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- PDB-9bol: Crystal structure of the complex between VHL, ElonginB, ElonginC,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bol
タイトルCrystal structure of the complex between VHL, ElonginB, ElonginC, and compound 5
要素
  • Elongin-B
  • Elongin-C
  • von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
キーワードTRANSCRIPTION / VHL / degradation / degrader
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / target-directed miRNA degradation / transcription elongation factor activity / elongin complex / VCB complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex ...regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / target-directed miRNA degradation / transcription elongation factor activity / elongin complex / VCB complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / intracellular membraneless organelle / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / negative regulation of signal transduction / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / negative regulation of TORC1 signaling / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / negative regulation of autophagy / transcription corepressor binding / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / positive regulation of cell differentiation / transcription elongation by RNA polymerase II / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / cell morphogenesis / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Evasion by RSV of host interferon responses / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / ubiquitin-protein transferase activity / transcription corepressor activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Neddylation / Replication of the SARS-CoV-2 genome / protein-macromolecule adaptor activity / cellular response to hypoxia / ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of gene expression / protein-containing complex assembly / DNA-binding transcription factor binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / amyloid fibril formation / molecular adaptor activity / protein stabilization / protein ubiquitination / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / ubiquitin protein ligase binding / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / proteolysis / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin B / Elongin-C ...von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin B / Elongin-C / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Murray, J.M. / Wu, H. / Fuhrmann, J. / Fairbrother, W.J. / DiPasquale, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Potency-Enhanced Peptidomimetic VHL Ligands with Improved Oral Bioavailability.
著者: Wu, H. / Murray, J. / Ishisoko, N. / Frommlet, A. / Deshmukh, G. / DiPasquale, A. / Mulvihill, M.M. / Zhang, D. / Quinn, J.G. / Blake, R.A. / Fairbrother, W.J. / Fuhrmann, J.
履歴
登録2024年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Elongin-B
B: Elongin-C
C: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
D: Elongin-B
E: Elongin-C
F: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,79517
ポリマ－86,2126
非ポリマー1,58311
水6,287349
1
A: Elongin-B
B: Elongin-C
C: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 43.9 kDa, 3 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9299
ポリマ－43,1063
非ポリマー8226
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6310 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area17170 Å2
手法PISA
2
D: Elongin-B
E: Elongin-C
F: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 43.9 kDa, 3 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8668
ポリマ－43,1063
非ポリマー7605
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6360 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area16480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.460, 47.740, 100.350
Angle α, β, γ (deg.)103.62, 94.66, 98.33
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 6分子 ADBECF

#1: タンパク質 Elongin-B / EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / ...EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / Transcription elongation factor B polypeptide 2


分子量: 11748.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOB, TCEB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370
#2: タンパク質 Elongin-C / EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / ...EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量: 10843.420 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOC, TCEB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369
#3: タンパク質 von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Protein G7 / pVHL


分子量: 20514.275 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40337

-
非ポリマー , 5種, 360分子

#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-A1ARP / (4R)-1-[(2S)-2-(4-cyclopropyl-1H-1,2,3-triazol-1-yl)-3,3-dimethylbutanoyl]-4-hydroxy-N-{[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl}-L-prolinamide


分子量: 522.662 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H34N6O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 mM sodium cacodylate pH 5.7, 15% PEG8000, 0.2 M magnesium acetate, 5 mM DTT

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→46.66 Å / Num. obs: 52695 / % possible obs: 91.4 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 1.99→2.04 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Num. unique obs: 3923 / CC1/2: 0.771

