break repair / regulation of nucleotide-excision repair / Adherens junctions interactions / RHOF GTPase cycle / adherens junction assembly / apical protein localization / box C/D snoRNP assembly / protein folding chaperone complex / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / Interaction between L1 and Ankyrins / tight junction / SWI/SNF complex / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / positive regulation of T cell differentiation / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / apical junction complex / positive regulation of double-strand break repair / regulation of norepinephrine uptake / spinal cord development / negative regulation of gene expression, epigenetic / transporter regulator activity / maintenance of blood-brain barrier / regulation of chromosome organization / nitric-oxide synthase binding / cortical cytoskeleton / Transcriptional Regulation by E2F6 / NuA4 histone acetyltransferase complex / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / establishment or maintenance of cell polarity / positive regulation of stem cell population maintenance / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / Recycling pathway of L1 / TFIID-class transcription factor complex binding / regulation of DNA replication / brush border / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / MLL1 complex / regulation of embryonic development / Telomere Extension By Telomerase / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / somatic stem cell population maintenance / kinesin binding / negative regulation of cell differentiation / spermatid development / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / regulation of synaptic vesicle endocytosis / enzyme-substrate adaptor activity / positive regulation of myoblast differentiation / RHO GTPases activate IQGAPs / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / regulation of DNA repair / regulation of protein localization to plasma membrane / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / EPHB-mediated forward signaling / cytoskeleton organization / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / substantia nigra development / telomere maintenance / DNA helicase activity / transcription initiation-coupled chromatin remodeling
類似検索 - 分子機能
Enhancer of polycomb, C-terminal / Enhancer of Polycomb C-terminus / DNA methyltransferase 1-associated 1 / DNA methyltransferase 1-associated protein 1 (DMAP1) / E1A-binding protein p400, N-terminal / E1A-binding protein p400, N-terminal / SWR1-complex protein 4/DNA methyltransferase 1-associated protein 1 / DAMP1, SANT/Myb-like domain / SANT/Myb-like domain of DAMP1 / Enhancer of polycomb protein ...Enhancer of polycomb, C-terminal / Enhancer of Polycomb C-terminus / DNA methyltransferase 1-associated 1 / DNA methyltransferase 1-associated protein 1 (DMAP1) / E1A-binding protein p400, N-terminal / E1A-binding protein p400, N-terminal / SWR1-complex protein 4/DNA methyltransferase 1-associated protein 1 / DAMP1, SANT/Myb-like domain / SANT/Myb-like domain of DAMP1 / Enhancer of polycomb protein / Vps72/YL1, N-terminal / YL1 nuclear protein / Vps72/YL1, C-terminal / YL1 nuclear protein C-terminal domain / YL1 nuclear protein C-terminal domain / Myb-like domain profile. / domain in helicases and associated with SANT domains / RuvB-like / RuvB-like, AAA-lid domain / RuvBL1/2, DNA/RNA binding domain / TIP49 P-loop domain / TIP49 AAA-lid domain / TIP49, P-loop domain / HSA domain / Helicase/SANT-associated domain / HSA domain profile. / Enhancer of polycomb-like, N-terminal / Enhancer of polycomb-like / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / SANT/Myb domain / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family / Actin / Helicase conserved C-terminal domain / ATPase, nucleotide binding domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Actin-like protein 6A / Actin, cytoplasmic 1 / Vacuolar protein sorting-associated protein 72 homolog / E1A-binding protein p400 / Enhancer of polycomb homolog 1 / DNA methyltransferase 1-associated protein 1 / RuvB-like 2 / RuvB-like 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Rhodococcus rhodochrous (バクテリア) / Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.07 Å
データ登録者Louder RK / Park G / Patel AB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural divergence of H2A.Z-associated human chromatin remodelers SRCAP and TIP60
著者: Park G / Patel AB / Wu C / Louder RK
履歴
登録2024年6月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月18日-
マップ公開2025年6月18日-
更新2025年6月18日-
現状2025年6月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_45388.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_45388.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 480 pix.
= 348.48 Å		0.73 Å/pix.
x 480 pix.
= 348.48 Å		0.73 Å/pix.
x 480 pix.
= 348.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.726 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.111586526 - 2.3134916
平均 (標準偏差)0.0012211315 (±0.022764562)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 348.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Reconstituted RUVBL lobe of the TIP60 complex

