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- EMDB-42941: TnsD-TnsC-DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42941
タイトルTnsD-TnsC-DNA complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Ternary complex of TnsC, TnsD, and DNA in type I-B2 CRISPR-associated transposon system
    • タンパク質・ペプチド: TnsC
    • DNA: DNA (41-MER)
    • DNA: DNA (41-MER)
    • タンパク質・ペプチド: TnsD
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: water
キーワードTnsC / TnsD / Tn7-like transposon / type I-B2 CAST / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性: / AAA domain / ATP hydrolysis activity / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ORC1/DEAH AAA+ ATPase domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Peltigera membranacea (ウスバイヌツメゴケ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Chang L / Wang S
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: Structure of TnsABCD transpososome reveals mechanisms of targeted DNA transposition.
著者: Shukun Wang / Romana Siddique / Mark C Hall / Phoebe A Rice / Leifu Chang /
要旨: Tn7-like transposons are characterized by their ability to insert specifically into host chromosomes. Recognition of the attachment (att) site by TnsD recruits the TnsABC proteins to form the ...Tn7-like transposons are characterized by their ability to insert specifically into host chromosomes. Recognition of the attachment (att) site by TnsD recruits the TnsABC proteins to form the transpososome and facilitate transposition. Although this pathway is well established, atomic-level structural insights of this process remain largely elusive. Here, we present the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of the TnsC-TnsD-att DNA complex and the TnsABCD transpososome from the Tn7-like transposon in Peltigera membranacea cyanobiont 210A, a type I-B CRISPR-associated transposon. Our structures reveal a striking bending of the att DNA, featured by the intercalation of an arginine side chain of TnsD into a CC/GG dinucleotide step. The TnsABCD transpososome structure reveals TnsA-TnsB interactions and demonstrates that TnsC not only recruits TnsAB but also directly participates in the transpososome assembly. These findings provide mechanistic insights into targeted DNA insertion by Tn7-like transposons, with implications for improving the precision and efficiency of their genome-editing applications.
履歴
登録2023年11月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月16日-
マップ公開2024年10月16日-
更新2025年5月14日-
現状2025年5月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42941.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42941.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 360 pix.
= 295.92 Å		0.82 Å/pix.
x 360 pix.
= 295.92 Å		0.82 Å/pix.
x 360 pix.
= 295.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.822 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.034
最小 - 最大-0.0017732274 - 2.323038
平均 (標準偏差)0.002113918 (±0.034398966)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 295.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_42941_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_42941_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of TnsC, TnsD, and DNA in type I-B2 CRISPR-associ...

全体名称: Ternary complex of TnsC, TnsD, and DNA in type I-B2 CRISPR-associated transposon system
要素
  • 複合体: Ternary complex of TnsC, TnsD, and DNA in type I-B2 CRISPR-associated transposon system
    • タンパク質・ペプチド: TnsC
    • DNA: DNA (41-MER)
    • DNA: DNA (41-MER)
    • タンパク質・ペプチド: TnsD
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: Ternary complex of TnsC, TnsD, and DNA in type I-B2 CRISPR-associ...

超分子名称: Ternary complex of TnsC, TnsD, and DNA in type I-B2 CRISPR-associated transposon system
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Peltigera membranacea (ウスバイヌツメゴケ)

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分子 #1: TnsC

分子名称: TnsC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Peltigera membranacea (ウスバイヌツメゴケ)
分子量理論値: 43.521934 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTKSTGFPLE LLTRPATERL AYFENYTVAH PRLKEVYEIL MRTIAEPAGA SFIFVYGASG VGKTTLRLRV EQKLTELALP KLESDRARV PVVGIEAIAP ESRYFNWKEY YTRALITLEE PLIDHKFDYG VRGISRDNFG KINVESKVVA PALRRALENA L IHRHPDVF ...文字列:
MTKSTGFPLE LLTRPATERL AYFENYTVAH PRLKEVYEIL MRTIAEPAGA SFIFVYGASG VGKTTLRLRV EQKLTELALP KLESDRARV PVVGIEAIAP ESRYFNWKEY YTRALITLEE PLIDHKFDYG VRGISRDNFG KINVESKVVA PALRRALENA L IHRHPDVF FVDEAQHFGK VASGYKLQDQ LDCLKSLANM TGILHCLLGT YELLTFRNLS GQLSRRSVDI HFRRYCADSP ED VQAFKSV LLTFQQHLPL AETPNLVDHW EYFYERTLGC IGTLKDWLKR VLSDALDREA TTITLKDLQK RALSVAQCQK MFK EIQEGE RQLSETEADV QNLRSALGLG AKPIVLPEET PKTTRPPGKV GKRKPKRDPI GVQQDVS

