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- PDB-9brd: Synaptic Vesicle V-ATPase with synaptophysin and SidK, State 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9brd
タイトルSynaptic Vesicle V-ATPase with synaptophysin and SidK, State 3
要素
  • (V-type proton ATPase ...) x 11
  • ATPase H+-transporting V1 subunit D
  • ATPase, H+ transporting, V0 subunit B (Predicted), isoform CRA_a
  • H(+)-transporting two-sector ATPase
  • Renin receptor
  • Rnasek protein
  • Synaptophysin
  • Type IV secretion protein Dot
キーワードPROTON TRANSPORT / Vesicle / synaptic / membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of opioid receptor signaling pathway / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / Transferrin endocytosis and recycling / Ion channel transport / Amino acids regulate mTORC1 / RHOA GTPase cycle / Insulin receptor recycling / eye pigmentation / central nervous system maturation / transporter activator activity ...regulation of opioid receptor signaling pathway / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / Transferrin endocytosis and recycling / Ion channel transport / Amino acids regulate mTORC1 / RHOA GTPase cycle / Insulin receptor recycling / eye pigmentation / central nervous system maturation / transporter activator activity / negative regulation of autophagic cell death / rostrocaudal neural tube patterning / cellular response to increased oxygen levels / positive regulation of transforming growth factor beta1 production / proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / synaptic vesicle lumen acidification / endosome to plasma membrane protein transport / intracellular organelle / proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / extrinsic component of synaptic vesicle membrane / P-type proton-exporting transporter activity / plasma membrane proton-transporting V-type ATPase complex / lysosomal lumen acidification / clathrin-coated vesicle membrane / endosomal lumen acidification / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / vacuolar transport / proton-transporting V-type ATPase complex / neuron spine / head morphogenesis / protein localization to cilium / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / neuron projection terminus / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / dendritic spine membrane / regulation of cellular pH / syntaxin-1 binding / vacuolar acidification / osteoclast development / ROS and RNS production in phagocytes / Neutrophil degranulation / regulation of synaptic vesicle exocytosis / : / ATPase complex / cholesterol binding / presynaptic active zone / regulation of neuronal synaptic plasticity / autophagosome membrane / response to amyloid-beta / microvillus / regulation of MAPK cascade / ATPase activator activity / synaptic vesicle endocytosis / excitatory synapse / positive regulation of Wnt signaling pathway / cilium assembly / transmembrane transporter complex / regulation of macroautophagy / angiotensin maturation / axon terminus / ATP metabolic process / H+-transporting two-sector ATPase / proton transmembrane transport / ruffle / RNA endonuclease activity / phagocytic vesicle / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / SH2 domain binding / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / SNARE binding / receptor-mediated endocytosis / secretory granule / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / Schaffer collateral - CA1 synapse / neuromuscular junction / terminal bouton / transmembrane transport / synaptic vesicle membrane / small GTPase binding / cilium / endocytosis / melanosome / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / synaptic vesicle / presynapse / apical part of cell / presynaptic membrane / signaling receptor activity / cell body / ATPase binding / postsynaptic membrane / intracellular iron ion homeostasis / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / postsynaptic density / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / lysosome / early endosome / endosome membrane
類似検索 - 分子機能
Synaptophysin/synaptoporin / Synaptophysin / synaptoporin signature. / Marvel domain / Membrane-associating domain / MARVEL domain profile. / ATPase, V0 complex, subunit e1/e2, metazoa / V0 complex accessory subunit Ac45 / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / Renin receptor-like ...Synaptophysin/synaptoporin / Synaptophysin / synaptoporin signature. / Marvel domain / Membrane-associating domain / MARVEL domain profile. / ATPase, V0 complex, subunit e1/e2, metazoa / V0 complex accessory subunit Ac45 / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / Renin receptor-like / Renin receptor-like protein / ATPase, V1 complex, subunit H / ATPase, V1 complex, subunit H, C-terminal / ATPase, V1 complex, subunit H, C-terminal domain superfamily / V-ATPase subunit H / V-ATPase subunit H / ATPase, V1 complex, subunit A / Ribonuclease kappa / V-type proton ATPase subunit S1/VOA1, transmembrane domain / V0 complex accessory subunit Ac45/VOA1 transmembrane domain / ATPase, V1 complex, subunit C / Vacuolar ATP synthase subunit C superfamily / V-ATPase subunit C / Vacuolar (H+)-ATPase G subunit / Vacuolar (H+)-ATPase G subunit / ATPase, V1 complex, subunit B / ATPase, V1 complex, subunit F, eukaryotic / ATPase, V0 complex, subunit e1/e2 / ATP synthase subunit H / ATPase, V0 complex, subunit d / V-ATPase proteolipid subunit C, eukaryotic / ATPase, V0 complex, subunit 116kDa, eukaryotic / V-ATPase proteolipid subunit / ATPase, V0 complex, c/d subunit / V-type ATPase subunit C/d / V-type ATP synthase subunit c/d subunit superfamily / V-type ATP synthase c/d subunit, domain 3 superfamily / ATP synthase (C/AC39) subunit / V-type ATPase, V0 complex, 116kDa subunit family / V-type ATPase 116kDa subunit family / V-type ATPase subunit E / V-type ATPase subunit E, C-terminal domain superfamily / ATP synthase (E/31 kDa) subunit / ATPase, V1 complex, subunit D / ATPase, V1 complex, subunit F / ATPase, V1 complex, subunit F superfamily / ATP synthase subunit D / ATP synthase (F/14-kDa) subunit / V-type ATP synthase regulatory subunit B/beta / V-type ATP synthase catalytic alpha chain / ATPsynthase alpha/beta subunit, N-terminal extension / ATPsynthase alpha/beta subunit N-term extension / V-ATPase proteolipid subunit C-like domain / F/V-ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase subunit C / ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / CHOLESTEROL / Chem-LP3 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Chem-WJP / V-type proton ATPase subunit H / Rnasek protein / ATPase, H+ transporting, V0 subunit B (Predicted), isoform CRA_a / H(+)-transporting two-sector ATPase ...ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / CHOLESTEROL / Chem-LP3 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Chem-WJP / V-type proton ATPase subunit H / Rnasek protein / ATPase, H+ transporting, V0 subunit B (Predicted), isoform CRA_a / H(+)-transporting two-sector ATPase / V-type proton ATPase subunit S1 / Synaptophysin / V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 1 / V-type proton ATPase subunit F / V-type proton ATPase subunit B, brain isoform / V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c / V-type proton ATPase subunit e 2 / V-type proton ATPase subunit C 1 / V-type proton ATPase subunit / Type IV secretion protein Dot / Renin receptor / V-type proton ATPase subunit D / V-type proton ATPase subunit E 1 / V-type proton ATPase subunit G
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Coupland, C.E. / Rubinstein, J.L.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT166152 カナダ
引用ジャーナル: Science / 年: 2024
タイトル: High-resolution electron cryomicroscopy of V-ATPase in native synaptic vesicles.
著者: Claire E Coupland / Ryan Karimi / Stephanie A Bueler / Yingke Liang / Gautier M Courbon / Justin M Di Trani / Cassandra J Wong / Rayan Saghian / Ji-Young Youn / Lu-Yang Wang / John L Rubinstein /
要旨: Intercellular communication in the nervous system occurs through the release of neurotransmitters into the synaptic cleft between neurons. In the presynaptic neuron, the proton pumping vesicular- or ...Intercellular communication in the nervous system occurs through the release of neurotransmitters into the synaptic cleft between neurons. In the presynaptic neuron, the proton pumping vesicular- or vacuolar-type ATPase (V-ATPase) powers neurotransmitter loading into synaptic vesicles (SVs), with the V complex dissociating from the membrane region of the enzyme before exocytosis. We isolated SVs from rat brain using SidK, a V-ATPase-binding bacterial effector protein. Single particle electron cryomicroscopy allowed high-resolution structure determination of V-ATPase within the native SV membrane. In the structure, regularly spaced cholesterol molecules decorate the enzyme's rotor and the abundant SV protein synaptophysin binds the complex stoichiometrically. ATP hydrolysis during vesicle loading results in loss of V from the SV membrane, suggesting that loading is sufficient to induce dissociation of the enzyme.
履歴
登録2024年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H(+)-transporting two-sector ATPase
B: H(+)-transporting two-sector ATPase
C: H(+)-transporting two-sector ATPase
D: V-type proton ATPase subunit B, brain isoform
E: V-type proton ATPase subunit B, brain isoform
F: V-type proton ATPase subunit B, brain isoform
G: V-type proton ATPase subunit C 1
H: ATPase H+-transporting V1 subunit D
I: V-type proton ATPase subunit E 1
J: V-type proton ATPase subunit E 1
K: V-type proton ATPase subunit E 1
L: V-type proton ATPase subunit F
M: V-type proton ATPase subunit G
N: V-type proton ATPase subunit G
O: V-type proton ATPase subunit G
P: V-type proton ATPase subunit S1
Q: Type IV secretion protein Dot
R: Type IV secretion protein Dot
S: Type IV secretion protein Dot
T: V-type proton ATPase subunit H
U: Synaptophysin
a: V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 1
b: ATPase, H+ transporting, V0 subunit B (Predicted), isoform CRA_a
d: V-type proton ATPase subunit
e: V-type proton ATPase subunit e 2
f: Rnasek protein
g: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
h: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
i: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
j: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
k: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
l: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
m: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
n: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
o: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit
p: Renin receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,310,91693
ポリマ－1,281,77336
非ポリマー29,14357
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 7種, 11分子 ABCHQRSUbfp