全体名称: Reconstituted RUVBL lobe of the TIP60 complex
要素
  • 複合体: Reconstituted RUVBL lobe of the TIP60 complex
    • タンパク質・ペプチド: E1A-binding protein p400,E1A-binding protein p400/Haloalkane dehalogenase chimera
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associated protein 72 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Enhancer of polycomb homolog 1
    • タンパク質・ペプチド: RuvB-like 1
    • タンパク質・ペプチド: RuvB-like 2,RuvB-like 2/Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein chimera
    • タンパク質・ペプチド: Actin, cytoplasmic 1
    • タンパク質・ペプチド: Actin-like protein 6A
    • タンパク質・ペプチド: DNA methyltransferase 1-associated protein 1
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Reconstituted RUVBL lobe of the TIP60 complex

超分子名称: Reconstituted RUVBL lobe of the TIP60 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 700 KDa

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分子 #1: E1A-binding protein p400,E1A-binding protein p400/Haloalkane deha...

分子名称: E1A-binding protein p400,E1A-binding protein p400/Haloalkane dehalogenase chimera
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Rhodococcus rhodochrous (バクテリア)
分子量理論値: 312.752844 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MALHVPTPGK VQVQASQLSS LPQMVASTRL PVDPAPPCPR PLPTSSTSSL APVSGSGPGP SPARSSPVNR PSSATNKALS PVTSRTPGV VASAPTKPQS PAQNATSSQD SSQDTLTEQI TLENQVHQRI AELRKAGLWS QRRLPKLQEA PRPKSHWDYL L EEMQWMAT ...文字列:
MALHVPTPGK VQVQASQLSS LPQMVASTRL PVDPAPPCPR PLPTSSTSSL APVSGSGPGP SPARSSPVNR PSSATNKALS PVTSRTPGV VASAPTKPQS PAQNATSSQD SSQDTLTEQI TLENQVHQRI AELRKAGLWS QRRLPKLQEA PRPKSHWDYL L EEMQWMAT DFAQERRWKV AAAKKLVRTV VRHHEEKQLR EERGKKEEQS RLRRIAASTA REIECFWSNI EQVVEIKLRV EL EEKRKKA LNLQKVSRRG KELRPKGFDA LQESSLDSGM SGRKRKASIS LTDDEVDDEE ETIEEEEANE GVVDHQTELS NLA KEAELP LLDLMKLYEG AFLPSSQWPR PKPDGEDTSG EEDADDCPGD RESRKDLVLI DSLFIMDQFK AAERMNIGKP NAKD IADVT AVAEAILPKG SARVTTSVKF NAPSLLYGAL RDYQKIGLDW LAKLYRKNLN GILADEAGLG KTVQIIAFFA HLACN EGNW GPHLVVVRSC NILKWELELK RWCPGLKILS YIGSHRELKA KRQEWAEPNS FHVCITSYTQ FFRGLTAFTR VRWKCL VID EMQRVKGMTE RHWEAVFTLQ SQQRLLLIDS PLHNTFLELW TMVHFLVPGI SRPYLSSPLR APSEESQDYY HKVVIRL HR VTQPFILRRT KRDVEKQLTK KYEHVLKCRL SNRQKALYED VILQPGTQEA LKSGHFVNVL SILVRLQRIC NHPGLVEP R HPGSSYVAGP LEYPSASLIL KALERDFWKE ADLSMFDLIG LENKITRHEA ELLSKKKIPR