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- PDB-9c20: The Sialidase NanJ in complex with Neu5,9Ac -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9c20
タイトルThe Sialidase NanJ in complex with Neu5,9Ac
要素exo-alpha-sialidase
キーワードHYDROLASE / Sialidase / Glycoside Hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / carbohydrate binding / intracellular membrane-bounded organelle / metal ion binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 33, N-terminal / Trans-sialidase, domain 3 / Sialidase, N-terminal domain / BNR repeat-like domain / Sialidase family / Sialidase / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain ...Glycoside hydrolase, family 33, N-terminal / Trans-sialidase, domain 3 / Sialidase, N-terminal domain / BNR repeat-like domain / Sialidase family / Sialidase / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Sialidase superfamily / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Galactose-binding-like domain superfamily / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5N6 / exo-alpha-sialidase
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium perfringens ATCC 13124 (ウェルシュ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.699 Å
データ登録者Medley, B.J. / Low, K.E. / Garber, J.M. / Gray, T.E. / Leeann, L.L. / Fordwour, O.B. / Inglis, G.D. / Boons, G.J. / Zandberg, W.F. / Abbott, W. / Boraston, A.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Glycomics Network (GLYCONET) カナダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: A "terminal" case of glycan catabolism: Structural and enzymatic characterization of the sialidases of Clostridium perfringens.
著者: Medley, B.J. / Low, K.E. / Irungu, J.D.W. / Kipchumba, L. / Daneshgar, P. / Liu, L. / Garber, J.M. / Klassen, L. / Inglis, G.D. / Boons, G.J. / Zandberg, W.F. / Abbott, D.W. / Boraston, A.B.
履歴
登録2024年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月19日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: exo-alpha-sialidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,6873
ポリマ－50,2731
非ポリマー4132
水3,747208
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)171.037, 171.037, 93.296
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1156-

HOH

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要素

#1: タンパク質 exo-alpha-sialidase


分子量: 50273.184 Da / 分子数: 1 / 変異: R501K,Q534E,K580N,D617G,I620V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium perfringens ATCC 13124 (ウェルシュ菌)
遺伝子: nanJ, CPF_0532 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2YT71, exo-alpha-sialidase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 糖 ChemComp-5N6 / 9-O-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosonic acid / (2~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-5-acetamido-6-[(1~{R},2~{R})-3-acetyloxy-1,2-bis(oxidanyl)propyl]-2,4-bis(oxidanyl)oxane-2-ca rboxylic acid / 9-O-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulosonic acid / 9-O-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-D-galacto-non-2-ulosonic acid / 9-O-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-galacto-non-2-ulosonic acid / Neu5,9Ac2


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 351.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H21NO10 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
a-D-Neup5Ac9AcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.61 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 2.0M (NH4)2S04

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→24.81 Å / Num. obs: 47174 / % possible obs: 99.14 % / 冗長度: 5.3 % / CC1/2: 0.935 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.1 Å / Num. unique obs: 1342 / CC1/2: 0.787

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0415精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.699→24.808 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / WRfactor Rfree: 0.208 / WRfactor Rwork: 0.151 / SU B: 10.108 / SU ML: 0.198 / Average fsc free: 0.9513 / Average fsc work: 0.9746 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.382 / ESU R Free: 0.291 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2537 1156 5.153 %
Rwork0.1838 21277 -
all0.187 --
obs-22433 99.143 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 34.876 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.349 Å20.175 Å20 Å2
2--0.349 Å20 Å2
3----1.133 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.699→24.808 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3456 0 28 208 3692
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0123563
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5851.6674836
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7845450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg3.358514
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.42410531
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg14.91710169
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2518
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022784
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2250.21692
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3150.22431
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1590.2258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1670.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1960.228
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2723.5591801
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.096.3812248
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9163.5751762
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.9996.5012588
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.64335.425534
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.699-2.7680.264740.26915190.26916160.9530.96298.57670.213
2.768-2.8430.414950.26914800.27815800.9210.96499.68350.208
2.843-2.9250.34800.26814480.27215360.930.95899.47920.21
2.925-3.0130.369760.25814080.26414930.9130.95999.39720.206
3.013-3.1110.336670.23813930.24214650.9370.96499.65870.187
3.111-3.2180.321790.22513180.2313980.9320.96899.92850.185
3.218-3.3370.281690.21512930.21913650.9490.9799.78020.182
3.337-3.4710.34590.20312470.20813090.9210.97799.77080.174
3.471-3.6220.262720.19611950.212680.9590.97999.92110.171
3.622-3.7950.23590.16511440.16912060.9670.98699.75120.147
3.795-3.9950.202610.15310800.15511560.9750.98798.70240.13
3.995-4.230.213540.13910400.14211130.9750.98898.29290.118
4.23-4.5130.189500.1159870.11810440.9820.99299.32950.102
4.513-4.8610.151590.1019030.1049790.9870.99498.26350.09
4.861-5.3050.201420.1218560.1249020.9810.99199.55650.106
5.305-5.8980.202430.1617940.1648390.9790.98599.76160.142
5.898-6.7470.208420.1916990.1927450.9720.97999.46310.17
6.747-8.1140.274270.2116220.2136520.9560.97599.53990.192
8.114-10.9070.232250.1775080.1795370.9580.97999.25510.168
10.907-24.8080.234230.1923430.1943740.9690.97497.8610.195

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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