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- PDB-9c7v: Structure of the human BOS:human EMC complex in GDN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9c7v
タイトルStructure of the human BOS:human EMC complex in GDN
要素
  • (ER membrane protein complex subunit ...) x 8
  • BOS complex subunit NOMO2
  • Membrane magnesium transporter 1
  • Nicalin
  • Transmembrane protein 147
キーワードMEMBRANE PROTEIN / membrane protein biogenesis / membrane protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


multi-pass transmembrane protein insertion into ER membrane / multi-pass translocon complex / extrinsic component of endoplasmic reticulum membrane / inorganic cation transmembrane transporter activity / EMC complex / omegasome membrane / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / magnesium ion transport / cobalt ion transmembrane transporter activity / tail-anchored membrane protein insertion into ER membrane ...multi-pass transmembrane protein insertion into ER membrane / multi-pass translocon complex / extrinsic component of endoplasmic reticulum membrane / inorganic cation transmembrane transporter activity / EMC complex / omegasome membrane / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / magnesium ion transport / cobalt ion transmembrane transporter activity / tail-anchored membrane protein insertion into ER membrane / Miscellaneous transport and binding events / ferrous iron transmembrane transporter activity / magnesium ion transmembrane transporter activity / copper ion transport / regulation of protein complex stability / autophagosome assembly / RHOA GTPase cycle / regulation of protein-containing complex assembly / regulation of signal transduction / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of endothelial cell migration / positive regulation of angiogenesis / ribosome binding / early endosome membrane / carbohydrate binding / angiogenesis / membrane => GO:0016020 / early endosome / protein stabilization / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / apoptotic process / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Nicalin / Transmembrane protein 147 / Predicted membrane protein (DUF2053) / Carboxypeptidase regulatory-like domain / : / ER membrane protein complex subunit 8/9 / Uncharacterised protein family (UPF0172) / TMEM85/ER membrane protein complex subunit 4 / Protein of unknown function (DUF1077) ...: / Nicalin / Transmembrane protein 147 / Predicted membrane protein (DUF2053) / Carboxypeptidase regulatory-like domain / : / ER membrane protein complex subunit 8/9 / Uncharacterised protein family (UPF0172) / TMEM85/ER membrane protein complex subunit 4 / Protein of unknown function (DUF1077) / ER membrane protein complex subunit 7, beta-sandwich domain / ER membrane protein complex subunit 7 / ER membrane protein complex subunit 7, beta-sandwich domain / ER membrane protein complex subunit 6 / ER membrane protein complex subunit 3 / ER membrane protein complex subunit 1, C-terminal / Membrane magnesium transporter / ER membrane protein complex subunit 1 / ER membrane protein complex subunit 6-like / EMC6 / ER membrane protein complex subunit 1, C-terminal / Membrane magnesium transporter / ER membrane protein complex subunit 10 / ER membrane protein complex subunit 2-like / Integral membrane protein EMC3/TMCO1-like / Integral membrane protein EMC3/TMCO1-like / Integral membrane protein DUF106 / Prealbumin-like fold domain / Prealbumin-like fold domain / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / Carbohydrate-binding-like fold / Pyrrolo-quinoline quinone repeat / PQQ-like domain / Tetratricopeptide repeat / Peptidase M28 / Peptidase family M28 / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / MPN domain / MPN domain profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ER membrane protein complex subunit 8 / ER membrane protein complex subunit 2 / ER membrane protein complex subunit 4 / BOS complex subunit NOMO2 / ER membrane protein complex subunit 10 / ER membrane protein complex subunit 5 / ER membrane protein complex subunit 1 / Nicalin / ER membrane protein complex subunit 6 / Transmembrane protein 147 ...ER membrane protein complex subunit 8 / ER membrane protein complex subunit 2 / ER membrane protein complex subunit 4 / BOS complex subunit NOMO2 / ER membrane protein complex subunit 10 / ER membrane protein complex subunit 5 / ER membrane protein complex subunit 1 / Nicalin / ER membrane protein complex subunit 6 / Transmembrane protein 147 / Endoplasmic reticulum membrane protein complex subunit 7 / ER membrane protein complex subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.6 Å
データ登録者Nguyen, V.N. / Tomaleri, G.P. / Voorhees, R.M.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)DP2 GM137412 米国
Heritage Medical Research Institute 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Role of a holo-insertase complex in the biogenesis of biophysically diverse ER membrane proteins
著者: Page, K.R. / Nguyen, V.N. / Pleiner, T. / Tomaleri, G.P. / Wang, M.L. / Guna, A. / Hazu, M. / Wang, T. / Chou, T. / Voorhees, R.M.
履歴
登録2024年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
10: ER membrane protein complex subunit 10
1: ER membrane protein complex subunit 1
2: ER membrane protein complex subunit 2
3: ER membrane protein complex subunit 3
4: ER membrane protein complex subunit 4
5: Membrane magnesium transporter 1
6: ER membrane protein complex subunit 6
7: ER membrane protein complex subunit 7
8: ER membrane protein complex subunit 8
A: Nicalin
B: BOS complex subunit NOMO2
C: Transmembrane protein 147
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)530,47416
ポリマ－529,18312
非ポリマー1,2914
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: cross-linking, 電子顕微鏡法, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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ER membrane protein complex subunit ... , 8種, 8分子 101234678

