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- PDB-9c97: Yeast 20S proteasome soaked with BRA-346 fraction -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9c97
タイトルYeast 20S proteasome soaked with BRA-346 fraction
要素
  • (Proteasome subunit ...) x 3
  • (proteasome endopeptidase ...) x 2
  • PRE10 isoform 1
  • PRE5 isoform 1
  • PRE6 isoform 1
  • PRE7 isoform 1
  • PRE8 isoform 1
  • PRE9 isoform 1
  • PUP2 isoform 1
  • PUP3 isoform 1
  • SCL1 isoform 1
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


proteasome core complex / Proteasome assembly / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / KEAP1-NFE2L2 pathway ...proteasome core complex / Proteasome assembly / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / KEAP1-NFE2L2 pathway / Neddylation / Orc1 removal from chromatin / MAPK6/MAPK4 signaling / proteasome storage granule / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Ub-specific processing proteases / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / proteasome core complex, alpha-subunit complex / proteasome complex / endopeptidase activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site ...Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
PRE5 isoform 1 / PRE9 isoform 1 / PUP2 isoform 1 / SCL1 isoform 1 / PRE7 isoform 1 / Proteasome subunit beta / PRE6 isoform 1 / proteasome endopeptidase complex / PRE10 isoform 1 / proteasome endopeptidase complex ...PRE5 isoform 1 / PRE9 isoform 1 / PUP2 isoform 1 / SCL1 isoform 1 / PRE7 isoform 1 / Proteasome subunit beta / PRE6 isoform 1 / proteasome endopeptidase complex / PRE10 isoform 1 / proteasome endopeptidase complex / PUP3 isoform 1 / PRE8 isoform 1 / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit beta type-1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.33 Å
データ登録者Meneghello, R. / Rustiguel, J.K.
資金援助 ブラジル, 3件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2019/17721-9 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2014/10753-9 ブラジル
Other private1709-19681 ブラジル
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2025
タイトル: High-throughput protein crystallography to empower natural product-based drug discovery.
著者: Meneghello, R. / Rustiguel, J.K. / de Araujo, E.A. / de Felicio, R. / Fernandes, A.Z.N. / Ferreira, E.L.F. / Gubiani, J.R. / Takeda, A.A.S. / Araujo, A. / de Lima Silva, C.C. / Bertonha, A.F. ...著者: Meneghello, R. / Rustiguel, J.K. / de Araujo, E.A. / de Felicio, R. / Fernandes, A.Z.N. / Ferreira, E.L.F. / Gubiani, J.R. / Takeda, A.A.S. / Araujo, A. / de Lima Silva, C.C. / Bertonha, A.F. / Urano, R.P.M. / Trindade, D.M. / Cunha, T.M. / Cardoso, A.C. / Berlinck, R.G.S. / Nascimento, A.F.Z. / Trivella, D.B.B.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams /
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks.
履歴
登録2024年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PRE8 isoform 1
B: PRE9 isoform 1
