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Structure paper

タイトルDdmDE eliminates plasmid invasion by DNA-guided DNA targeting.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 187, Issue 19, Page 5253-5266.e16, Year 2024
掲載日2024年9月19日
著者Xiao-Yuan Yang / Zhangfei Shen / Chen Wang / Kotaro Nakanishi / Tian-Min Fu /
PubMed 要旨Horizontal gene transfer is a key driver of bacterial evolution, but it also presents severe risks to bacteria by introducing invasive mobile genetic elements. To counter these threats, bacteria have ...Horizontal gene transfer is a key driver of bacterial evolution, but it also presents severe risks to bacteria by introducing invasive mobile genetic elements. To counter these threats, bacteria have developed various defense systems, including prokaryotic Argonautes (pAgos) and the DNA defense module DdmDE system. Through biochemical analysis, structural determination, and in vivo plasmid clearance assays, we elucidate the assembly and activation mechanisms of DdmDE, which eliminates small, multicopy plasmids. We demonstrate that DdmE, a pAgo-like protein, acts as a catalytically inactive, DNA-guided, DNA-targeting defense module. In the presence of guide DNA, DdmE targets plasmids and recruits a dimeric DdmD, which contains nuclease and helicase domains. Upon binding to DNA substrates, DdmD transitions from an autoinhibited dimer to an active monomer, which then translocates along and cleaves the plasmids. Together, our findings reveal the intricate mechanisms underlying DdmDE-mediated plasmid clearance, offering fundamental insights into bacterial defense systems against plasmid invasions.
リンクCell / PubMed:39173632 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.07 - 3.56 Å
構造データ

44486

9bf1

EMDB-44486, PDB-9bf1:
Structure of apo-state V. cholerae DdmD
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

44490

9bf5

EMDB-44490, PDB-9bf5:
Structure of V. cholerae DdmD in complex with ssDNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.07 Å

EMDB-44515: Constituent EM map for the consensus map of DdmDE complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.34 Å

44516

9bgk

EMDB-44516, PDB-9bgk:
Structure of V.cholera DdmDE (2D:1E) in complex with DNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.28 Å

EMDB-44562: Cryo-EM density map of DdmDE(1:1) complex bound with DNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.56 Å

EMDB-44563: Cryo-EM map of DdmDE(1:1) complex bound with DNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.32 Å

45254

9c6q

EMDB-45254, PDB-9c6q:
Structure of V. cholerae monomeric DdmD bound with ssDNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.18 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry

由来
  • vibrio cholerae (コレラ菌)
キーワードIMMUNE SYSTEM / Vibrio cholerae / bacteria / anti-plasmids / defense system / DNA defense modules(Ddm) / DdmDE / IMMUNE SYSTEM/DNA / anti-plasmid / IMMUNE SYSTEM-DNA complex / DNA defense modules (Ddm) / bacterial immune system

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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