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- PDB-9be7: Alkalihalobacillus halodurans (Aha) trp RNA binding attenuation p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9be7
タイトルAlkalihalobacillus halodurans (Aha) trp RNA binding attenuation protein (TRAP) mutant dTRAP without Trp
要素Transcription attenuation protein MtrB
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Hexamer of dTRAP apo
機能・相同性Transcription attenuation protein MtrB / Tryptophan RNA-binding attenuator protein domain / Tryptophan RNA-binding attenuator protein / Tryptophan RNA-binding attenuator protein-like domain superfamily / DNA-templated transcription termination / regulation of DNA-templated transcription / RNA binding / Transcription attenuation protein MtrB
機能・相同性情報
生物種Halalkalibacterium halodurans (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.24 Å
データ登録者Yang, H. / Stachowski, K. / Foster, M.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM077234 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM062750 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM120923 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM128577 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: Structural basis of nearest-neighbor cooperativity in the ring-shaped gene regulatory protein TRAP from protein engineering and cryo-EM.
著者: Weicheng Li / Haoyun Yang / Kye Stachowski / Andrew S Norris / Katie Lichtenthal / Skyler Kelly / Paul Gollnick / Vicki H Wysocki / Mark P Foster /
要旨: The homo-dodecameric ring-shaped RNA binding attenuation protein (TRAP) from binds up to twelve tryptophan ligands (Trp) and becomes activated to bind a specific sequence in the 5' leader region of ...The homo-dodecameric ring-shaped RNA binding attenuation protein (TRAP) from binds up to twelve tryptophan ligands (Trp) and becomes activated to bind a specific sequence in the 5' leader region of the operon mRNA, thereby downregulating biosynthesis of Trp. Thermodynamic measurements of Trp binding have revealed a range of cooperative behavior for different TRAP variants, even if the averaged apparent affinities for Trp have been found to be similar. Proximity between the ligand binding sites, and the ligand-coupled disorder-to-order transition has implicated nearest-neighbor interactions in cooperativity. To establish a solid basis for describing nearest-neighbor cooperativity in TRAP, we engineered variants constructed with two subunits connected by a flexible linker (dTRAP). We mutated the binding sites of alternating protomers such that only every other site was competent for Trp binding (WT-Mut dTRAP). Ligand binding monitored by NMR, calorimetry, and native mass spectrometry revealed strong cooperativity in dTRAP containing adjacent binding-competent sites, but a severe binding defect when the wild-type sites were separated by mutated sites. Cryo-EM experiments of dTRAP in its ligand-free apo state, and both dTRAP and WT-Mut dTRAP in the presence of Trp, revealed progressive stabilization of loops that gate the Trp binding site and participate in RNA binding. These studies provide important insights into the thermodynamic and structural basis for the observed ligand binding cooperativity in TRAP. Such insights can be useful for understanding allosteric control networks and for the development of those with defined ligand sensitivity and regulatory control.
履歴
登録2024年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription attenuation protein MtrB
D: Transcription attenuation protein MtrB
E: Transcription attenuation protein MtrB
F: Transcription attenuation protein MtrB
B: Transcription attenuation protein MtrB
C: Transcription attenuation protein MtrB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,5116
ポリマ－110,5116
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "B"
d_2ens_1chain "C"
d_3ens_1chain "D"
d_4ens_1chain "A"
d_5ens_1chain "E"
d_6ens_1chain "F"

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: ens_1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth seq-ID: 8 - 159 / Label seq-ID: 8 - 159

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
d_1BE
d_2CF
d_3DB
d_4AA
d_5EC
d_6FD

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.499418023619, 0.866359760607, 0.00155012451041), (-0.866358045117, 0.499420224094, -0.00178253392537), (-0.00231847919522, -0.000452733270483, 0.99999720984)-40.3499182861, 150.327505177, 0.358952600183
2given(-0.999999966712, -0.000173272937621, -0.000191188571878), (0.000173339491188, -0.999999924375, -0.000348142672752), (-0.000191128233715, -0.000348175801693, 0.999999921122)219.693818718, 219.666010439, 0.0745286009641
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5given(-0.500271639482, 0.865868481763, 0.000242939131994), (-0.865868110557, -0.500271114163, -0.0011079054463), (-0.000837764976489, -0.000764606921213, 0.999999356763)69.6607463549, 259.978965274, 0.198719685065

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要素

#1: タンパク質
Transcription attenuation protein MtrB / Trp RNA-binding attenuation protein / TRAP / Tryptophan RNA-binding attenuator protein


分子量: 18418.471 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Halalkalibacterium halodurans (バクテリア)
遺伝子: mtrB, BH1647 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9KCC6
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Hexamer dTRAP protein complex without Trp / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Halalkalibacterium halodurans (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 8 / 詳細: 20 mM HEPES, 200 mM NaCl, pH 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPESC8H18N2O4S1
2200 mMSodium ChlorideNaCl1
試料濃度: 6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: An aliquot of 10 mg/mL of apo dTRAP was diluted with cryo-EM buffer (20 mM HEPES, 200 mM NaCl, pH 8) supplemented with a 0.6% stock of Triton X-100 to obtain a final sample of 6 mg/mL protein ...詳細: An aliquot of 10 mg/mL of apo dTRAP was diluted with cryo-EM buffer (20 mM HEPES, 200 mM NaCl, pH 8) supplemented with a 0.6% stock of Triton X-100 to obtain a final sample of 6 mg/mL protein and 0.05% Triton X-100.
試料支持詳細: 20 mA, 30 sec hold, 1 min glow discharge using a PELCO easiGlow Discharge System
グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K
詳細: lotted with a blot force of 1 for 4 seconds at 277.15K and 100% relative humidity before being plunged frozen into liquid ethane

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.24 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 91038 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 130.74 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00246438
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.44028616
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0434972
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.02821098
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.4315840
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2EBELECTRON MICROSCOPYNCS constraints5.2395168416E-13
ens_1d_3EBELECTRON MICROSCOPYNCS constraints3.24618456266E-12
ens_1d_4EBELECTRON MICROSCOPYNCS constraints3.83945073577E-11
ens_1d_5EBELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.52850989225E-13
ens_1d_6EBELECTRON MICROSCOPYNCS constraints1.9552161319E-12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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