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- PDB-9c98: Yeast 20S proteasome soaked with isolated TMC-86A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9c98
タイトルYeast 20S proteasome soaked with isolated TMC-86A
要素
  • (Proteasome subunit alpha type- ...) x 6
  • (Proteasome subunit beta type- ...) x 7
  • Probable proteasome subunit alpha type-7
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Proteasome assembly / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase ...proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Proteasome assembly / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / KEAP1-NFE2L2 pathway / Neddylation / Orc1 removal from chromatin / MAPK6/MAPK4 signaling / proteasome storage granule / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / chorismate biosynthetic process / proteasome endopeptidase complex / Ub-specific processing proteases / endopeptidase activator activity / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome assembly / aromatic amino acid family biosynthetic process / threonine-type endopeptidase activity / proteasome core complex, alpha-subunit complex / amino acid biosynthetic process / Neutrophil degranulation / proteasome complex / peroxisome / endopeptidase activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion / metal ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
DAHP synthetase, class II / Class-II DAHP synthetase family / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. ...DAHP synthetase, class II / Class-II DAHP synthetase family / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / : / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit beta type-6 / Proteasome subunit beta type-2 / Proteasome subunit beta type-3 / Proteasome subunit beta type-5 ...: / Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit beta type-6 / Proteasome subunit beta type-2 / Proteasome subunit beta type-3 / Proteasome subunit beta type-5 / Proteasome subunit beta type-7 / Proteasome subunit alpha type-5 / Proteasome subunit beta type-1 / Proteasome subunit alpha type-6 / Proteasome subunit alpha type-4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.04 Å
データ登録者Meneghello, R. / Rustiguel, J.K.
資金援助 ブラジル, 3件
組織認可番号国
Other private1709-19681
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2014/10753-9 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2019/17721-9 ブラジル
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2025
タイトル: High-throughput protein crystallography to empower natural product-based drug discovery.
著者: Meneghello, R. / Rustiguel, J.K. / de Araujo, E.A. / de Felicio, R. / Fernandes, A.Z.N. / Ferreira, E.L.F. / Gubiani, J.R. / Takeda, A.A.S. / Araujo, A. / de Lima Silva, C.C. / Bertonha, A.F. ...著者: Meneghello, R. / Rustiguel, J.K. / de Araujo, E.A. / de Felicio, R. / Fernandes, A.Z.N. / Ferreira, E.L.F. / Gubiani, J.R. / Takeda, A.A.S. / Araujo, A. / de Lima Silva, C.C. / Bertonha, A.F. / Urano, R.P.M. / Trindade, D.M. / Cunha, T.M. / Cardoso, A.C. / Berlinck, R.G.S. / Nascimento, A.F.Z. / Trivella, D.B.B.
履歴
登録2024年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proteasome subunit alpha type-2
B: Proteasome subunit alpha type-3
C: Proteasome subunit alpha type-4
D: Proteasome subunit alpha type-5
