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- PDB-9bdj: MicroED structure of bovine liver catalase with missing cone elim... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bdj
タイトルMicroED structure of bovine liver catalase with missing cone eliminated by suspended drop
要素Catalase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Heme-containing enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


catalase complex / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Peroxisomal protein import / cellular detoxification of hydrogen peroxide / catalase / catalase activity / Neutrophil degranulation / peroxisomal matrix / positive regulation of cell division / hydrogen peroxide catabolic process ...catalase complex / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Peroxisomal protein import / cellular detoxification of hydrogen peroxide / catalase / catalase activity / Neutrophil degranulation / peroxisomal matrix / positive regulation of cell division / hydrogen peroxide catabolic process / response to hydrogen peroxide / peroxisome / heme binding / enzyme binding / mitochondrion / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Catalase, clade 3 / Catalase, mono-functional, haem-containing, clades 1 and 3 / Catalase haem-binding site / Catalase proximal heme-ligand signature. / Catalase / Catalase immune-responsive domain / Catalase-related immune-responsive / Catalase active site / Catalase proximal active site signature. / Catalase core domain ...Catalase, clade 3 / Catalase, mono-functional, haem-containing, clades 1 and 3 / Catalase haem-binding site / Catalase proximal heme-ligand signature. / Catalase / Catalase immune-responsive domain / Catalase-related immune-responsive / Catalase active site / Catalase proximal active site signature. / Catalase core domain / Catalase, mono-functional, haem-containing / Catalase / catalase family profile. / Catalase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-NDP / Catalase
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法電子線結晶学 / 分子置換 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Gillman, C. / Bu, G. / Gonen, T.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM136508 米国
Department of Defense (DOD, United States)HDTRA1-21-1-0004 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: J Struct Biol X / 年: 2024
タイトル: Eliminating the missing cone challenge through innovative approaches.
著者: Cody Gillman / Guanhong Bu / Emma Danelius / Johan Hattne / Brent L Nannenga / Tamir Gonen /
要旨: Microcrystal electron diffraction (MicroED) has emerged as a powerful technique for unraveling molecular structures from microcrystals too small for X-ray diffraction. However, a significant hurdle ...Microcrystal electron diffraction (MicroED) has emerged as a powerful technique for unraveling molecular structures from microcrystals too small for X-ray diffraction. However, a significant hurdle arises with plate-like crystals that consistently orient themselves flat on the electron microscopy grid. If the normal of the plate correlates with the axes of the crystal lattice, the crystal orientations accessible for measurement are restricted because the crystal cannot be arbitrarily rotated. This limits the information that can be acquired, resulting in a missing cone of information. We recently introduced a novel crystallization strategy called suspended drop crystallization and proposed that crystals in a suspended drop could effectively address the challenge of preferred crystal orientation. Here we demonstrate the success of the suspended drop approach in eliminating the missing cone in two samples that crystallize as thin plates: bovine liver catalase and the SARS‑CoV‑2 main protease (Mpro). This innovative solution proves indispensable for crystals exhibiting systematic preferred orientations, unlocking new possibilities for structure determination by MicroED.
履歴
登録2024年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / em_admin / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catalase
B: Catalase
C: Catalase
D: Catalase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)245,44412
ポリマ－239,9974
非ポリマー5,4488
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area54490 Å2
ΔGint-316 kcal/mol
Surface area62680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.650, 173.300, 182.780
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Catalase


分子量: 59999.160 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: from bovine liver / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00432, catalase
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子線結晶学
EM実験試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: 電子線結晶学

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試料調製

構成要素名称: Bovine liver catalase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
緩衝液pH: 6.3
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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データ収集