C: PRE6 isoform 1
D: PUP2 isoform 1
E: PRE5 isoform 1
F: PRE10 isoform 1
G: SCL1 isoform 1
O: PRE8 isoform 1
P: PRE9 isoform 1
Q: PRE6 isoform 1
R: PUP2 isoform 1
S: PRE5 isoform 1
T: PRE10 isoform 1
U: SCL1 isoform 1
H: proteasome endopeptidase complex
I: PUP3 isoform 1
J: Proteasome subunit beta
K: proteasome endopeptidase complex
L: PRE7 isoform 1
M: Proteasome subunit beta
N: Proteasome subunit beta type-1
V: proteasome endopeptidase complex
W: PUP3 isoform 1
X: Proteasome subunit beta
Y: proteasome endopeptidase complex
Z: PRE7 isoform 1
a: Proteasome subunit beta
b: Proteasome subunit beta type-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)732,72381
ポリマ－728,27828
非ポリマー4,44653
水5,693316
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)117.511, 299.917, 143.913
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.458, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "O"
d_1ens_2chain "B"
d_2ens_2(chain "P" and (resid 1 through 217 or resid 221...
d_1ens_3chain "C"
d_2ens_3(chain "Q" and resid 1 through 238)
d_1ens_4chain "D"
d_2ens_4(chain "R" and (resid 0 through 117 or resid 124 through 242))
d_1ens_5chain "E"
d_2ens_5(chain "S" and (resid 3 through 201 or (resid 202...
d_1ens_6(chain "F" and (resid 1 through 50 or (resid 51...
d_2ens_6chain "T"
d_1ens_7chain "G"
d_2ens_7(chain "U" and resid 2 through 242)
d_1ens_8(chain "H" and (resid 1 through 220 or (resid 221...
d_2ens_8chain "V"
d_1ens_9chain "I"
d_2ens_9chain "W"
d_1ens_10(chain "J" and resid 1 through 195)
d_2ens_10chain "X"
d_1ens_11chain "K"
d_2ens_11chain "Y"
d_1ens_12chain "L"
d_2ens_12chain "Z"
d_1ens_13chain "M"
d_2ens_13chain "a"
d_1ens_14(chain "N" and resid 1 through 196)
d_2ens_14chain "b"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1THRTHRLEULEUAA2 - 2502 - 250
d_21ens_1THRTHRLEULEUOH2 - 2502 - 250
d_11ens_2GLYGLYLYSLYSBB1 - 2452 - 246
d_21ens_2GLYGLYLYSLYSPI1 - 2172 - 218
d_22ens_2ASPASPLYSLYSPI221 - 245222 - 246
d_11ens_3GLYGLYLYSLYSCC1 - 2383 - 240
d_21ens_3GLYGLYLYSLYSQJ1 - 2383 - 240
d_11ens_4TYRTYRGLUGLUDD0 - 2428 - 250
d_21ens_4TYRTYRGLUGLURK0 - 1178 - 125
d_22ens_4ARGARGGLUGLURK124 - 242132 - 250
d_11ens_5ASNASNILEILEEE3 - 2334 - 234
d_21ens_5ASNASNILEILESL3 - 2334 - 234
d_11ens_6GLYGLYASNASNFF1 - 2444 - 247
d_21ens_6GLYGLYASNASNTM1 - 2444 - 247
d_11ens_7GLYGLYGLNGLNGG2 - 24211 - 251
d_21ens_7GLYGLYGLNGLNUN2 - 24211 - 251
d_11ens_8THRTHRASPASPHO1 - 2221 - 222
d_21ens_8THRTHRASPASPVV1 - 2221 - 222
d_11ens_9SERSERASPASPIP1 - 2042 - 205
d_21ens_9SERSERASPASPWW1 - 2042 - 205
d_11ens_10METMETPHEPHEJQ1 - 1951 - 195
d_21ens_10METMETPHEPHEXX1 - 1951 - 195
d_11ens_11THRTHRGLYGLYKR1 - 2121 - 212
d_21ens_11THRTHRGLYGLYYY1 - 2121 - 212
d_11ens_12GLNGLNASPASPLS1 - 2221 - 222
d_21ens_12GLNGLNASPASPZZ1 - 2221 - 222
d_11ens_13THRTHRILEILEMT1 - 2331 - 233
d_21ens_13THRTHRILEILEaAA1 - 2331 - 233
d_11ens_14THRTHRLEULEUNU1 - 1961 - 196
d_21ens_14THRTHRLEULEUbBA1 - 1961 - 196