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.99→46.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 10.95 / SU ML: 0.153 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.211 / ESU R Free: 0.184 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24791 2487 4.9 %RANDOM
Rwork0.20171 ---
obs0.20394 48292 88.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.831 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.19 Å2-0.13 Å2-1.33 Å2
2--2.57 Å2-0.1 Å2
3----0.93 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.99→46.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5467 0 104 349 5920
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0135749
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175402
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2241.687809
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0871.5912534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.675683
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.48621.195318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.08915979
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7521551
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0440.2745
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.026326
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021211
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.472.5582738
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.472.5582737
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.8053.8323419
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.8053.8323420
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.4672.6653011
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.4672.6653012
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.7913.9554385
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.530.3656091
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.530.3676092
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.99→2.042 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 179 -
Rwork0.303 3597 -
obs--88.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4360.3615-0.17377.5312-2.7936.83330.19890.2595-0.4756-0.763-0.2810.48790.0302-0.29270.08210.23690.1179-0.19860.216-0.13850.2002-22.3958-7.5343-36.3661
23.72185.131-0.68497.31670.07595.21370.0502-0.01150.3896-0.0192-0.14120.6699-0.1163-0.2270.0910.17460.1381-0.20970.268-0.12320.3268-24.8964-5.9107-36.5843
32.7548-1.7507-1.63058.40855.99514.9407-0.1335-0.06730.0213-0.30120.03110.4116-0.0191-0.18750.10230.27290.021-0.22780.3666-0.05040.3612-32.4463-5.1912-40.803
45.21680.39491.97936.1019-1.67914.32130.29150.43730.0844-0.8791-0.20251.22380.026-0.1167-0.0890.48550.1226-0.33610.4172-0.05520.3561-31.1836-0.7308-46.3628
52.5634-0.51830.64043.5623-4.82716.5804-0.11510.31430.2126-0.53270.0849-0.07210.6163-0.1520.03030.62360.0824-0.14250.4105-0.16160.3965-23.519-12.5421-47.5651
60.96171.05291.52676.74153.163212.138-0.01420.2332-0.3228-0.5336-0.50320.39130.32220.1160.51750.18350.0637-0.0670.2321-0.150.3151-16.9814-14.3072-34.2827
74.29061.4371-0.64781.45390.7341.0284-0.22950.99340.4344-0.47570.19030.2394-0.332-0.30810.03920.56690.1298-0.23220.5646-0.13090.4081-27.00671.0841-48.0492
89.3826-0.67023.45180.0568-0.34182.7023-0.09480.3529-0.02650.0067-0.0084-0.0004-0.11270.24150.10320.30310.0055-0.02420.270.00620.2346-22.88292.3186-50.9729
910.44060.60478.00363.1249-0.5666.5086-0.10270.60180.2476-0.4311-0.1119-0.27240.04180.48430.21460.26490.09790.06560.26610.03540.2115-6.78793.9301-35.6914
101.16821.71790.5642.8215-0.915310.6005-0.0952-0.02430.0148-0.1136-0.0271-0.0045-0.1957-0.00830.12230.20860.00760.00310.23480.00350.30477.14352.5422-24.5997
119.93841.317-3.5937.6081-2.81664.0637-0.0770.08130.4915-0.8522-0.12380.92590.3063-0.29890.20080.13250.0472-0.09560.1374-0.10010.3324-23.09346.0294-29.8639
124.43230.3070.14395.9333-2.865311.730.15320.2399-0.4394-0.1092-0.02950.8270.225-0.3306-0.12370.07340.0322-0.0790.1142-0.07830.2303-25.52520.3241-25.4151
