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- PDB-9c5b: AP-3 bound to myristoylated Arf1 (Q71L) and LAMPI on a lipid nano... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9c5b
タイトルAP-3 bound to myristoylated Arf1 (Q71L) and LAMPI on a lipid nanodisc; combined map
要素
  • (AP-3 complex subunit ...) x 4
  • ADP-ribosylation factor 1
  • Lysosome-associated membrane glycoprotein 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Adaptor Protein complex / AP-3 / Lysosomal transport / Endosomal transport / Protein trafficking
機能・相同性
機能・相同性情報


synaptic vesicle coating / synaptic vesicle budding from endosome / establishment of protein localization to mitochondrial membrane involved in mitochondrial fission / clathrin-coated vesicle cargo loading, AP-3-mediated / skin epidermis development / AP-type membrane coat adaptor complex / synaptic vesicle membrane organization / regulation of organelle transport along microtubule / zinc ion import into lysosome / AP-3 adaptor complex ...synaptic vesicle coating / synaptic vesicle budding from endosome / establishment of protein localization to mitochondrial membrane involved in mitochondrial fission / clathrin-coated vesicle cargo loading, AP-3-mediated / skin epidermis development / AP-type membrane coat adaptor complex / synaptic vesicle membrane organization / regulation of organelle transport along microtubule / zinc ion import into lysosome / AP-3 adaptor complex / positive regulation of natural killer cell degranulation / neurotransmitter receptor transport, postsynaptic endosome to lysosome / anterograde synaptic vesicle transport / granzyme-mediated programmed cell death signaling pathway / phagolysosome membrane / microvesicle / Golgi to lysosome transport / endosome to melanosome transport / mitotic cleavage furrow ingression / trans-Golgi Network Vesicle Budding / Golgi to vacuole transport / establishment of protein localization to organelle / cytolytic granule membrane / synaptic vesicle recycling / postsynaptic recycling endosome / presynaptic endosome / clathrin adaptor complex / platelet dense granule organization / Glycosphingolipid transport / regulation of receptor internalization / melanosome assembly / granulocyte differentiation / Intra-Golgi traffic / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / GTP-dependent protein binding / positive regulation of NK T cell differentiation / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / clathrin-coated vesicle membrane / lysosomal lumen acidification / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / protein targeting to vacuole / protein targeting to lysosome / melanosome organization / respiratory system process / anterograde axonal transport / Nef Mediated CD4 Down-regulation / intracellular zinc ion homeostasis / dendritic spine organization / protein localization to membrane / protein localization to cell surface / long-term synaptic depression / azurophil granule membrane / lysosome organization / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Lysosome Vesicle Biogenesis / toll-like receptor signaling pathway / ion channel inhibitor activity / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / cell leading edge / lung morphogenesis / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / autolysosome / autophagosome membrane / ficolin-1-rich granule membrane / homeostasis of number of cells / intracellular copper ion homeostasis / single fertilization / intracellular transport / hematopoietic progenitor cell differentiation / COPI-mediated anterograde transport / transport vesicle / vesicle-mediated transport / axon cytoplasm / multivesicular body / MHC class II antigen presentation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / cytoplasmic vesicle membrane / sarcomere / small monomeric GTPase / intracellular protein transport / mRNA transcription by RNA polymerase II / terminal bouton / cell morphogenesis / sarcolemma / protein modification process / small GTPase binding / cellular response to virus / endocytosis / blood coagulation / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / late endosome membrane / late endosome / synaptic vesicle / insulin receptor signaling pathway / melanosome / presynapse / virus receptor activity
類似検索 - 分子機能
AP-3 complex subunit sigma / AP-3 complex subunit delta domain, metazoa / AP-3 complex subunit delta-1 / Bovine leukaemia virus receptor (BLVR) / AP-3 complex subunit beta, C-terminal domain / AP-3 complex subunit beta 1, serine-rich domain / : / Clathrin-adaptor complex-3 beta-1 subunit C-terminal / Serine-rich region of AP3B1, clathrin-adaptor complex / AP-3 complex subunit beta-1, C-terminal domain ...AP-3 complex subunit sigma / AP-3 complex subunit delta domain, metazoa / AP-3 complex subunit delta-1 / Bovine leukaemia virus receptor (BLVR) / AP-3 complex subunit beta, C-terminal domain / AP-3 complex subunit beta 1, serine-rich domain / : / Clathrin-adaptor complex-3 beta-1 subunit C-terminal / Serine-rich region of AP3B1, clathrin-adaptor complex / AP-3 complex subunit beta-1, C-terminal domain / Clathrin-adaptor complex-3 beta-1 subunit C-terminal / Adaptor protein complex AP-3, delta subunit / Lysosome-associated membrane glycoprotein, conserved site / AP-3 complex subunit beta / : / Lysosome-associated membrane glycoprotein 2, transmembrane segment / Lysosome-associated membrane glycoproteins duplicated domain signature. / LAMP glycoproteins transmembrane and cytoplasmic domain signature. / Lysosome-associated membrane glycoprotein / : / Lysosome-associated membrane glycoprotein 2-like, luminal domains / Lysosome-associated membrane glycoprotein family profile. / Adaptor protein complex, sigma subunit / Beta-adaptin appendage, C-terminal subdomain / Beta2-adaptin appendage, C-terminal sub-domain / ADP-ribosylation factor 1-5 / AP complex subunit beta / Clathrin adaptor complex, small chain / Clathrin adaptor complexes small chain signature. / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 1. / Clathrin adaptor, mu subunit / Clathrin adaptor, mu subunit, conserved site / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 2. / : / AP complex, mu/sigma subunit / Clathrin adaptor complex small chain / Adaptor complexes medium subunit family / AP-2 complex subunit mu, C-terminal superfamily / Clathrin/coatomer adaptor, adaptin-like, N-terminal / Adaptin N terminal region / Mu homology domain / Mu homology domain (MHD) profile. / Small GTPase superfamily, ARF type / small GTPase Arf family profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / Longin-like domain superfamily / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Rab subfamily of small GTPases / Armadillo-like helical / Small GTP-binding protein domain / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / AP-3 complex subunit beta-1 / AP-3 complex subunit delta-1 / Lysosome-associated membrane glycoprotein 1 / ADP-ribosylation factor 1 / AP-3 complex subunit sigma-1 / AP-3 complex subunit mu-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
Model detailsMODEL GENERATED BY ROSETTA VERSION 2020.08+release.cb1caba
データ登録者Begley, M.C. / Baker, R.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM150960 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: A structure-based mechanism for initiation of AP-3 coated vesicle formation.
著者: Matthew Begley / Mahira Aragon / Richard W Baker /
要旨: Adaptor protein complex-3 (AP-3) mediates cargo sorting from endosomes to lysosomes and lysosome-related organelles. Recently, it was shown that AP-3 adopts a constitutively open conformation ...Adaptor protein complex-3 (AP-3) mediates cargo sorting from endosomes to lysosomes and lysosome-related organelles. Recently, it was shown that AP-3 adopts a constitutively open conformation compared to the related AP-1 and AP-2 coat complexes, which are inactive until undergoing large conformational changes upon membrane recruitment. How AP-3 is regulated is therefore an open question. To understand the mechanism of AP-3 membrane recruitment and activation, we reconstituted human AP-3 and determined multiple structures in the soluble and membrane-bound states using electron cryo-microscopy. Similar to yeast AP-3, human AP-3 is in a constitutively open conformation. To reconstitute AP-3 activation by adenosine di-phosphate (ADP)-ribosylation factor 1 (Arf1), a small guanosine tri-phosphate (GTP)ase, we used lipid nanodiscs to build Arf1-AP-3 complexes on membranes and determined three structures showing the stepwise conformational changes required for formation of AP-3 coated vesicles. First, membrane recruitment is driven by one of two predicted Arf1 binding sites, which flexibly tethers AP-3 to the membrane. Second, cargo binding causes AP-3 to adopt a fixed position and rigidifies the complex, which stabilizes binding for a second Arf1 molecule. Finally, binding of the second Arf1 molecule provides the template for AP-3 dimerization, providing a glimpse into the first step of coat polymerization. We propose coat polymerization only occurs after cargo engagement, thereby linking cargo sorting with assembly of higher-order coat structures. Additionally, we provide evidence for two amphipathic helices in AP-3, suggesting that AP-3 contributes to membrane deformation during coat assembly. In total, these data provide evidence for the first stages of AP-3-mediated vesicle coat assembly.
履歴
登録2024年6月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月18日Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月18日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月18日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月18日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月18日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.12025年3月5日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADP-ribosylation factor 1
C: ADP-ribosylation factor 1
D: AP-3 complex subunit delta-1
M: AP-3 complex subunit mu-1
S: AP-3 complex subunit sigma-1
Y: Lysosome-associated membrane glycoprotein 1
B: AP-3 complex subunit beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)258,65111
ポリマ－257,5567
非ポリマー1,0954
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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AP-3 complex subunit ... , 4種, 4分子 DMSB