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3
ens_4
ens_5
ens_6
ens_7
ens_8
ens_9
ens_10
ens_11
ens_12
ens_13
ens_14

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.997232114539, -0.012662239067, -0.0732651174406), (-0.000543095268404, -0.984124936561, 0.177476235835), (-0.0743492755802, 0.177024791881, 0.981394114655)-67.375951062, 9.18241736718, -2.9368850983
2given(-0.996570612293, -0.0162661044855, -0.0811321672257), (0.00167491461303, -0.984252851593, 0.17675836272), (-0.0827297369445, 0.176016300312, 0.9809047113)-67.2550980024, 9.1514511566, -3.43388392861
3given(-0.99729325484, -0.00415870211855, -0.0734089166699), (-0.00844882697445, -0.985304183345, 0.1705997761), (-0.0730395863399, 0.170758225217, 0.982602079861)-67.6833119163, 8.77207919525, -2.83387058851
4given(-0.997168991496, -0.0142988009167, -0.0738210450407), (0.000534916613037, -0.983077020157, 0.183191938424), (-0.0751911980405, 0.182633832385, 0.980301569419)-67.1293620854, 9.02105456759, -3.67632998297
5given(-0.996909198287, -0.0104003752336, -0.0778709353109), (-0.0040764895628, -0.983015328588, 0.183478189424), (-0.0784565650793, 0.183228534777, 0.979934626105)-67.6941327742, 9.11631514561, -3.84706998625
6given(-0.997037832344, -0.00663316919469, -0.076626117873), (-0.00732833531342, -0.983548505044, 0.180495522736), (-0.0765627610225, 0.180522406622, 0.980586459386)-67.9126746508, 9.00656628068, -3.50348522426
7given(-0.997098517588, -0.00830149327573, -0.0756679022603), (-0.00613617370907, -0.982035419391, 0.188596878112), (-0.0758741958461, 0.18851397898, 0.979135121489)-67.8119195076, 9.40075905765, -3.81350396399
8given(-0.997394174422, -0.00570371528563, -0.0719189019745), (-0.00708288723892, -0.984312576041, 0.176291194775), (-0.0717961944509, 0.176341204144, 0.981707230382)-67.6151388257, 8.75027128125, -2.82917167695
9given(-0.997020445057, -0.00729327459887, -0.0767921889511), (-0.00671358270306, -0.983538200012, 0.180575571228), (-0.0768450385227, 0.180553087104, 0.980558729904)-67.5758731387, 8.88911876831, -3.3109468013
10given(-0.997360177156, -0.0110853584969, -0.0717620502056), (-0.00224431977151, -0.983100086058, 0.183055138748), (-0.0725785095705, 0.182732962599, 0.980479996904)-67.3646770692, 9.07600112577, -3.30432088342
11given(-0.997517335218, -0.0069706709278, -0.0700754999061), (-0.00594570799154, -0.983199194548, 0.182439010075), (-0.0701698973689, 0.182402723629, 0.98071679496)-67.4374952544, 8.8661591545, -3.52186840874
12given(-0.997206280116, -0.00780977376559, -0.0742875651229), (-0.00585063351431, -0.983297850451, 0.18190961323), (-0.0744674760257, 0.181836038045, 0.98050509957)-67.5772575746, 8.91590899281, -3.66328191814
13given(-0.996804644253, -0.00872114139779, -0.0794005219672), (-0.00574034186486, -0.983630753064, 0.180104386683), (-0.0796715110389, 0.179984675236, 0.980437640551)-68.0176570219, 8.94790680603, -3.66849617922
14given(-0.996708747097, -0.00792379459231, -0.0806776731146), (-0.00672729291931, -0.983694011205, 0.179724332937), (-0.0807862425782, 0.179675557044, 0.980403119748)-68.2197753126, 8.92754941366, -3.57068910366

-
要素

-
タンパク質 , 9種, 18分子 AOBPCQDRESFTGUIWLZ

#1: タンパク質 PRE8 isoform 1


分子量: 27191.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L1BIF8
#2: タンパク質 PRE9 isoform 1


分子量: 28748.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PXC6
#3: タンパク質 PRE6 isoform 1


分子量: 28478.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q273
#4: タンパク質 PUP2 isoform 1


分子量: 28649.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PXN2
#5: タンパク質 PRE5 isoform 1


分子量: 25634.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PTH4
#6: タンパク質 PRE10 isoform 1


分子量: 31443.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q4M4
#7: タンパク質 SCL1 isoform 1


分子量: 28033.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PYC9
#9: タンパク質 PUP3 isoform 1


分子量: 22627.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L0YA22
#12: タンパク質 PRE7 isoform 1


分子量: 24883.928 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q0P3

-
Proteasome endopeptidase ... , 2種, 4分子 HVKY

#8: タンパク質 proteasome endopeptidase complex


分子量: 25114.459 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: A0A6A5Q449, proteasome endopeptidase complex
#11: タンパク質 proteasome endopeptidase complex


分子量: 23325.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: A0A6A5Q5W3, proteasome endopeptidase complex

-
Proteasome subunit ... , 3種, 6分子 JXMaNb

#10: タンパク質 Proteasome subunit beta


分子量: 22545.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q0W2
#13: タンパク質 Proteasome subunit beta