KLMEEISTSA APAARPAAA KLKASRLFQP VQYGQKPEGR TVAFPSTHPP RTAAPTTASA APQGPLRGRP PIATFSANPE AKAAAAPFQT SQASASAPRH QPASASSTA ASPAHPAKLR AQTTAQASTP GQPPPQPQAP SHAAGQSALP QRLVLPSQAQ ARLPSGEVVK IAQLASITGP Q SRVAQPET PVTLQFQGSK FTLSHSQLRQ LTAGQPLQLQ GSVLQIVSAP GQPYLRAPGP VVMQTVSQAG AVHGALGSKP PA GGPSPAP LTPQVGVPGR VAVNALAVGE PGTASKPASP IGGPTQEEKT RLLKERLDQI YLVNERRCSQ APVYGRDLLR ICA LPSHGR VQWRGSLDGR RGKEAGPAHS YTSSSESPSE LMLTLCRCGE SLQDVIDRVA FVIPPVVAAP PSLRVPRPPP LYSH RMRIL RQGLREHAAP YFQQLRQTTA PRLLQFPELR LVQFDSGKLE ALAILLQKLK SEGRRVLILS QMILMLDILE MFLNF HYLT YVRIDENASS EQRQELMRSF NRDRRIFCAI LSTHSRTTGI NLVEADTVVF YDNDLNPVMD AKAQEWCDRI GRCKDI HIY RLVSGNSIEE KLLKNGTKDL IREVAAQGND YSMAFLTQRT IQELFEVYSP MDDAGFPVKA EEFVVLSQEP SVTETIA PK IARPFIEALK SIEYLEEDAQ KSAQEGVLGP HTDALSSDSE NMPCDEEPSQ LEELADFMEQ LTPIEKYALN YLELFHTS I EQEKERNSED AVMTAVRAWE FWNLKTLQER EARLRLEQEE AELLTYTRED AYSMEYVYED VDGQTEVMPL WTPPTPPQD DSDIYLDSVM CLMYEATPIP EAKLPPVYVR KERKRHKTDP SAAGRKKKQR HGEAVVPPRS LFDRATPGLL KIRREGKEQK KNILLKQQV PFAKPLPTFA KPTAEPGQDN PEWLISEDWA LLQAVKQLLE LPLNLTIVSP AHTPNWDLVS DVVNSCSRIY R SSKQCRNR YENVIIPREE GKSKNNRPLR TSQIYAQDEN ATHTQLYTSH FDLMKMTAGK RSPPIKPLLG MNPFQKNPKH AS VLAESGI NYDKPLPPIQ VASLRAERIA KEKKALADQQ KAQQPAVAQP PPPQPQPPPP PQQPPPPLPQ PQAAGSQPPA GPP AVQPQP QPQPQTQPQP VQAPAKAQPA ITTGGSAAVL AGTIKTSVTG TSMPTGAVSG NVIVNTIAGV PAATFQSINK RLAS PVAPG ALTTPGGSAP AQVVHTQPPP RAVGSPATAT PDLVSMATTQ GVRAVTSVTA SAVVTTNLTP VQTPARSLVP QVSQA TGVQ LPGKTITPAH FQLLRQQQQQ QQQQQQQQQQ QQQQQQQQQQ QQQQTTTTSQ VQVPQIQGQA QSPAQIKAVG KLTPEH LIK MQKQKLQMPP QPPPPQAQSA PPQPAAQVQV QTSQPPQQQS PQLTTVTAPR PGALLTGTTV ANLQVARLTR VPTSQLQ AQ GQMQTQAPQP AQVALAKPPV VSVPAAVVSS PGVTTLPMNV AGISVAIGQP QKAAGQTVVA QPVHMQQLLK LKQQAVQQ Q KAIQPQAAQG PAAVQQKITA QQITTPGAQQ KVAYAAQPAL KTQFLTTPIS QAQKLAGAQQ VQTQIQVAKL PQVVQQQTP VASIQQVASA SQQASPQTVA LTQATAAGQQ VQMIPAVTAT AQVVQQKLIQ QQVVTTASAP LQTPGAPNPA QVPASSDSPS QQPKLQMRV PAVRLKTPTK PPCQGSGGSG EDLYFQSGGS MAEIGTGFPF DPHYVEVLGE RMHYVDVGPR DGTPVLFLHG N PTSSYVWR NIIPHVAPTH RCIAPDLIGM GKSDKPDLGY FFDDHVRFMD AFIEALGLEE VVLVIHDWGS ALGFHWAKRN PE RVKGIAF MEFIRPIPTW DEWPEFARET FQAFRTTDVG RKLIIDQNVF IEGTLPMGVV RPLTEVEMDH YREPFLNPVD REP LWRFPN ELPIAGEPAN IVALVEEYMD WLHQSPVPKL LFWGTPGVLI PPAEAARLAK SLPNCKAVDI GPGLNLLQED NPDL IGSEI ARWLSTLEIS GDYKDHDGDY KDHDIDYKDD DDKGSG