E: Proteasome subunit alpha type-6
F: Probable proteasome subunit alpha type-7
G: Proteasome subunit alpha type-1
O: Proteasome subunit alpha type-2
P: Proteasome subunit alpha type-3
Q: Proteasome subunit alpha type-4
R: Proteasome subunit alpha type-5
S: Proteasome subunit alpha type-6
T: Probable proteasome subunit alpha type-7
U: Proteasome subunit alpha type-1
H: Proteasome subunit beta type-2
I: Proteasome subunit beta type-3
J: Proteasome subunit beta type-4
K: Proteasome subunit beta type-5
L: Proteasome subunit beta type-6
M: Proteasome subunit beta type-7
N: Proteasome subunit beta type-1
V: Proteasome subunit beta type-2
W: Proteasome subunit beta type-3
X: Proteasome subunit beta type-4
Y: Proteasome subunit beta type-5
Z: Proteasome subunit beta type-6
a: Proteasome subunit beta type-7
b: Proteasome subunit beta type-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)737,276115
ポリマ－728,27828
非ポリマー8,99987
水6,071337
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)117.315, 298.278, 144.573
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.795, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "O"
d_1ens_2chain "B"
d_2ens_2(chain "P" and (resid 1 through 217 or resid 221 through 246))
d_1ens_3chain "C"
d_2ens_3chain "Q"
d_1ens_4(chain "D" and resid 0 through 243)
d_2ens_4(chain "R" and (resid 0 through 117 or resid 123...
d_1ens_5(chain "E" and (resid 3 through 201 or (resid 202...
d_2ens_5(chain "S" and resid 3 through 233)
d_1ens_6(chain "F" and (resid 1 through 177 or (resid 178...
d_2ens_6chain "T"
d_1ens_7chain "G"
d_2ens_7(chain "U" and resid 2 through 242)
d_1ens_8chain "H"
d_2ens_8chain "V"
d_1ens_9chain "I"
d_2ens_9chain "W"
d_1ens_10chain "J"
d_2ens_10chain "X"
d_1ens_11chain "K"
d_2ens_11chain "Y"
d_1ens_12chain "L"
d_2ens_12chain "Z"
d_1ens_13chain "M"
d_2ens_13chain "a"
d_1ens_14chain "N"
d_2ens_14chain "b"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1THRTHRLEULEUAA2 - 2502 - 250
d_21ens_1THRTHRLEULEUOH2 - 2502 - 250
d_11ens_2GLYGLYLYSLYSBB1 - 2462 - 247
d_21ens_2GLYGLYLYSLYSPI1 - 2172 - 218
d_22ens_2ASPASPLYSLYSPI221 - 246222 - 247
d_11ens_3GLYGLYGLNGLNCC1 - 2413 - 243
d_21ens_3GLYGLYGLNGLNQJ1 - 2413 - 243
d_11ens_4TYRTYRSERSERDD0 - 2438 - 251
d_21ens_4TYRTYRGLUGLURK0 - 1178 - 125
d_22ens_4GLUGLUSERSERRK123 - 243131 - 251
d_11ens_5ASNASNILEILEEE3 - 2334 - 234
d_21ens_5ASNASNILEILESL3 - 2334 - 234
d_11ens_6GLYGLYASNASNFF1 - 2444 - 247
d_21ens_6GLYGLYASNASNTM1 - 2444 - 247
d_11ens_7GLYGLYGLNGLNGG2 - 24211 - 251
d_21ens_7GLYGLYGLNGLNUN2 - 24211 - 251
d_11ens_8THRTHRCYSCYSHO1 - 2211 - 221
d_12ens_8LIGLIGLIGLIGHCA301
d_21ens_8THRTHRCYSCYSVV1 - 2211 - 221
d_22ens_8LIGLIGLIGLIGVFA301
d_11ens_9SERSERASPASPIP1 - 2042 - 205
d_21ens_9SERSERASPASPWW1 - 2042 - 205
d_11ens_10METMETPHEPHEJQ1 - 1951 - 195
d_21ens_10METMETPHEPHEXX1 - 1951 - 195
d_11ens_11THRTHRGLYGLYKR1 - 2121 - 212
d_12ens_11LIGLIGLIGLIGKDA301
d_21ens_11THRTHRGLYGLYYY1 - 2121 - 212
d_22ens_11LIGLIGLIGLIGYGA301
d_11ens_12GLNGLNASPASPLS1 - 2221 - 222
d_21ens_12GLNGLNASPASPZZ1 - 2221 - 222
d_11ens_13THRTHRILEILEMT1 - 2331 - 233
d_21ens_13THRTHRILEILEaAA1 - 2331 - 233
d_11ens_14THRTHRLEULEUNU1 - 1961 - 196
d_12ens_14LIGLIGLIGLIGNEA201
d_21ens_14THRTHRLEULEUbBA1 - 1961 - 196
d_22ens_14LIGLIGLIGLIGbHA201