分子量: 25945.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A8H8ULD3
#14: タンパク質 Proteasome subunit beta type-1 / Macropain subunit PRE3 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE3 / Proteasome component ...Macropain subunit PRE3 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE3 / Proteasome component PRE3 / Proteinase YSCE subunit PRE3


分子量: 21517.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38624, proteasome endopeptidase complex

-
非ポリマー , 3種, 369分子

#15: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#16: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#17: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 316 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.76 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: MES 100 mM pH 6.9, MPD 25% and magnesium acetate 20 mM

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS SIRIUS / ビームライン: MANACA / 波長: 0.9772 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9772 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.33→49.11 Å / Num. obs: 132592 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: -9.9 Å2 / CC1/2: 0.754 / Rmerge(I) obs: 0.395 / Rpim(I) all: 0.274 / Rrim(I) all: 0.483 / Χ2: 0.45 / Net I/σ(I): 3
反射 シェル解像度: 3.33→3.39 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.793 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 6605 / CC1/2: 0.526 / Rpim(I) all: 0.556 / Rrim(I) all: 0.973 / Χ2: 0.4 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.33→49.11 Å / SU ML: 0.4003 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.2991
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 6630 5.02 %
Rwork0.2001 125400 -
obs0.2028 132030 96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 38.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.33→49.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数49321 0 229 316 49866
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00250393
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.477468179
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04257647
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00388761
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.394718486
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.668426060821
ens_2d_2BBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.77376612594
ens_3d_2CCX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.879535579674
ens_4d_2DDX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.880095384186
ens_5d_2EEX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.64116496777
ens_6d_2FFX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.746460773379
ens_7d_2GGX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.731087726007
ens_8d_2OHX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.670433284471
ens_9d_2PIX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.566535209651
ens_10d_2QJX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.729342053094
ens_11d_2RKX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.632846233496
ens_12d_2SLX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.69360990402
ens_13d_2TMX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.533886005507
ens_14d_2UNX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.50415371355
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.33-3.370.29122310.24484102X-RAY DIFFRACTION94.59
3.37-3.410.28452220.23174113X-RAY DIFFRACTION95.3
3.41-3.450.30532250.23294164X-RAY DIFFRACTION95.79
3.45-3.490.28252000.23814200X-RAY DIFFRACTION95.84
3.49-3.540.32382390.23334153X-RAY DIFFRACTION96
3.54-3.590.26732330.22254116X-RAY DIFFRACTION95.23
3.59-3.640.27562140.21484140X-RAY DIFFRACTION96.24
3.64-3.690.27552230.22114279X-RAY DIFFRACTION97.17
3.69-3.750.26022300.21884222X-RAY DIFFRACTION97.52
3.75-3.810.2672410.21224208X-RAY DIFFRACTION97.63
3.81-3.880.2432310.20454277X-RAY DIFFRACTION97.89
3.88-3.950.27381990.20384253X-RAY DIFFRACTION97.38
3.95-4.020.27652100.20854261X-RAY DIFFRACTION97.68
4.02-4.110.26152130.19784240X-RAY DIFFRACTION97.53
4.11-4.20.24772040.18864237X-RAY DIFFRACTION96.75
4.2-4.290.22272350.19194194X-RAY DIFFRACTION97.06
4.29-4.40.24672040.1754246X-RAY DIFFRACTION97.37
4.4-4.520.22882130.17554282X-RAY DIFFRACTION97.23
4.52-4.650.21382320.16724174X-RAY DIFFRACTION96.77
4.65-4.80.21811990.16394214X-RAY DIFFRACTION96.31
4.8-4.970.23062280.17854212X-RAY DIFFRACTION96.25
4.97-5.170.22072340.18224146X-RAY DIFFRACTION96.14
5.17-5.410.25592270.19194147X-RAY DIFFRACTION95.8
5.41-5.690.25791870.1964189X-RAY DIFFRACTION95.15
5.69-6.050.25162230.20764019X-RAY DIFFRACTION92.44
6.05-6.510.24552310.2054059X-RAY DIFFRACTION92.92
6.51-7.170.21832200.18194092X-RAY DIFFRACTION94.09
7.17-8.20.1972060.15434157X-RAY DIFFRACTION94.91
8.2-10.310.14252500.1254159X-RAY DIFFRACTION95.19
10.32-49.110.18472260.17434145X-RAY DIFFRACTION93.92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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