#1: タンパク質 ER membrane protein complex subunit 10 / Hematopoietic signal peptide-containing membrane domain-containing protein 1


分子量: 27375.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5UCC4
#2: タンパク質 ER membrane protein complex subunit 1


分子量: 111886.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N766
#3: タンパク質 ER membrane protein complex subunit 2 / Tetratricopeptide repeat protein 35 / TPR repeat protein 35


分子量: 34882.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EMC2, KIAA0103, TTC35 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15006
#4: タンパク質 ER membrane protein complex subunit 3 / Transmembrane protein 111


分子量: 29981.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P0I2
#5: タンパク質 ER membrane protein complex subunit 4 / Cell proliferation-inducing gene 17 protein / Transmembrane protein 85


分子量: 20104.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5J8M3
#7: タンパク質 ER membrane protein complex subunit 6 / Transmembrane protein 93


分子量: 12029.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BV81
#8: タンパク質 ER membrane protein complex subunit 7


分子量: 26501.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NPA0
#9: タンパク質 ER membrane protein complex subunit 8 / Neighbor of COX4 / Protein FAM158B


分子量: 23807.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O43402

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タンパク質 , 4種, 4分子 5ABC

#6: タンパク質 Membrane magnesium transporter 1 / ER membrane protein complex subunit 5 / Transmembrane protein 32


分子量: 14706.786 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N4V1
#10: タンパク質 Nicalin / Nicastrin-like protein


分子量: 63047.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q969V3
#11: タンパク質 BOS complex subunit NOMO2 / Nodal modulator 2 / pM5 protein 2


分子量: 139580.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5JPE7
#12: タンパク質 Transmembrane protein 147 / Protein NIFIE 14


分子量: 25279.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TMEM147 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BVK8

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糖 , 2種, 4分子

#13: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#14: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human BOS complex / タイプ: COMPLEX / 詳細: Human BOS complex of NOMO, TMEM147, and NCLN / Entity ID: #1-#12 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150.0 mM4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid1
2200.0 mMsodium chlorideNaCl1
32.0 mMmagnesium acetate1
41.0 mMdithiothreitol1
50.0105 % (w/v)glyco-diosgenin1
試料濃度: 2.53 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Sample solubilized and purified in GDN.
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 279 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: DARK FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 17978
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.2.1粒子像選択
4cryoSPARC4.2.1CTF補正
7UCSF ChimeraX1.6.1モデルフィッティング
10cryoSPARC4.2.1最終オイラー角割当
11cryoSPARC4.2.1分類
12cryoSPARC4.2.1３次元再構成
13PHENIX1.21-5207-000モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 6.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 45703 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
18S9S

8s9s

18S9S1PDBexperimental model
29C7U

9c7u

19C7U2PDBexperimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 105.92 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.004325069
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.829834048
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04713873
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00524356
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d16.93099085

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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