UniProtKB: E1A-binding protein p400

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分子 #2: Vacuolar protein sorting-associated protein 72 homolog

分子名称: Vacuolar protein sorting-associated protein 72 homolog
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.658363 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSLAGGRAPR KTAGNRLSGL LEAEEEDEFY QTTYGGFTEE SGDDEYQGDQ SDTEDEVDSD FDIDEGDEPS SDGEAEEPRR KRRVVTKAY KEPLKSLRPR KVNTPAGSSQ KAREEKALLP LELQDDGSDS RKSMRQSTAE HTRQTFLRVQ ERQGQSRRRK G PHCERPLT ...文字列:
MSLAGGRAPR KTAGNRLSGL LEAEEEDEFY QTTYGGFTEE SGDDEYQGDQ SDTEDEVDSD FDIDEGDEPS SDGEAEEPRR KRRVVTKAY KEPLKSLRPR KVNTPAGSSQ KAREEKALLP LELQDDGSDS RKSMRQSTAE HTRQTFLRVQ ERQGQSRRRK G PHCERPLT QEELLREAKI TEELNLRSLE TYERLEADKK KQVHKKRKCP GPIITYHSVT VPLVGEPGPK EENVDIEGLD PA PSVSALT PHAGTGPVNP PARCSRTFIT FSDDATFEEW FPQGRPPKVP VREVCPVTHR PALYRDPVTD IPYATARAFK IIR EAYKKY ITAHGLPPTA SALGPGPPPP EPLPGSGPRA LRQKIVIK

UniProtKB: Vacuolar protein sorting-associated protein 72 homolog

+
分子 #3: Enhancer of polycomb homolog 1

分子名称: Enhancer of polycomb homolog 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.563396 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAALPVFNAK DLNQYDFPSS DEEPLSQVLS GSSEAEEDND PDGPFAFRRK AGCQYYAPHL DQTGNWPWTS PKDGGLGDVR YRYCLTTLT VPQRCIGFAR RRVGRGGRVL LDRAHSDYDS VFHHLDLEML SSPQHSPVNQ FANTSETNTS DKSFSKDLSQ I LVNIKSCR ...文字列:
MAALPVFNAK DLNQYDFPSS DEEPLSQVLS GSSEAEEDND PDGPFAFRRK AGCQYYAPHL DQTGNWPWTS PKDGGLGDVR YRYCLTTLT VPQRCIGFAR RRVGRGGRVL LDRAHSDYDS VFHHLDLEML SSPQHSPVNQ FANTSETNTS DKSFSKDLSQ I LVNIKSCR WRHFRPRTPS LHDSDNDELS CRKLYRSINR TGTAQPGTQT CSTSTQSKSS SGSAHFAFTA EQYQQHQQQL AL MQKQQLA QIQQQQANSN SSTNTS

UniProtKB: Enhancer of polycomb homolog 1

+
分子 #4: RuvB-like 1

分子名称: RuvB-like 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 50.296914 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKIEEVKSTT KTQRIASHSH VKGLGLDESG LAKQAASGLV GQENAREACG VIVELIKSKK MAGRAVLLAG PPGTGKTALA LAIAQELGS KVPFCPMVGS EVYSTEIKKT EVLMENFRRA IGLRIKETKE VYEGEVTELT PCETENPMGG YGKTISHVII G LKTAKGTK ...文字列:
MKIEEVKSTT KTQRIASHSH VKGLGLDESG LAKQAASGLV GQENAREACG VIVELIKSKK MAGRAVLLAG PPGTGKTALA LAIAQELGS KVPFCPMVGS EVYSTEIKKT EVLMENFRRA IGLRIKETKE VYEGEVTELT PCETENPMGG YGKTISHVII G LKTAKGTK QLKLDPSIFE SLQKERVEAG DVIYIEANSG AVKRQGRCDT YATEFDLEAE EYVPLPKGDV HKKKEIIQDV TL HDLDVAN ARPQGGQDIL SMMGQLMKPK KTEITDKLRG EINKVVNKYI DQGIAELVPG VLFVDEVHML DIECFTYLHR ALE SSIAPI VIFASNRGNC VIRGTEDITS PHGIPLDLLD RVMIIRTMLY TPQEMKQIIK IRAQTEGINI SEEALNHLGE IGTK TTLRY SVQLLTPANL LAKINGKDSI EKEHVEEISE LFYDAKSSAK ILADQQDKYM K