#1: タンパク質 H(+)-transporting two-sector ATPase


分子量: 71368.352 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: D4A133, H+-transporting two-sector ATPase
#4: タンパク質 ATPase H+-transporting V1 subunit D / ATPase / H+ transporting / V1 subunit D / isoform CRA_c / lysosomal V1 subunit D


分子量: 28359.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q6P503
#9: タンパク質 Type IV secretion protein Dot


分子量: 65505.297 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: lpg0968 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZWW6
#11: タンパク質 Synaptophysin / Major synaptic vesicle protein p38


分子量: 33331.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P07825
#13: タンパク質 ATPase, H+ transporting, V0 subunit B (Predicted), isoform CRA_a / ATPase / H+ transporting / lysosomal V0 subunit B / Atp6v0b protein


分子量: 21618.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: B0K022
#16: タンパク質 Rnasek protein


分子量: 9502.132 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: A0A8J8YMT9
#18: タンパク質 Renin receptor / ATPase H(+)-transporting lysosomal accessory protein 2 / ATPase H(+)-transporting lysosomal- ...ATPase H(+)-transporting lysosomal accessory protein 2 / ATPase H(+)-transporting lysosomal-interacting protein 2 / Renin/prorenin receptor


分子量: 39118.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q6AXS4

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V-type proton ATPase ... , 11種, 25分子 DEFGIJKLMNOPTadeghijklmno

#2: タンパク質 V-type proton ATPase subunit B, brain isoform / V-ATPase subunit B 2 / Endomembrane proton pump 58 kDa subunit / Vacuolar proton pump subunit B 2


分子量: 56611.570 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P62815
#3: タンパク質 V-type proton ATPase subunit C 1 / V-ATPase subunit C 1 / Vacuolar proton pump subunit C 1


分子量: 43958.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q5FVI6
#5: タンパク質 V-type proton ATPase subunit E 1 / V-ATPase subunit E 1 / Vacuolar proton pump subunit E 1


分子量: 26167.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q6PCU2
#6: タンパク質 V-type proton ATPase subunit F / V-ATPase subunit F / V-ATPase 14 kDa subunit / Vacuolar proton pump subunit F


分子量: 13389.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P50408
#7: タンパク質 V-type proton ATPase subunit G


分子量: 13690.476 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q8R2H0
#8: タンパク質 V-type proton ATPase subunit S1 / V-ATPase subunit S1 / C7-1 protein / V-ATPase Ac45 subunit / V-ATPase S1 accessory protein / ...V-ATPase subunit S1 / C7-1 protein / V-ATPase Ac45 subunit / V-ATPase S1 accessory protein / Vacuolar proton pump subunit S1


分子量: 51160.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: O54715
#10: タンパク質 V-type proton ATPase subunit H


分子量: 53695.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: A0A8I5ZQ24
#12: タンパク質 V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 1 / V-ATPase 116 kDa subunit a 1 / Clathrin-coated vesicle/synaptic vesicle proton pump 116 kDa subunit ...V-ATPase 116 kDa subunit a 1 / Clathrin-coated vesicle/synaptic vesicle proton pump 116 kDa subunit / Vacuolar adenosine triphosphatase subunit Ac116 / Vacuolar proton pump subunit 1 / Vacuolar proton translocating ATPase 116 kDa subunit a isoform 1


分子量: 95722.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P25286
#14: タンパク質 V-type proton ATPase subunit


分子量: 40341.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q5M7T6
#15: タンパク質 V-type proton ATPase subunit e 2 / V-ATPase subunit e 2 / Vacuolar proton pump subunit e 2


分子量: 9203.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q5EB76
#17: タンパク質
V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit / V-ATPase 16 kDa proteolipid subunit / Vacuolar proton pump 16 kDa proteolipid subunit


分子量: 15815.833 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P63081

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糖 , 3種, 10分子

#19: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#20: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D- ...alpha-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1883.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpa1-2DGlcpa1-3DGlcpa1-3DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,11,10/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-4-4-4-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-j1_d2-e1_e2-f1_f3-g1_g3-h1_h2-i1_j6-k1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Glcp]{[(3+1)][a-D-Glcp]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}}}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#25: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 6種, 47分子

#21: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#22: 化合物
ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 790.145 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H88NO8P / コメント: リン脂質*YM
#23: 化合物
ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 734.039 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H80NO8P / コメント: リン脂質*YM
#24: 化合物 ChemComp-WJP / methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate / dolichol-pp


分子量: 534.603 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H48O7P2
#26: 化合物 ChemComp-LP3 / (7R)-4,7-DIHYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-10-OXO-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE / O-(1-O-ステアロイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン


分子量: 524.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H55NO7P
#27: 化合物...
ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: V-type proton ATPase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #2-#11, #13-#15, #17-#18 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1900 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 37.5 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21_5207: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 198766 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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