PDB-9c8e: mouse Seipin complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9c8e

タイトル

mouse Seipin complex

要素

Seipin

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / seipin / lipid droplets / adipose

機能・相同性

Seipin family / Putative adipose-regulatory protein (Seipin) / lipid droplet formation / lipid droplet / phospholipid binding / lipid metabolic process / endoplasmic reticulum membrane / Seipin

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.19 Å

データ登録者

Li, C. / Han, Y. / Wynn, R.M. / Chen, Z. / Scherer, P.E.

資金援助

米国, 5件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)	RC2-DK118620	米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)	R01- DK55758	米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)	R01-DK099110	米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)	R01-DK127274	米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)	R01-DK131537	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Adipogenin Dictates Adipose Tissue Expansion by Facilitating the Assembly of a Dodecameric Seipin Complex
著者: Li, C. / Sun, X.

履歴

登録	2024年6月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年8月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月27日	Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月27日	Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月27日	Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月27日	Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月27日	Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.0	2025年8月27日	Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9c8e.cif.gz	637.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9c8e.ent.gz	517.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9c8e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9c8e_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9c8e_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	9c8e_validation.xml.gz	63.4 KB	表示
CIF形式データ	9c8e_validation.cif.gz	94 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/9c8e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/9c8e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	45302MC 45301C 9c8dC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Seipin

B: Seipin

C: Seipin

D: Seipin

E: Seipin

F: Seipin

G: Seipin

H: Seipin

I: Seipin

J: Seipin

K: Seipin

561 kDa, 11 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Seipin 分子量: 50993.406 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Bscl2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0R4J225
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: Seipin complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量	値: 0.7 MDa / 実験値: NO
由来(天然)	生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 8
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持	グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影	電子線照射量: 60 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

ID	名称	カテゴリ
2	SerialEM	画像取得
8	PHENIX	モデル精密化
13	cryoSPARC	３次元再構成

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

対称性

点対称性: C₁₁ (11回回転対称)

3次元再構成

解像度: 3.19 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 17212 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.003	15092
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.431	20482
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	4.242	2068
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.039	2365
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.004	2552

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