UniProtKB: RuvB-like 1

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分子 #5: RuvB-like 2,RuvB-like 2/Maltose/maltodextrin-binding periplasmic ...

分子名称: RuvB-like 2,RuvB-like 2/Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein chimera
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
分子量理論値: 93.837578 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MATVTATTKV PEIRDVTRIE RIGAHSHIRG LGLDDALEPR QASQGMVGQL AARRAAGVVL EMIREGKIAG RAVLIAGQPG TGKTAIAMG MAQALGPDTP FTAIAGSEIF SLEMSKTEAL TQAFRRSIGV RIKEETEIIE GEVVEIQIDR PATGTGSKVG K LTLKTTEM ...文字列:
MATVTATTKV PEIRDVTRIE RIGAHSHIRG LGLDDALEPR QASQGMVGQL AARRAAGVVL EMIREGKIAG RAVLIAGQPG TGKTAIAMG MAQALGPDTP FTAIAGSEIF SLEMSKTEAL TQAFRRSIGV RIKEETEIIE GEVVEIQIDR PATGTGSKVG K LTLKTTEM ETIYDLGTKM IESLTKDKVQ AGDVITIDKA TGKISKLGRS FTRARDYDAM GSQTKFVQCP DGELQKRKEV VH TVSLHEI DVINSRTQGF LALFSGDTGE IKSEVREQIN AKVAEWREEG KAEIIPGVLF IDEVHMLDIE SFSFLNRALE SDM APVLIM ATNRGITRIR GTSYQSPHGI PIDLLDRLLI VSTTPYSEKD TKQILRIRCE EEDVEMSEDA YTVLTRIGLE TSLR YAIQL ITAASLVCRK RKGTEVQVDD IKRVYSLFLD ESRSTQYMKE YQDAFLFNEL KGETMDTSGS GGSGLEVLFQ GPGSS GGAS MKIEEGKLVI WINGDKGYNG LAEVGKKFEK DTGIKVTVEH PDKLEEKFPQ VAATGDGPDI IFWAHDRFGG YAQSGL LAE ITPDKAFQDK LYPFTWDAVR YNGKLIAYPI AVEALSLIYN KDLLPNPPKT WEEIPALDKE LKAKGKSALM FNLQEPY FT WPLIAADGGY AFKYENGKYD IKDVGVDNAG AKAGLTFLVD LIKNKHMNAD TDYSIAEAAF NKGETAMTIN GPWAWSNI D TSKVNYGVTV LPTFKGQPSK PFVGVLSAGI NAASPNKELA KEFLENYLLT DEGLEAVNKD KPLGAVALKS YEEELAKDP RIAATMENAQ KGEIMPNIPQ MSAFWYAVRT AVINAASGRQ TVDEALKDAQ TNGGSSG

UniProtKB: RuvB-like 2

+
分子 #6: Actin, cytoplasmic 1

分子名称: Actin, cytoplasmic 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 41.78266 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDDDIAALVV DNGSGMCKAG FAGDDAPRAV FPSIVGRPRH QGVMVGMGQK DSYVGDEAQS KRGILTLKYP IEHGIVTNWD DMEKIWHHT FYNELRVAPE EHPVLLTEAP LNPKANREKM TQIMFETFNT PAMYVAIQAV LSLYASGRTT GIVMDSGDGV T HTVPIYEG ...文字列:
MDDDIAALVV DNGSGMCKAG FAGDDAPRAV FPSIVGRPRH QGVMVGMGQK DSYVGDEAQS KRGILTLKYP IEHGIVTNWD DMEKIWHHT FYNELRVAPE EHPVLLTEAP LNPKANREKM TQIMFETFNT PAMYVAIQAV LSLYASGRTT GIVMDSGDGV T HTVPIYEG YALPHAILRL DLAGRDLTDY LMKILTERGY SFTTTAEREI VRDIKEKLCY VALDFEQEMA TAASSSSLEK SY ELPDGQV ITIGNERFRC PEALFQPSFL GMESCGIHET TFNSIMKCDV DIRKDLYANT VLSGGTTMYP GIADRMQKEI TAL APSTMK IKIIAPPERK YSVWIGGSIL ASLSTFQQMW ISKQEYDESG PSIVHRKCF

