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万見
- PDB-9bpg: Artemia franciscana ATP synthase FO domain, state 1, pH 7.0 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bpg
タイトルArtemia franciscana ATP synthase FO domain, state 1, pH 7.0
要素
  • (ATP synthase subunit ...) x 11
  • ATP synthase protein 8
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ATP synthesis / Complex V / mitochondria / oxidative-phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP biosynthetic process / proton-transporting ATP synthase complex / proton transmembrane transporter activity / proton motive force-driven ATP synthesis / : / : / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / proton transmembrane transport / mitochondrial membrane / mitochondrial inner membrane
類似検索 - 分子機能
ATP synthase, F0 complex, subunit G, mitochondrial / ATP synthase, F0 complex, subunit E, mitochondrial / Mitochondrial ATP synthase subunit g, animal / Mitochondrial ATP synthase g subunit / ATP synthase E chain / ATP synthase, F0 complex, subunit A, bacterial/mitochondria / ATP synthase, F0 complex, subunit A / ATP synthase, F0 complex, subunit A, active site / ATP synthase, F0 complex, subunit A superfamily / ATP synthase A chain ...ATP synthase, F0 complex, subunit G, mitochondrial / ATP synthase, F0 complex, subunit E, mitochondrial / Mitochondrial ATP synthase subunit g, animal / Mitochondrial ATP synthase g subunit / ATP synthase E chain / ATP synthase, F0 complex, subunit A, bacterial/mitochondria / ATP synthase, F0 complex, subunit A / ATP synthase, F0 complex, subunit A, active site / ATP synthase, F0 complex, subunit A superfamily / ATP synthase A chain / ATP synthase a subunit signature. / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit conserved site / ATP synthase gamma subunit signature. / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit superfamily / ATP synthase
類似検索 - ドメイン・相同性
CARDIOLIPIN / ATP synthase subunit e, mitochondrial / ATP synthase subunit gamma / ATP synthase subunit / ATP synthase protein 8 / ATP synthase subunit a
類似検索 - 構成要素
生物種Artemia franciscana (甲殻類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Mnatsakanyan, N. / Mello, J.F.R.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)RF1AG072484 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R21NS137275 米国
引用ジャーナル: Cell Death Differ / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structure of the brine shrimp mitochondrial ATP synthase suggests an inactivation mechanism for the ATP synthase leak channel.
著者: Amrendra Kumar / Juliana da Fonseca Rezende E Mello / Yangyu Wu / Daniel Morris / Ikram Mezghani / Erin Smith / Stephane Rombauts / Peter Bossier / Juno Krahn / Fred J Sigworth / Nelli Mnatsakanyan /
要旨: Mammalian mitochondria undergo Ca-induced and cyclosporinA (CsA)-regulated permeability transition (mPT) by activating the mitochondrial permeability transition pore (mPTP) situated in mitochondrial ...Mammalian mitochondria undergo Ca-induced and cyclosporinA (CsA)-regulated permeability transition (mPT) by activating the mitochondrial permeability transition pore (mPTP) situated in mitochondrial inner membranes. Ca-induced prolonged openings of mPTP under certain pathological conditions result in mitochondrial swelling and rupture of the outer membrane, leading to mitochondrial dysfunction and cell death. While the exact molecular composition and structure of mPTP remain unknown, mammalian ATP synthase was reported to form voltage and Ca-activated leak channels involved in mPT. Unlike in mammals, mitochondria of the crustacean Artemia franciscana have the ability to accumulate large amounts of Ca without undergoing the mPT. Here, we performed structural and functional analysis of A. franciscana ATP synthase to study the molecular mechanism of mPTP inhibition in this organism. We found that the channel formed by the A. franciscana ATP synthase dwells predominantly in its inactive state and is insensitive to Ca, in contrast to porcine heart ATP synthase. Single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) analysis revealed distinct structural features in A. franciscana ATP synthase compared with mammals. The stronger density of the e-subunit C-terminal region and its enhanced interaction with the c-ring were found in A. franciscana ATP synthase. These data suggest an inactivation mechanism of the ATP synthase leak channel and its possible contribution to the lack of mPT in this organism.
履歴
登録2024年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: ATP synthase subunit c
2: ATP synthase subunit c
3: ATP synthase subunit c
4: ATP synthase subunit c
5: ATP synthase subunit c
6: ATP synthase subunit c
7: ATP synthase subunit c
8: ATP synthase subunit c
G: ATP synthase subunit gamma
H: ATP synthase subunit delta
I: ATP synthase subunit epsilon
K: ATP synthase subunit b
M: ATP synthase subunit d
N: ATP synthase subunit a
P: ATP synthase subunit 6.8PL
Q: ATP synthase protein 8
R: ATP synthase subunit f
S: ATP synthase subunit g
T: ATP synthase subunit e
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)290,33421
ポリマ－287,40619
非ポリマー2,9282
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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ATP synthase subunit ... , 11種, 18分子 12345678GHIKMNPRST

#1: タンパク質
ATP synthase subunit c


分子量: 13250.408 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Artemia franciscana (甲殻類)
#2: タンパク質 ATP synthase subunit gamma


分子量: 31976.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Artemia franciscana (甲殻類) / 参照: UniProt: A0AA88HFG7
#3: タンパク質 ATP synthase subunit delta


分子量: 17565.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Artemia franciscana (甲殻類)
#4: タンパク質 ATP synthase subunit epsilon


分子量: 7464.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Artemia franciscana (甲殻類)
#5: タンパク質 ATP synthase subunit b


分子量: 29944.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Artemia franciscana (甲殻類)
#6: タンパク質 ATP synthase subunit d


分子量: 25422.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Artemia franciscana (甲殻類)
#7: タンパク質 ATP synthase subunit a / F-ATPase protein 6


分子量: 24422.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Artemia franciscana (甲殻類) / 参照: UniProt: Q37708
#8: タンパク質・ペプチド ATP synthase subunit 6.8PL


分子量: 3762.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Artemia franciscana (甲殻類)
#10: タンパク質 ATP synthase subunit f


分子量: 13697.800 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Artemia franciscana (甲殻類)
#11: タンパク質 ATP synthase subunit g


分子量: 11236.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Artemia franciscana (甲殻類) / 参照: UniProt: A0AA88HPA7
#12: タンパク質 ATP synthase subunit e


分子量: 9557.997 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Artemia franciscana (甲殻類) / 参照: UniProt: A0AA88HBT7

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タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 3分子 Q

#13: 化合物 ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#9: タンパク質 ATP synthase protein 8 / A6L / F-ATPase subunit 8


分子量: 6351.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Artemia franciscana (甲殻類) / 参照: UniProt: Q37707

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Mitochondrial ATP synthase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#12 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Artemia franciscana (甲殻類)
緩衝液pH: 7
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1700 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 15.8 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
7UCSF ChimeraXモデルフィッティング
8Cootモデルフィッティング
14PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 673185 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築詳細: Genome annotation and Alpha fold / Source name: Other / タイプ: integrative model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00414015
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.60218884
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.3725075
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0432108
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0052370

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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