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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9brb | ||||||
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タイトル | Synaptic Vesicle V-ATPase with synaptophysin and SidK, State 1 | ||||||
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![]() | PROTON TRANSPORT / Vesicle / synaptic / membrane | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of opioid receptor signaling pathway / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / Ion channel transport / Transferrin endocytosis and recycling / Amino acids regulate mTORC1 / negative regulation of autophagic cell death / symbiont-mediated suppression of host phagosome acidification / Insulin receptor recycling / RHOA GTPase cycle / plasma membrane proton-transporting V-type ATPase complex ...regulation of opioid receptor signaling pathway / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / Ion channel transport / Transferrin endocytosis and recycling / Amino acids regulate mTORC1 / negative regulation of autophagic cell death / symbiont-mediated suppression of host phagosome acidification / Insulin receptor recycling / RHOA GTPase cycle / plasma membrane proton-transporting V-type ATPase complex / eye pigmentation / central nervous system maturation / rostrocaudal neural tube patterning / proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / positive regulation of transforming growth factor beta1 production / synaptic vesicle lumen acidification / proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / P-type proton-exporting transporter activity / regulation of synaptic vesicle priming / extrinsic component of synaptic vesicle membrane / cellular response to increased oxygen levels / vacuolar transport / lysosomal lumen acidification / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / clathrin-coated vesicle membrane / endosome to plasma membrane protein transport / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / endosomal lumen acidification / neuron spine / proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / head morphogenesis / protein localization to cilium / osteoclast development / neuron projection terminus / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / vacuolar acidification / regulation of cellular pH / dendritic spine membrane / presynaptic active zone / ROS and RNS production in phagocytes / syntaxin-1 binding / Neutrophil degranulation / cholesterol binding / ATPase complex / microvillus / response to amyloid-beta / ATPase activator activity / regulation of MAPK cascade / autophagosome membrane / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / excitatory synapse / cilium assembly / regulation of neuronal synaptic plasticity / positive regulation of Wnt signaling pathway / regulation of macroautophagy / transporter activator activity / ATP metabolic process / H+-transporting two-sector ATPase / angiotensin maturation / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / ruffle / axon terminus / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / RNA endonuclease activity / proton transmembrane transport / SH2 domain binding / receptor-mediated endocytosis / secretory granule / SNARE binding / neuromuscular junction / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / modulation of chemical synaptic transmission / small GTPase binding / transmembrane transport / Schaffer collateral - CA1 synapse / endocytosis / terminal bouton / apical part of cell / synaptic vesicle / synaptic vesicle membrane / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / melanosome / presynapse / signaling receptor activity / cell body / presynaptic membrane / ATPase binding / postsynaptic membrane / intracellular iron ion homeostasis / early endosome / neuron projection / endosome membrane / lysosome / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / endosome / postsynaptic density / cilium / apical plasma membrane / axon 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||
![]() | Coupland, C.E. / Rubinstein, J.L. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: High-resolution electron cryomicroscopy of V-ATPase in native synaptic vesicles. 著者: Claire E Coupland / Ryan Karimi / Stephanie A Bueler / Yingke Liang / Gautier M Courbon / Justin M Di Trani / Cassandra J Wong / Rayan Saghian / Ji-Young Youn / Lu-Yang Wang / John L Rubinstein / ![]() 要旨: Intercellular communication in the nervous system occurs through the release of neurotransmitters into the synaptic cleft between neurons. In the presynaptic neuron, the proton pumping vesicular- or ...Intercellular communication in the nervous system occurs through the release of neurotransmitters into the synaptic cleft between neurons. In the presynaptic neuron, the proton pumping vesicular- or vacuolar-type ATPase (V-ATPase) powers neurotransmitter loading into synaptic vesicles (SVs), with the V complex dissociating from the membrane region of the enzyme before exocytosis. We isolated SVs from rat brain using SidK, a V-ATPase-binding bacterial effector protein. Single-particle electron cryomicroscopy allowed high-resolution structure determination of V-ATPase within the native SV membrane. In the structure, regularly spaced cholesterol molecules decorate the enzyme's rotor and the abundant SV protein synaptophysin binds the complex stoichiometrically. ATP hydrolysis during vesicle loading results in a loss of the V region of V-ATPase from the SV membrane, suggesting that loading is sufficient to induce dissociation of the enzyme. | ||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 179.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 308.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 44355MC ![]() 9b8oC ![]() 9b8pC ![]() 9b8qC ![]() 9brcC ![]() 9brdC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 7種, 11分子 ABCHQRSUbfp
#1: タンパク質 | 分子量: 71483.438 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #4: タンパク質 | | 分子量: 28359.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #9: タンパク質 | 分子量: 65505.297 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: lpg0968 / 発現宿主: ![]() ![]() #11: タンパク質 | | 分子量: 33331.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #13: タンパク質 | | 分子量: 21618.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #16: タンパク質 | | 分子量: 10597.495 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #18: タンパク質 | | 分子量: 39118.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-V-type proton ATPase ... , 11種, 25分子 DEFGIJKLMNOPTadeghijklmno
#2: タンパク質 | 分子量: 56611.570 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #3: タンパク質 | | 分子量: 43958.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #5: タンパク質 | 分子量: 26167.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #6: タンパク質 | | 分子量: 13389.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #7: タンパク質 | 分子量: 13690.476 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #8: タンパク質 | | 分子量: 51160.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #10: タンパク質 | | 分子量: 53661.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #12: タンパク質 | | 分子量: 96429.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #14: タンパク質 | | 分子量: 40341.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #15: タンパク質 | | 分子量: 9203.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #17: タンパク質 | 分子量: 15815.833 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: V-type proton ATPase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1900 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 37.5 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.21_5207: / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 123220 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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