UniProtKB: Actin, cytoplasmic 1

+
分子 #7: Actin-like protein 6A

分子名称: Actin-like protein 6A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 47.509812 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSGGVYGGDE VGALVFDIGS YTVRAGYAGE DCPKVDFPTA IGMVVERDDG STLMEIDGDK GKQGGPTYYI DTNALRVPRE NMEAISPLK NGMVEDWDSF QAILDHTYKM HVKSEASLHP VLMSEAPWNT RAKREKLTEL MFEHYNIPAF FLCKTAVLTA F ANGRSTGL ...文字列:
MSGGVYGGDE VGALVFDIGS YTVRAGYAGE DCPKVDFPTA IGMVVERDDG STLMEIDGDK GKQGGPTYYI DTNALRVPRE NMEAISPLK NGMVEDWDSF QAILDHTYKM HVKSEASLHP VLMSEAPWNT RAKREKLTEL MFEHYNIPAF FLCKTAVLTA F ANGRSTGL ILDSGATHTT AIPVHDGYVL QQGIVKSPLA GDFITMQCRE LFQEMNIELV PPYMIASKEA VREGSPANWK RK EKLPQVT RSWHNYMCNC VIQDFQASVL QVSDSTYDEQ VAAQMPTVHY EFPNGYNCDF GAERLKIPEG LFDPSNVKGL SGN TMLGVS HVVTTSVGMC DIDIRPGLYG SVIVAGGNTL IQSFTDRLNR ELSQKTPPSM RLKLIANNTT VERRFSSWIG GSIL ASLGT FQQMWISKQE YEEGGKQCVE RKCP

UniProtKB: Actin-like protein 6A

+
分子 #8: DNA methyltransferase 1-associated protein 1

分子名称: DNA methyltransferase 1-associated protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 53.090699 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MATGADVRDI LELGGPEGDA ASGTISKKDI INPDKKKSKK SSETLTFKRP EGMHREVYAL LYSDKKDAPP LLPSDTGQGY RTVKAKLGS KKVRPWKWMP FTNPARKDGA MFFHWRRAAE EGKDYPFARF NKTVQVPVYS EQEYQLYLHD DAWTKAETDH L FDLSRRFD ...文字列:
MATGADVRDI LELGGPEGDA ASGTISKKDI INPDKKKSKK SSETLTFKRP EGMHREVYAL LYSDKKDAPP LLPSDTGQGY RTVKAKLGS KKVRPWKWMP FTNPARKDGA MFFHWRRAAE EGKDYPFARF NKTVQVPVYS EQEYQLYLHD DAWTKAETDH L FDLSRRFD LRFVVIHDRY DHQQFKKRSV EDLKERYYHI CAKLANVRAV PGTDLKIPVF DAGHERRRKE QLERLYNRTP EQ VAEEEYL LQELRKIEAR KKEREKRSQD LQKLITAADT TAEQRRTERK APKKKLPQKK EAEKPAVPET AGIKFPDFKS AGV TLRSQR MKLPSSVGQK KIKALEQMLL ELGVELSPTP TEELVHMFNE LRSDLVLLYE LKQACANCEY ELQMLRHRHE ALAR AGVLG GPATPASGPG PASAEPAVTE PGLGPDPKDT IIDVVGAPLT PNSRKRRESA SSSSSVKKAK KP

UniProtKB: DNA methyltransferase 1-associated protein 1

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分子 #9: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 8 / 式: AGS
分子量理論値: 523.247 Da
Chemical component information

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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分子 #10: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 8 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.07 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 45284
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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