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3
ens_4
ens_5
ens_6
ens_7
ens_8
ens_9
ens_10
ens_11
ens_12
ens_13
ens_14

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.996619302846, -0.01171560528, -0.0813185697552), (-0.00305199745579, -0.983818193993, 0.179143647615), (-0.0821014646985, 0.178786201263, 0.980456446627)-67.0891679194, 9.07309496217, -3.34774275793
2given(-0.996228857611, -0.0192999740187, -0.0845906275337), (0.00404623703122, -0.984219757218, 0.176904204213), (-0.0866700134392, 0.17589479954, 0.98058621664)-66.8576549522, 9.36811298091, -3.43157532632
3given(-0.996816828438, -0.000271475533928, -0.0797253839364), (-0.0130688034428, -0.985911223524, 0.166758105371), (-0.0786474215683, 0.167269201084, 0.982769351094)-67.8263218392, 8.64816137786, -2.67083845195
4given(-0.996516409968, -0.0134643548944, -0.0823028299165), (-0.00186014266526, -0.983046998036, 0.183344319577), (-0.0833761628659, 0.182858718138, 0.979597419692)-67.114366132, 9.03040273983, -3.7539334315
5given(-0.996315907801, -0.0110398944148, -0.0850454736853), (-0.00482989734366, -0.982882111719, 0.184172274118), (-0.0856229172283, 0.183904527387, 0.979207761842)-67.3055806558, 9.13866179639, -3.88331573277
6given(-0.996525747747, -0.00703322101498, -0.0829877574023), (-0.00835559805547, -0.98295792453, 0.183640688805), (-0.0828650593293, 0.183696087073, 0.979484113979)-67.2924050905, 9.17442871252, -3.75359667749
7given(-0.996442115886, -0.0121280779118, -0.0834027542416), (-0.00389445860366, -0.981908964816, 0.189313544168), (-0.0841899214936, 0.18896479709, 0.978368214212)-67.075873772, 9.57307803973, -4.05929151539
8given(-0.996351834005, -0.00729348127169, -0.085028395297), (-0.00809500847485, -0.983771841402, 0.179241275669), (-0.0849558339, 0.179275679322, 0.98012383763)-67.3750691809, 8.84812091713, -3.6294643916
9given(-0.9963301553, -0.00947482614126, -0.0850673222141), (-0.00607666326586, -0.983516580505, 0.180715826743), (-0.0853773728961, 0.180569553196, 0.979849652067)-67.3207862844, 9.00099535695, -3.67569556008
10given(-0.996537309547, -0.00871493372044, -0.0826888179331), (-0.00667596385864, -0.982894592403, 0.18404796041), (-0.082878357775, 0.183962686854, 0.979432952099)-67.3364986161, 8.9147745138, -3.679090904
11given(-0.996384699575, -0.00711377097411, -0.0846576914129), (-0.00838317246904, -0.98339199459, 0.181300599546), (-0.0845414269585, 0.181354843439, 0.979777101125)-67.3525092591, 8.8575184324, -3.73841777903
12given(-0.996406411153, -0.00785861630997, -0.0843356743239), (-0.00757922452271, -0.983419936511, 0.18118439179), (-0.0843612421057, 0.181172488592, 0.979826367377)-67.3502489361, 8.91966650327, -3.72508660978
13given(-0.99638233034, -0.00890104494793, -0.0845164077918), (-0.00654878066426, -0.983500889252, 0.180784718138), (-0.0847311351216, 0.180684178166, 0.979884616933)-67.3319206692, 8.98533696392, -3.72367662094
14given(-0.996438055936, -0.00842231683588, -0.0839062885696), (-0.00701321133944, -0.983276276152, 0.181985108246), (-0.0840357992116, 0.181925340005, 0.979714833569)-67.2958152673, 9.08101051033, -3.67690644367

-
要素

-
Proteasome subunit alpha type- ... , 6種, 12分子 AOBPCQDRESGU

#1: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-2 / Macropain subunit Y7 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit Y7 / Proteasome component Y7 / ...Macropain subunit Y7 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit Y7 / Proteasome component Y7 / Proteinase YSCE subunit 7


