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- PDB-9c6w: Crystal Structure of a single chain trimer composed of HLA-B*39:0... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9c6w
タイトルCrystal Structure of a single chain trimer composed of HLA-B*39:06 Y84C variant, beta-2microglobulin, and NRVMLPKAA peptide from NLRP2 (2 molecules/asymmetric unit)
要素NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 2,Beta-2-microglobulin,MHC class I antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM / HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN / B-39 ALPHA CHAIN / BETA-2-MICROGLOBULIN / NLRP2
機能・相同性
機能・相同性情報


Pyrin domain binding / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / antigen processing and presentation / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression ...Pyrin domain binding / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / antigen processing and presentation / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / positive regulation of interleukin-1 beta production / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / sensory perception of smell / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / Modulation by Mtb of host immune system / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / regulation of inflammatory response / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / inflammatory response / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / innate immune response / focal adhesion / Neutrophil degranulation / apoptotic process / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / cell surface / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / NACHT nucleoside triphosphatase ...: / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / NACHT nucleoside triphosphatase / NACHT domain / NACHT-NTPase domain profile. / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Leucine Rich repeat / Death-like domain superfamily / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / Leucine-rich repeat / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / Leucine-rich repeat domain superfamily / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
3,6,9,12,15-PENTAOXAHEPTADECANE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / MHC class I antigen / Beta-2-microglobulin / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Sharma, R. / Amdare, N.P. / Celikgil, A. / Garforth, S.J. / DiLorenzo, T.P. / Almo, S.C. / Ghosh, A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI123730 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30 CA013330 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structural and biochemical analysis of highly similar HLA-B allotypes differentially associated with type 1 diabetes.
著者: Sharma, R. / Amdare, N.P. / Ghosh, A. / Schloss, J. / Sidney, J. / Garforth, S.J. / Lopez, Y. / Celikgil, A. / Sette, A. / Almo, S.C. / DiLorenzo, T.P.
履歴
登録2024年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 2,Beta-2-microglobulin,MHC class I antigen
B: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 2,Beta-2-microglobulin,MHC class I antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,94740
ポリマ－93,8252
非ポリマー3,12238
水7,548419
1
A: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 2,Beta-2-microglobulin,MHC class I antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,29418
ポリマ－46,9131
非ポリマー1,38117
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 2,Beta-2-microglobulin,MHC class I antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,65322
ポリマ－46,9131
非ポリマー1,74021
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.244, 84.237, 149.204
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 2,Beta-2-microglobulin,MHC class I antigen / Nucleotide-binding site protein 1 / PYRIN domain and NACHT domain-containing protein 1 / PYRIN- ...Nucleotide-binding site protein 1 / PYRIN domain and NACHT domain-containing protein 1 / PYRIN-containing APAF1-like protein 2 / Major histocompatibility complex


分子量: 46912.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: NLRP2, NALP2, NBS1, PAN1, PYPAF2, B2M, CDABP0092, HDCMA22P, HLA-B, HLA-B39
プラスミド: pIRES-acGFP / 細胞株 (発現宿主): Human Embryonic Kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NX02, UniProt: P61769, UniProt: I3ZN83

-
非ポリマー , 7種, 457分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-P3G / 3,6,9,12,15-PENTAOXAHEPTADECANE / テトラエチレングリコ-ルジエチルエ-テル


分子量: 250.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O5
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 419 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.19 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2M Ammonuim sulfate,0.2 M Lithium sulfate, 0.1 M HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→19.73 Å / Num. obs: 110321 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.04 / Χ2: 0.92 / Net I/σ(I): 22.8 / Num. measured all: 711734
反射 シェル解像度: 1.67→1.7 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.509 / Num. measured all: 35993 / Num. unique obs: 5380 / CC1/2: 0.911 / Rpim(I) all: 0.213 / Rrim(I) all: 0.553 / Χ2: 0.72 / Net I/σ(I) obs: 3.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21rc1_5156)精密化
Aimlessデータスケーリング
autoPROCデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→19.73 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2155 5340 5.11 %
Rwork0.1866 --
obs0.1881 104543 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6299 0 182 419 6900
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.7462531
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054937
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071201
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.720.26332000.22793261X-RAY DIFFRACTION100
1.72-1.740.23561760.21953287X-RAY DIFFRACTION100
1.74-1.760.24571660.21113288X-RAY DIFFRACTION100
1.76-1.780.22281730.20133270X-RAY DIFFRACTION100
1.78-1.810.22261670.20113240X-RAY DIFFRACTION100
1.81-1.830.24891910.19593293X-RAY DIFFRACTION100
1.83-1.860.20991760.19373257X-RAY DIFFRACTION100
1.86-1.890.24181750.19473306X-RAY DIFFRACTION100
1.89-1.910.24231830.19973272X-RAY DIFFRACTION100
1.91-1.950.23251560.19323301X-RAY DIFFRACTION100
1.95-1.980.21561720.1973280X-RAY DIFFRACTION100
1.98-2.020.24471960.19713265X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.050.21081870.17313271X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.10.19221650.1873306X-RAY DIFFRACTION100
2.1-2.140.22531850.18333255X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.190.25271750.19333261X-RAY DIFFRACTION100
2.19-2.250.22461590.18943318X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.310.23141780.19323307X-RAY DIFFRACTION100
2.31-2.370.2091710.19333310X-RAY DIFFRACTION100
2.37-2.450.22471750.18843300X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.540.21071880.19343299X-RAY DIFFRACTION100
2.54-2.640.2721870.20453302X-RAY DIFFRACTION100
2.64-2.760.21071570.20473311X-RAY DIFFRACTION99
2.76-2.90.25111660.21133357X-RAY DIFFRACTION100
2.9-3.090.22911760.20333320X-RAY DIFFRACTION100
3.09-3.320.20371790.19923339X-RAY DIFFRACTION100
3.32-3.660.22161900.17533364X-RAY DIFFRACTION100
3.66-4.180.2041850.15833358X-RAY DIFFRACTION99
4.18-5.250.18422060.14643373X-RAY DIFFRACTION100
5.25-19.730.19461800.19463532X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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