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- PDB-9bgk: Structure of V.cholera DdmDE (2D:1E) in complex with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bgk
タイトルStructure of V.cholera DdmDE (2D:1E) in complex with DNA
要素
  • (non-complementary target DNA ...) x 2
  • DdmE
  • Helicase/UvrB N-terminal domain-containing protein
  • complementary target DNA
  • guide DNA
キーワードIMMUNE SYSTEM/DNA / DNA defense modules (Ddm) / DdmDE / anti-plasmid / bacterial immune system / IMMUNE SYSTEM-DNA complex
機能・相同性DNA / DNA (> 10) / Uncharacterized protein / Helicase/UvrB N-terminal domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.28 Å
データ登録者Shen, Z.F. / Yang, X.Y. / Fu, T.M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: DdmDE eliminates plasmid invasion by DNA-guided DNA targeting.
著者: Xiao-Yuan Yang / Zhangfei Shen / Chen Wang / Kotaro Nakanishi / Tian-Min Fu /
要旨: Horizontal gene transfer is a key driver of bacterial evolution, but it also presents severe risks to bacteria by introducing invasive mobile genetic elements. To counter these threats, bacteria have ...Horizontal gene transfer is a key driver of bacterial evolution, but it also presents severe risks to bacteria by introducing invasive mobile genetic elements. To counter these threats, bacteria have developed various defense systems, including prokaryotic Argonautes (pAgos) and the DNA defense module DdmDE system. Through biochemical analysis, structural determination, and in vivo plasmid clearance assays, we elucidate the assembly and activation mechanisms of DdmDE, which eliminates small, multicopy plasmids. We demonstrate that DdmE, a pAgo-like protein, acts as a catalytically inactive, DNA-guided, DNA-targeting defense module. In the presence of guide DNA, DdmE targets plasmids and recruits a dimeric DdmD, which contains nuclease and helicase domains. Upon binding to DNA substrates, DdmD transitions from an autoinhibited dimer to an active monomer, which then translocates along and cleaves the plasmids. Together, our findings reveal the intricate mechanisms underlying DdmDE-mediated plasmid clearance, offering fundamental insights into bacterial defense systems against plasmid invasions.
履歴
登録2024年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月23日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月23日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月23日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月23日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月23日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月23日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月23日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / Item: _em_admin.last_update
改定 1.22025年6月4日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年6月4日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: guide DNA
B: complementary target DNA
C: non-complementary target DNA (long)
D: non-complementary target DNA (short)
E: DdmE
F: Helicase/UvrB N-terminal domain-containing protein
G: Helicase/UvrB N-terminal domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)374,6898
ポリマ－374,6657
非ポリマー241
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: DNA鎖 guide DNA


分子量: 3767.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Vibrio cholerae (コレラ菌)
#2: DNA鎖 complementary target DNA


分子量: 7594.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Vibrio cholerae (コレラ菌)

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Non-complementary target DNA ... , 2種, 2分子 CD

#3: DNA鎖 non-complementary target DNA (long)


分子量: 8093.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Vibrio cholerae (コレラ菌)
#4: DNA鎖 non-complementary target DNA (short)


分子量: 3702.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Vibrio cholerae (コレラ菌)

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タンパク質 , 2種, 3分子 EFG

#5: タンパク質 DdmE


分子量: 79195.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: ERS013165_02654 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H6MQD2
#6: タンパク質 Helicase/UvrB N-terminal domain-containing protein / DdmD


分子量: 136155.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: VPI2_0019c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B9TSM3

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非ポリマー , 1種, 1分子

#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: DdmD dimer bind DdmE in complex with DNA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.28 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 142963 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00326995
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.66936817
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.5414149
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0454035
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0064516

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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