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: DIFFRACTION / 最大 デフォーカス（公称値）: 0 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0 nm
撮影電子線照射量: 0.0025 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
EM回折カメラ長: 2941 mm
EM回折 シェル
解像度 (Å)IDEM diffraction stats-IDフーリエ空間範囲 (%)多重度構造因子数位相残差 (°)
7.26-44.1091191.24.44289648.3
5.77-7.262195.44.89293243.79
5.04-5.773195.85289034.14
4.58-5.044195.85.06284929.38
4.25-4.585195.95.06287933.95
4-4.256196.15.07284942.22
EM回折 統計フーリエ空間範囲: 94.859 % / 再高解像度: 4 Å / 測定した強度の数: 89263 / 構造因子数: 18157 / 位相誤差の除外基準: Rfree / Rmerge: 65.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
8MOLREP分子置換
13REFMACモデル精密化
EM 3D crystal entity∠α: 90 ° / ∠β: 90 ° / ∠γ: 90 ° / A: 68.65 Å / B: 173.3 Å / C: 182.78 Å / 空間群名: P212121 / 空間群番号: 19
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 4 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL
原子モデル構築プロトコル: OTHER
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4→44.109 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.697 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.696 / SU B: 180.898 / SU ML: 2.445 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 1.443 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 855 4.709 %
Rwork0.3166 17300 -
all0.319 --
obs-18155 94.859 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 42.094 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.648 Å2-0 Å20 Å2
2---6.07 Å20 Å2
3---6.718 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_bond_refined_d0.0040.01216956
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_bond_other_d00.01615232
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_angle_refined_deg1.0391.69323124
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_angle_other_deg0.3551.59835048
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_1_deg6.13951992
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_2_deg4.0485144
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_other_2_deg1.23658
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_3_deg14.941102596
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_dihedral_angle_6_deg14.42210884
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_chiral_restr0.0470.22336
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_gen_planes_refined0.0040.0220460
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_gen_planes_other0.0030.024248
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_nbd_refined0.190.22981
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_nbd_other0.2050.213370
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_nbtor_refined0.1770.28004
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_nbtor_other0.0740.28305
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_xyhbond_nbd_refined0.1680.2310
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0280.24
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_nbd_refined0.2290.227
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_nbd_other0.2730.299
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2710.26
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_mcbond_it1.6834.1917980
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_mcbond_other1.6834.1917980
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_mcangle_it3.0367.5469968
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_mcangle_other3.0367.5479969
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_scbond_it1.3984.3368976
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_scbond_other1.3984.3368974
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_scangle_it2.6577.94113156
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_scangle_other2.6577.94113157
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_lrange_it5.09940.71717981
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYr_lrange_other5.09940.71817982
LS精密化 シェル

Refine-ID: ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
4-4.1030.411620.3512420.35313560.820.87296.16520.353
4.103-4.2140.384550.33412360.33713480.8850.89195.77150.335
4.214-4.3350.337630.29212130.29413260.9190.91796.22930.286
4.335-4.4670.319580.30111330.30212420.9340.91295.89370.296
4.467-4.6120.394570.30111290.30612410.8780.91695.56810.294
4.612-4.7720.322600.29310930.29512020.9120.92495.92350.292
4.772-4.950.33460.26910660.27111610.9240.93195.77950.264
4.95-5.150.322510.28610040.28811050.9140.92195.47510.282
5.15-5.3750.322510.2759810.27710770.9250.92795.82170.271
5.375-5.6330.356490.2869340.2910260.9060.9295.8090.285
5.633-5.9330.3380.2819010.2829830.9290.92195.52390.274
5.933-6.2860.428380.3168660.3219450.830.90495.66140.313
6.286-6.710.313270.3088150.3088830.910.90995.35670.303
6.71-7.2340.382280.3217570.3238240.8470.90195.2670.315
7.234-7.9030.326430.326920.327730.8970.90395.08410.332
7.903-8.80.398390.3596180.3616970.8710.86994.26110.361
8.8-10.0950.344310.3365680.3376340.8880.88794.47950.327
10.095-12.2050.373270.374800.375440.8770.88693.19850.381
12.205-16.6350.435190.3953470.3974440.9080.82382.43240.416
16.635-44.1090.487130.5932250.5853000.7770.52379.33330.886

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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