UniProtKB: ORC1/DEAH AAA+ ATPase domain-containing protein

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分子 #4: TnsD

分子名称: TnsD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Peltigera membranacea (ウスバイヌツメゴケ)
分子量理論値: 52.821109 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MLASVLETYE SWNLKKPLIP QRSRLYQPQP VGIGTPYIES LTGYITRIAE LHGVLPGVLM TREIAPLVNK IYFQNGANRG FREIFNRSQ ALNGMGEMAA DLVQVLQKLT LRDDLRFLTM LFWSNILTPR NLFRTRKAWC PICYQERHQN GLVVYEQLLW T INLITICP ...文字列:
MLASVLETYE SWNLKKPLIP QRSRLYQPQP VGIGTPYIES LTGYITRIAE LHGVLPGVLM TREIAPLVNK IYFQNGANRG FREIFNRSQ ALNGMGEMAA DLVQVLQKLT LRDDLRFLTM LFWSNILTPR NLFRTRKAWC PICYQERHQN GLVVYEQLLW T INLITICP QHQKPLVELC PHCNHESPLL NWRSRPGYCS KCGEWLGANQ CLKTFTDGEG SIKLQLEWQY WTANVVGELI LA SQCFESA PSKENITKSL NIVIDKVAEN NAAAFSRLIG VPKNSLWMWQ STKTLPELNT LLKICYELEI SLVEFLTPKN LIT KSFTKI SQKHLQLSRT PRVSPKSFDQ YQVKDALLAI LAGNEEPPPT MEEVGKRLGH HNRTISRHFP DLCSAISAKC RNYN KACRL KSIEKLCSEV REIVLSLNAQ GVYPTEGRVC ELMPNPGCFR YKQVRAAFND ARREFGL

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分子 #2: DNA (41-MER)

分子名称: DNA (41-MER) / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Peltigera membranacea (ウスバイヌツメゴケ)
分子量理論値: 24.727807 KDa
配列文字列: (DG)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DC) (DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DT)(DT)(DC)(DG)(DA) (DG)(DT)(DC)(DT)(DG)(DG)(DT)(DA)(DC) (DT)(DG)(DC)(DC)(DC)(DA)(DG)(DT)(DA)(DG) (DT) (DG)(DA)(DT)(DC)(DT) ...文字列:
(DG)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DC) (DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DT)(DT)(DC)(DG)(DA) (DG)(DT)(DC)(DT)(DG)(DG)(DT)(DA)(DC) (DT)(DG)(DC)(DC)(DC)(DA)(DG)(DT)(DA)(DG) (DT) (DG)(DA)(DT)(DC)(DT)(DT)(DA)(DT) (DT)(DT)(DC)(DA)(DT)(DT)(DA)(DT)(DG)(DG) (DT)(DG) (DA)(DA)(DA)(DG)(DT)(DT)(DG) (DG)(DA)(DA)(DC)(DC)(DT)(DC)(DT)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)

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分子 #3: DNA (41-MER)

分子名称: DNA (41-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Peltigera membranacea (ウスバイヌツメゴケ)
分子量理論値: 24.608814 KDa
配列文字列: (DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DA)(DG)(DA)(DG)(DG) (DT)(DT)(DC)(DC)(DA)(DA)(DC)(DT)(DT)(DT) (DC)(DA)(DC)(DC)(DA)(DT)(DA)(DA)(DT) (DG)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DG)(DA)(DT) (DC) (DA)(DC)(DT)(DA)(DC) ...文字列:
(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DA)(DG)(DA)(DG)(DG) (DT)(DT)(DC)(DC)(DA)(DA)(DC)(DT)(DT)(DT) (DC)(DA)(DC)(DC)(DA)(DT)(DA)(DA)(DT) (DG)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DG)(DA)(DT) (DC) (DA)(DC)(DT)(DA)(DC)(DT)(DG)(DG) (DG)(DC)(DA)(DG)(DT)(DA)(DC)(DC)(DA)(DG) (DA)(DC) (DT)(DC)(DG)(DA)(DA)(DC)(DT) (DG)(DA)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC) (DT)(DG)(DC)

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分子 #5: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 7 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #6: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 7 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #7: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #8: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 54.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.01 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 154947
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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