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- PDB-9c6x: Crystal Structure of a single chain trimer composed of HLA-B*39:0... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9c6x
タイトルCrystal Structure of a single chain trimer composed of HLA-B*39:01 Y84C variant, beta-2microglobulin, and NRVMLPKAA peptide from NLRP2
要素NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 2,Beta-2-microglobulin,MHC class I antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM / HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN / B-39 ALPHA CHAIN / BETA-2-MICROGLOBULIN / NLRP2
機能・相同性
機能・相同性情報


Pyrin domain binding / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / : / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / positive regulation of interleukin-1 beta production ...Pyrin domain binding / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / : / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / positive regulation of interleukin-1 beta production / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / positive regulation of protein binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein refolding / regulation of inflammatory response / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / inflammatory response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / innate immune response / focal adhesion / intracellular membrane-bounded organelle / apoptotic process / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / DAPIN domain / NACHT nucleoside triphosphatase / NACHT domain / DAPIN domain profile. / NACHT-NTPase domain profile. ...: / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / DAPIN domain / NACHT nucleoside triphosphatase / NACHT domain / DAPIN domain profile. / NACHT-NTPase domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Leucine Rich repeat / Death-like domain superfamily / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Leucine-rich repeat / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE / Beta-2-microglobulin / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 2 / MHC class I antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Sharma, R. / Amdare, N.P. / Celikgil, A. / Garforth, S.J. / DiLorenzo, T.P. / Almo, S.C. / Ghosh, A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI123730 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30 CA013330 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structural and biochemical analysis of highly similar HLA-B allotypes differentially associated with type 1 diabetes.
著者: Sharma, R. / Amdare, N.P. / Ghosh, A. / Schloss, J. / Sidney, J. / Garforth, S.J. / Lopez, Y. / Celikgil, A. / Sette, A. / Almo, S.C. / DiLorenzo, T.P.
履歴
登録2024年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 2,Beta-2-microglobulin,MHC class I antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9913
ポリマ－46,7661
非ポリマー2242
水4,504250
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Superdex S200
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.939, 84.123, 150.421
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2510-

HOH

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要素

#1: タンパク質 NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 2,Beta-2-microglobulin,MHC class I antigen / Nucleotide-binding site protein 1 / PYRIN domain and NACHT domain-containing protein 1 / PYRIN- ...Nucleotide-binding site protein 1 / PYRIN domain and NACHT domain-containing protein 1 / PYRIN-containing APAF1-like protein 2


分子量: 46766.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: NLRP2, NALP2, NBS1, PAN1, PYPAF2, B2M, CDABP0092, HDCMA22P, HLA-B
プラスミド: pIRES-acGFP / 細胞株 (発現宿主): Human Embryonic Kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NX02, UniProt: P61769, UniProt: R5AK10
#2: 化合物 ChemComp-P4G / 1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE / ジエチレングリコ-ルジエチルエ-テル


分子量: 162.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O3
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.79 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 25% PEG 3350 and 0.1 M Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9201 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9201 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→24.83 Å / Num. obs: 53287 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.081 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 14.2 / Num. measured all: 390887
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Num. measured all: 21518 / Num. unique obs: 2822 / CC1/2: 0.857 / Rpim(I) all: 0.212 / Rrim(I) all: 0.59 / Χ2: 0.83 / Net I/σ(I) obs: 3.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21rc1_5156)精密化
Aimlessデータスケーリング
autoPROCデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→24.83 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2321 2729 5.13 %
Rwork0.2021 --
obs0.2036 53241 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→24.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3166 0 15 250 3431
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.815
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3691245
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053462
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006595
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.730.32091470.26132646X-RAY DIFFRACTION100
1.73-1.760.24481470.242629X-RAY DIFFRACTION100
1.76-1.80.24921290.2332609X-RAY DIFFRACTION100
1.8-1.840.27651420.23652652X-RAY DIFFRACTION100
1.84-1.880.24651370.22782637X-RAY DIFFRACTION100
1.88-1.930.2651420.23072623X-RAY DIFFRACTION100
1.93-1.980.27871340.23662652X-RAY DIFFRACTION100
1.98-2.040.28331530.23022620X-RAY DIFFRACTION100
2.04-2.110.23151460.22872662X-RAY DIFFRACTION100
2.11-2.180.3041460.22182633X-RAY DIFFRACTION100
2.18-2.270.25341500.22212649X-RAY DIFFRACTION100
2.27-2.370.22421330.21782638X-RAY DIFFRACTION100
2.37-2.50.26171500.20622622X-RAY DIFFRACTION100
2.5-2.650.25691640.21562648X-RAY DIFFRACTION100
2.65-2.860.24451270.21912695X-RAY DIFFRACTION100
2.86-3.140.22731180.20892712X-RAY DIFFRACTION100
3.14-3.60.23641640.1922645X-RAY DIFFRACTION100
3.6-4.530.19571440.16112718X-RAY DIFFRACTION100
4.53-24.830.17471560.16972822X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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