分子量: 27191.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P23639
#2: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-3 / Macropain subunit Y13 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit Y13 / Proteasome component Y13 ...Macropain subunit Y13 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit Y13 / Proteasome component Y13 / Proteinase YSCE subunit 13


分子量: 28748.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P23638
#3: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-4 / Macropain subunit PRE6 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE6 / Proteasome component ...Macropain subunit PRE6 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE6 / Proteasome component PRE6 / Proteinase YSCE subunit PRE6


分子量: 28478.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40303
#4: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-5 / Macropain subunit PUP2 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PUP2 / Proteasome component ...Macropain subunit PUP2 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PUP2 / Proteasome component PUP2 / Proteinase YSCE subunit PUP2


分子量: 28649.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32379
#5: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-6 / Macropain subunit PRE5 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE5 / Proteasome component ...Macropain subunit PRE5 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE5 / Proteasome component PRE5 / Proteinase YSCE subunit PRE5


分子量: 25634.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40302
#7: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-1 / Macropain subunit C7-alpha / Multicatalytic endopeptidase complex C7 / Proteasome component C7- ...Macropain subunit C7-alpha / Multicatalytic endopeptidase complex C7 / Proteasome component C7-alpha / Proteasome component Y8 / Proteinase YSCE subunit 7 / SCL1 suppressor protein


分子量: 28033.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P21243

-
タンパク質 , 1種, 2分子 FT

#6: タンパク質 Probable proteasome subunit alpha type-7 / Macropain subunit C1 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C1 / Proteasome component C1 / ...Macropain subunit C1 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C1 / Proteasome component C1 / Proteinase YSCE subunit 1


分子量: 31443.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P21242

-
Proteasome subunit beta type- ... , 7種, 14分子 HVIWJXKYLZMaNb

#8: タンパク質 Proteasome subunit beta type-2 / Macropain subunit PUP1 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PUP1 / Proteasome component ...Macropain subunit PUP1 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PUP1 / Proteasome component PUP1 / Proteinase YSCE subunit PUP1


分子量: 25114.459 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P25043, proteasome endopeptidase complex
#9: タンパク質 Proteasome subunit beta type-3 / Macropain subunit PUP3 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PUP3 / Proteasome component PUP3


分子量: 22627.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P25451
#10: タンパク質 Proteasome subunit beta type-4 / Macropain subunit C11 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C11 / Proteasome component C11 ...Macropain subunit C11 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C11 / Proteasome component C11 / Proteinase YSCE subunit 11


分子量: 22545.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P22141
#11: タンパク質 Proteasome subunit beta type-5 / Macropain subunit PRE2 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE2 / Proteasome component ...Macropain subunit PRE2 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE2 / Proteasome component PRE2 / Proteinase YSCE subunit PRE2


分子量: 23325.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P30656, proteasome endopeptidase complex
#12: タンパク質 Proteasome subunit beta type-6 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit C5 / Proteasome component C5


分子量: 24883.928 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P23724
#13: タンパク質 Proteasome subunit beta type-7 / Macropain subunit PRE4 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE4 / Proteasome component ...Macropain subunit PRE4 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE4 / Proteasome component PRE4 / Proteinase YSCE subunit PRE4


分子量: 25945.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P30657
#14: タンパク質 Proteasome subunit beta type-1 / Macropain subunit PRE3 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE3 / Proteasome component ...Macropain subunit PRE3 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE3 / Proteasome component PRE3 / Proteinase YSCE subunit PRE3


分子量: 21517.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38624, proteasome endopeptidase complex

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非ポリマー , 4種, 424分子

#15: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#16: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#17: 化合物
ChemComp-A1AU6 / N-[(2S)-3-hydroxy-1-{[(4S)-1-hydroxy-2-(hydroxymethyl)-6-methyl-3-oxoheptan-4-yl]amino}-1-oxopropan-2-yl]butanamide


