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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9c9y | |||||||||
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タイトル | Human TOP3B-TDRD3 core complex in DNA pre-cleavage state | |||||||||
要素 |
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キーワード | ISOMERASE/DNA / Topoisomerase / DNA / ISOMERASE-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA topoisomerase III-beta-TDRD3 complex / DNA topoisomerase activity / DNA topoisomerase / DNA topoisomerase type I (single strand cut, ATP-independent) activity / condensed chromosome / DNA topological change / methylated histone binding / chromosome segregation / chromatin organization / DNA recombination ...DNA topoisomerase III-beta-TDRD3 complex / DNA topoisomerase activity / DNA topoisomerase / DNA topoisomerase type I (single strand cut, ATP-independent) activity / condensed chromosome / DNA topological change / methylated histone binding / chromosome segregation / chromatin organization / DNA recombination / transcription coactivator activity / DNA repair / chromatin binding / Golgi apparatus / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å | |||||||||
データ登録者 | Yang, X. / Chen, X. / Yang, W. / Pommier, Y. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural Insights into human Topoisomerase 3-beta DNA and RNA catalytic cycles and topo-gate dynamics 著者: Yang, X. / Chen, X. / Yang, W. / Pommier, Y. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9c9y.cif.gz | 149.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9c9y.ent.gz | 112.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 9c9y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9c9y_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 9c9y_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 9c9y_validation.xml.gz | 35.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9c9y_validation.cif.gz | 50.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/9c9y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c9/9c9y | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 45376MC 9ca0C 9ca1C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 69021.875 Da / 分子数: 1 / 変異: Y336F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TOP3B, TOP3B1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95985, DNA topoisomerase | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 17428.951 Da / 分子数: 1 / Fragment: DUF-OB fold (UNP residues 1-161) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TDRD3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H7E2 | ||
#3: DNA鎖 | 分子量: 2418.644 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) | ||
#4: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: human TOP3B-TDRD3 core complex with DNA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 6.8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 46 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 720245 / 対称性のタイプ: POINT |