136.3981-2.93543.25957.49632.87866.5305-0.1129-0.10970.2986-0.0918-0.0130.3639-0.1988-0.26430.12590.1384-0.00270.01540.1622-0.00750.2064-23.62126.2325-17.3662
1411.8028-0.904-3.61114.791-0.90412.10190.19790.060.788-0.1015-0.01930.5602-0.3129-0.3388-0.17860.31480.0721-0.03850.2163-0.07790.2481-21.256911.5444-25.1307
150.51571.1929-0.615910.0252-1.73342.7940.09190.1633-0.1061-0.3401-0.14990.3740.0222-0.08230.05790.070.0587-0.07630.1391-0.0490.1-16.7312-4.4598-25.0308
167.01861.4198-4.56139.0727-2.36168.7481-0.0086-0.0803-0.3478-0.2148-0.24920.72410.6125-0.2990.25780.11320.0022-0.02480.0736-0.04110.1057-13.9854-13.8322-21.6599
177.211-3.6052-4.79774.32783.09445.09540.06720.0132-0.0234-0.0479-0.0787-0.1137-0.12210.08710.01150.1314-0.0017-0.04440.11450.0380.1172-8.08552.5501-21.2214
182.3381-0.01450.5315.2419-3.12894.69370.0015-0.20840.01360.1699-0.07220.1761-0.1075-0.12350.07070.074-0.0105-0.01760.0259-0.00850.0247-6.411-26.7049-5.5246
191.55050.0336-0.15445.90660.13491.34080.1177-0.0480.24310.3583-0.1089-0.2729-0.08840.188-0.00880.107-0.018-0.03880.07980.01880.0813-3.7629-7.5992-13.6573
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352.7751-2.8565-1.52817.03690.72984.2219-0.13650.1484-0.4513-0.13310.00330.66970.4502-0.30020.13320.1512-0.0067-0.00090.27750.00180.1025-14.6845-17.7571-64.6313
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375.22441.59672.07032.36650.84164.6593-0.09210.0943-0.1728-0.29670.0471-0.03540.04770.07390.04490.0945-0.0005-0.00950.03780.03390.0502-28.7885-15.9192-84.7017
386.44881.52942.69072.36170.52254.2229-0.0204-0.41190.1935-0.0903-0.02940.15740.0485-0.09660.04980.0947-0.0106-0.00840.07970.01890.0285-31.0489-14.3708-79.649
394.67064.25591.16248.39721.27181.45060.0345-0.0166-0.1416-0.2087-0.0268-0.24490.03250.2067-0.00770.09780.01170.01630.17690.0350.1208-20.1533-16.4276-77.3764
405.28125.9438-1.489610.8712-0.630.7143-0.28810.0994-1.61080.3936-0.4899-0.27430.3184-0.2870.7780.4448-0.26780.19230.4967-0.10181.1421-36.6765-26.1682-79.9879
414.0927-0.40191.18040.8439-0.20211.72930.1111-0.1632-0.14560.033-0.0321-0.0346-0.097-0.03-0.0790.1025-0.0478-0.00860.18320.01280.0098-13.8659-13.1077-71.8545
425.3797-1.1383-0.71853.6680.13054.9273-0.0173-0.07260.6715-0.02180.1056-0.3093-0.49060.1699-0.08820.2065-0.09030.00710.18010.00920.1736-1.6226-1.5674-77.974
432.5221-1.91520.33835.14710.06364.85190.0530.0086-0.1826-0.0075-0.0546-0.28570.23980.02870.00160.1865-0.02020.03980.2234-0.00360.2277-14.6838-19.0079-88.9205
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 9
2X-RAY DIFFRACTION2A10 - 23
3X-RAY DIFFRACTION3A24 - 35
4X-RAY DIFFRACTION4A36 - 45
5X-RAY DIFFRACTION5A46 - 60
6X-RAY DIFFRACTION6A61 - 72
7X-RAY DIFFRACTION7A73 - 84
8X-RAY DIFFRACTION8A85 - 89
9X-RAY DIFFRACTION9A90 - 99
10X-RAY DIFFRACTION10A100 - 104
11X-RAY DIFFRACTION11B17 - 27
12X-RAY DIFFRACTION12B28 - 38
13X-RAY DIFFRACTION13B39 - 46
14X-RAY DIFFRACTION14B47 - 66
15X-RAY DIFFRACTION15B67 - 83
16X-RAY DIFFRACTION16B84 - 96
17X-RAY DIFFRACTION17B97 - 112
18X-RAY DIFFRACTION18C61 - 141
19X-RAY DIFFRACTION19C142 - 193
20X-RAY DIFFRACTION20C194 - 209
21X-RAY DIFFRACTION21D1 - 45
22X-RAY DIFFRACTION22D46 - 55
23X-RAY DIFFRACTION23D56 - 65
24X-RAY DIFFRACTION24D66 - 72
25X-RAY DIFFRACTION25D73 - 79
26X-RAY DIFFRACTION26D80 - 84
27X-RAY DIFFRACTION27D85 - 89
28X-RAY DIFFRACTION28D90 - 94
29X-RAY DIFFRACTION29D95 - 104
30X-RAY DIFFRACTION30E17 - 27
31X-RAY DIFFRACTION31E28 - 38
32X-RAY DIFFRACTION32E39 - 45
33X-RAY DIFFRACTION33E46 - 66
34X-RAY DIFFRACTION34E67 - 83
35X-RAY DIFFRACTION35E84 - 96
36X-RAY DIFFRACTION36E97 - 112
37X-RAY DIFFRACTION37F61 - 97
38X-RAY DIFFRACTION38F98 - 121
39X-RAY DIFFRACTION39F122 - 135
40X-RAY DIFFRACTION40F136 - 146
41X-RAY DIFFRACTION41F147 - 169
42X-RAY DIFFRACTION42F170 - 193
43X-RAY DIFFRACTION43F194 - 206

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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