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- PDB-9bw1: TnsABCD-DNA transpososome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bw1
タイトルTnsABCD-DNA transpososome
要素
  • Integrase
  • LE_polyA
  • RE_polyA
  • RE_target
  • Target_downstream
  • Target_val
  • TnsC
  • TnsD
  • tRNA_LE_LUEGO
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Tn7-like transposon / type I-B2 CAST / DNA binding protein / transpososome / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA integration / nucleic acid binding / ATP hydrolysis activity
類似検索 - 分子機能
TnsA endonuclease C-terminal / TnsA endonuclease, N-terminal / TnsA endonuclease C terminal / TnsA-like endonuclease N terminal / Transposase-like, Mu, C-terminal / Mu transposase, C-terminal / TniQ / TniQ / : / AAA domain ...TnsA endonuclease C-terminal / TnsA endonuclease, N-terminal / TnsA endonuclease C terminal / TnsA-like endonuclease N terminal / Transposase-like, Mu, C-terminal / Mu transposase, C-terminal / TniQ / TniQ / : / AAA domain / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / ORC1/DEAH AAA+ ATPase domain-containing protein / Integrase / HTH cro/C1-type domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Peltigera membranacea (ウスバイヌツメゴケ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.65 Å
データ登録者Chang, L. / Wang, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: Structure of TnsABCD transpososome reveals mechanisms of targeted DNA transposition.
著者: Shukun Wang / Romana Siddique / Mark C Hall / Phoebe A Rice / Leifu Chang /
要旨: Tn7-like transposons are characterized by their ability to insert specifically into host chromosomes. Recognition of the attachment (att) site by TnsD recruits the TnsABC proteins to form the ...Tn7-like transposons are characterized by their ability to insert specifically into host chromosomes. Recognition of the attachment (att) site by TnsD recruits the TnsABC proteins to form the transpososome and facilitate transposition. Although this pathway is well established, atomic-level structural insights of this process remain largely elusive. Here, we present the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of the TnsC-TnsD-att DNA complex and the TnsABCD transpososome from the Tn7-like transposon in Peltigera membranacea cyanobiont 210A, a type I-B CRISPR-associated transposon. Our structures reveal a striking bending of the att DNA, featured by the intercalation of an arginine side chain of TnsD into a CC/GG dinucleotide step. The TnsABCD transpososome structure reveals TnsA-TnsB interactions and demonstrates that TnsC not only recruits TnsAB but also directly participates in the transpososome assembly. These findings provide mechanistic insights into targeted DNA insertion by Tn7-like transposons, with implications for improving the precision and efficiency of their genome-editing applications.
履歴
登録2024年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月16日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月16日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月16日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月16日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月16日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月16日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月16日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月16日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月16日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _em_admin.last_update
改定 1.22025年5月28日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年5月28日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
2: LE_polyA
4: RE_target
5: RE_polyA
6: Target_downstream
H: Target_val
I: tRNA_LE_LUEGO
J: TnsD
M: Integrase
N: Integrase
O: Integrase
P: Integrase
Q: TnsC
R: TnsC
S: TnsC
T: TnsC
U: TnsC
V: TnsC
W: TnsC
a: Integrase
b: Integrase
c: Integrase
d: Integrase
x: TnsC
y: TnsC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,495,47044
ポリマ－1,491,52224
非ポリマー3,94820
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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DNA鎖 , 6種, 6分子 2456HI

#1: DNA鎖 LE_polyA


分子量: 26308.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Peltigera membranacea (ウスバイヌツメゴケ)
#2: DNA鎖 RE_target


分子量: 61828.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Peltigera membranacea (ウスバイヌツメゴケ)
#3: DNA鎖 RE_polyA


分子量: 53267.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Peltigera membranacea (ウスバイヌツメゴケ)
#4: DNA鎖 Target_downstream


分子量: 11471.370 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Peltigera membranacea (ウスバイヌツメゴケ)
#5: DNA鎖 Target_val


分子量: 21278.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Peltigera membranacea (ウスバイヌツメゴケ)
#6: DNA鎖 tRNA_LE_LUEGO


分子量: 48725.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Peltigera membranacea (ウスバイヌツメゴケ)

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タンパク質 , 3種, 18分子 JMNOPabcdQRSTUVWxy

#7: タンパク質 TnsD


分子量: 52821.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Peltigera membranacea (ウスバイヌツメゴケ)
遺伝子: CDG76_08985 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A235IGG7
#8: タンパク質
Integrase / TnsAB


分子量: 103015.461 Da / 分子数: 8 / Mutation: E62A, D519A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Peltigera membranacea (ウスバイヌツメゴケ)
遺伝子: CDG76_08995 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A235IFR8
#9: タンパク質
TnsC


分子量: 43521.934 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Peltigera membranacea (ウスバイヌツメゴケ)
遺伝子: CDG76_08990 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A235IFM2

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非ポリマー , 4種, 27分子

#10: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#12: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#13: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1TnsABCD-DNA complexCOMPLEX#1-#90MULTIPLE SOURCES
2TnsABCDCOMPLEX#7-#91RECOMBINANT
3DNACOMPLEX#1-#61SYNTHETIC
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Peltigera membranacea (ウスバイヌツメゴケ)161997
33Peltigera membranacea (ウスバイヌツメゴケ)161997
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 54 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 3.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 38326 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00548869
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.70267389
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d19.6978434
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.047436
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0057681

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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