分子量: 346.419 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H30N2O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#18: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 337 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.59 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: MES 100 mM pH 6.9, MPD 25% and magnesium acetate 20 mM

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS SIRIUS / ビームライン: MANACA / 波長: 0.9772 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9772 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.04→48.54 Å / Num. obs: 240562 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 58.03 Å2 / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.327 / Rpim(I) all: 0.1349 / Rrim(I) all: 0.3542 / Net I/σ(I): 5.48
反射 シェル解像度: 3.04→3.07 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 3.273 / Mean I/σ(I) obs: 0.61 / Num. unique obs: 7289 / CC1/2: 0.262 / Rpim(I) all: 1.35 / Rrim(I) all: 3.545 / % possible all: 99.88

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.04→48.54 Å / SU ML: 0.3974 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.6411
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2205 8947 4.98 %
Rwork0.1744 170763 -
obs0.1767 179710 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 60.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.04→48.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数49387 0 501 337 50225
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002750698
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.591868596
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04477660
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00438791
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.116718688
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.72057426559
ens_2d_2BBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.776461379973
ens_3d_2CCX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.08302857884
ens_4d_2DDX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.713729261746
ens_5d_2EEX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.68348905703
ens_6d_2FFX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.660506988661
ens_7d_2GGX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.694960703021
ens_8d_2OHX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.546255634241
ens_9d_2PIX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.515527895203
ens_10d_2QJX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.713792164666
ens_11d_2RKX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.617925263198
ens_12d_2SLX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.588264076539
ens_13d_2TMX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.520386406819
ens_14d_2UNX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.47628409838
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.04-3.070.38963120.32775724X-RAY DIFFRACTION99.88
3.07-3.110.33562850.29685661X-RAY DIFFRACTION99.93
3.11-3.150.33832810.27895701X-RAY DIFFRACTION99.85
3.15-3.190.30722940.25385678X-RAY DIFFRACTION99.9
3.19-3.230.32033160.24065653X-RAY DIFFRACTION99.92
3.23-3.270.28592910.23475726X-RAY DIFFRACTION99.9
3.27-3.320.27522930.22425617X-RAY DIFFRACTION99.9
3.32-3.370.26072990.21935719X-RAY DIFFRACTION99.9
3.37-3.420.2723030.21765672X-RAY DIFFRACTION99.88
3.42-3.480.27263120.21835638X-RAY DIFFRACTION99.97
3.48-3.540.26942930.20445697X-RAY DIFFRACTION99.98
3.54-3.60.25272800.18695723X-RAY DIFFRACTION99.98
3.6-3.670.23222930.18445692X-RAY DIFFRACTION99.98
3.67-3.750.23493180.17735625X-RAY DIFFRACTION99.98
3.75-3.830.22613060.1695691X-RAY DIFFRACTION99.93
3.83-3.920.2142820.15885725X-RAY DIFFRACTION99.98
3.92-4.020.23332730.16365708X-RAY DIFFRACTION99.98
4.02-4.130.20222940.15695687X-RAY DIFFRACTION99.98
4.13-4.250.21123110.15545697X-RAY DIFFRACTION99.97
4.25-4.380.19263010.14645685X-RAY DIFFRACTION100
4.38-4.540.1713070.14235699X-RAY DIFFRACTION99.98
4.54-4.720.17882980.13775663X-RAY DIFFRACTION99.95
4.72-4.940.17873040.14145688X-RAY DIFFRACTION99.9
4.94-5.20.20123220.15375681X-RAY DIFFRACTION99.98
5.2-5.520.21152990.16045706X-RAY DIFFRACTION99.98
5.52-5.950.21292820.17615707X-RAY DIFFRACTION99.87
5.95-6.540.22462750.17515731X-RAY DIFFRACTION99.54
6.55-7.490.17893070.15495683X-RAY DIFFRACTION99.97
7.49-9.420.15753070.12185736X-RAY DIFFRACTION99.98
9.42-48.540.17163090.15015750X-RAY DIFFRACTION99.49

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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