#2: タンパク質 AP-3 complex subunit delta-1 / AP-3 complex subunit delta / Adaptor-related protein complex 3 subunit delta-1 / Delta-adaptin


分子量: 69381.977 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 1-617 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AP3D1, PRO0039 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O14617
#3: タンパク質 AP-3 complex subunit mu-1 / AP-3 adaptor complex mu3A subunit / Adaptor-related protein complex 3 subunit mu-1 / Mu-adaptin 3A ...AP-3 adaptor complex mu3A subunit / Adaptor-related protein complex 3 subunit mu-1 / Mu-adaptin 3A / Mu3A-adaptin


分子量: 46989.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AP3M1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y2T2
#4: タンパク質 AP-3 complex subunit sigma-1 / AP-3 complex subunit sigma-3A / Adaptor-related protein complex 3 subunit sigma-1 / Clathrin- ...AP-3 complex subunit sigma-3A / Adaptor-related protein complex 3 subunit sigma-1 / Clathrin-associated/assembly/adaptor protein / small 3 / Sigma-3A-adaptin / Sigma3A-adaptin / Sigma-adaptin 3a


分子量: 21755.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AP3S1, CLAPS3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92572
#6: タンパク質 AP-3 complex subunit beta-1 / Adaptor protein complex AP-3 subunit beta-1 / Adaptor-related protein complex 3 subunit beta-1 / ...Adaptor protein complex AP-3 subunit beta-1 / Adaptor-related protein complex 3 subunit beta-1 / Beta-3A-adaptin / Clathrin assembly protein complex 3 beta-1 large chain


分子量: 76499.609 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 1-677 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AP3B1, ADTB3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00203

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 3分子 ACY

#1: タンパク質 ADP-ribosylation factor 1


分子量: 20775.812 Da / 分子数: 2 / 変異: Q71L / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Q to L mutation at position 71 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84077, small monomeric GTPase
#5: タンパク質・ペプチド Lysosome-associated membrane glycoprotein 1 / LAMP-1 / Lysosome-associated membrane protein 1 / CD107 antigen-like family member A


分子量: 1377.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic peptide with an oleic acid conjugation / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P11279

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非ポリマー , 2種, 4分子

#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: AP-3 bound to myristoylated Arf1 (Q71L) and LAMPI on a lipid nanodisc; combined map
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.215 MDa / 実験値: NO
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 1x PBS (pH 7.4), 300mM NaCl, 1mM TCEP
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
12.7 mMPotassium ChlorideKCl1
210 mMSodium Phosphate (Dibasic)Na2HPO41
31.8 mMPotassium Phosphate (Monobasic)KH2PO41
4300 mMSodium ChlorideNaCl1
51 mMTCEPC9H15O6P1
試料濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Specimen appeared as a monodisperse peak via size exclusion chromatography (SEC)
試料支持詳細: Used Quantifoil Active grids - backside gold coated before plasma cleaning. 12 mA used for plasma cleaning.
グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: SPOTITON / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 296 K / 詳細: Commercialized version - chameleon

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 400 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 53.4 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
詳細: 2 datasets collected, processed independently, and merged.
電子光学装置エネルギーフィルター名称: TFS Selectris / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.4.1粒子像選択
2Leginon画像取得
4cryoSPARC4.4.1CTF補正
7UCSF ChimeraX1.7.1モデルフィッティング
9cryoSPARC4.4.1初期オイラー角割当
10cryoSPARC4.4.1最終オイラー角割当
11cryoSPARC4.4.1分類
12cryoSPARC4.4.1３次元再構成
13Rosetta3.12モデル精密化
14PHENIX1.21.1モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択詳細: Mixture of blob picker, template picker, crYOLO, and Topaz
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 176749
詳細: Non-Uniform refinement in cryoSPARC. Map is a composite map of two focused refinements, combined using phenix.combine_focused_maps.
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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