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- PDB-9bde: Middle Region of Apolipoprotein B 100 bound to Low Density Lipopr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bde
タイトルMiddle Region of Apolipoprotein B 100 bound to Low Density Lipoprotein Receptor
要素
  • (Legobody 8D3 Fab ...) x 2
  • ApoB100 nanobody 4
  • Apolipoprotein B 100
  • Low-density lipoprotein receptor
  • Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Immunoglobulin G-binding protein A,Immunoglobulin G-binding protein G
キーワードLIPID TRANSPORT / Apolipoprotein B 100 / ApoB100 / LDLreceptor
機能・相同性
機能・相同性情報


mature chylomicron / Scavenging by Class H Receptors / triglyceride mobilization / symbiont-mediated suppression of host signal transduction pathway via antagonism of host cell surface receptor / positive regulation of cholesterol storage / VLDL assembly / regulation of cholesterol biosynthetic process / receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / regulation of phosphatidylcholine catabolic process / plasma lipoprotein particle clearance ...mature chylomicron / Scavenging by Class H Receptors / triglyceride mobilization / symbiont-mediated suppression of host signal transduction pathway via antagonism of host cell surface receptor / positive regulation of cholesterol storage / VLDL assembly / regulation of cholesterol biosynthetic process / receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / regulation of phosphatidylcholine catabolic process / plasma lipoprotein particle clearance / LDL remodeling / Scavenging by Class B Receptors / positive regulation of lysosomal protein catabolic process / lipase binding / negative regulation of astrocyte activation / VLDL clearance / negative regulation of microglial cell activation / triglyceride catabolic process / very-low-density lipoprotein particle assembly / very-low-density lipoprotein particle receptor activity / PCSK9-LDLR complex / cholesterol import / low-density lipoprotein particle clearance / positive regulation of triglyceride biosynthetic process / negative regulation of receptor recycling / clathrin heavy chain binding / intestinal cholesterol absorption / chylomicron remnant / intermediate-density lipoprotein particle / low-density lipoprotein particle receptor activity / Chylomicron clearance / amyloid-beta clearance by cellular catabolic process / Chylomicron remodeling / low-density lipoprotein particle binding / cellular response to lipoprotein particle stimulus / regulation of protein metabolic process / Chylomicron assembly / LDL clearance / response to caloric restriction / high-density lipoprotein particle clearance / Regulation of TLR by endogenous ligand / positive regulation of lipid storage / chylomicron / phospholipid transport / lipoprotein catabolic process / flagellated sperm motility / low-density lipoprotein particle / lipoprotein biosynthetic process / cholesterol transfer activity / cholesterol transport / very-low-density lipoprotein particle / low-density lipoprotein particle remodeling / cellular response to fatty acid / negative regulation of amyloid fibril formation / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / fertilization / endolysosome membrane / negative regulation of low-density lipoprotein particle clearance / IgG binding / cholesterol efflux / regulation of cholesterol metabolic process / artery morphogenesis / negative regulation of protein metabolic process / Scavenging by Class A Receptors / lipoprotein transport / low-density lipoprotein particle receptor binding / Scavenging by Class F Receptors / Platelet sensitization by LDL / sorting endosome / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / endoplasmic reticulum exit site / lipoprotein particle binding / amyloid-beta clearance / carbohydrate transport / smooth endoplasmic reticulum / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / long-term memory / phagocytosis / retinoid metabolic process / cholesterol metabolic process / Retinoid metabolism and transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / clathrin-coated pit / somatodendritic compartment / lipid droplet / endocytic vesicle lumen / lysosomal lumen / receptor-mediated endocytosis / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cholesterol homeostasis / endosome lumen / Cell surface interactions at the vascular wall / post-embryonic development / cell chemotaxis / Post-translational protein phosphorylation
類似検索 - 分子機能
Lipid transport, open beta-sheet / Apolipoprotein B100 C-terminal / : / Domain of Unknown Function (DUF1081) / Apolipoprotein B100 C terminal / Vitellinogen, open beta-sheet, subdomain 1 / Vitellinogen, open beta-sheet / Vitellinogen, open beta-sheet / DUF1943 / Vitellogenin, N-terminal ...Lipid transport, open beta-sheet / Apolipoprotein B100 C-terminal / : / Domain of Unknown Function (DUF1081) / Apolipoprotein B100 C terminal / Vitellinogen, open beta-sheet, subdomain 1 / Vitellinogen, open beta-sheet / Vitellinogen, open beta-sheet / DUF1943 / Vitellogenin, N-terminal / Lipovitellin-phosvitin complex, superhelical domain / Vitellinogen, beta-sheet N-terminal / Lipid transport protein, beta-sheet shell / Lipoprotein amino terminal region / Vitellogenin domain profile. / Lipoprotein N-terminal Domain / Octapeptide repeat / Octapeptide repeat / Protein A, Ig-binding domain / B domain / : / IgG-binding B / B domain / M protein-type anchor domain / GA-like domain / GA-like domain / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / Lysin motif / LysM domain superfamily / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / LysM domain / LysM domain profile. / LysM domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / Low-density lipoprotein receptor domain class A / YSIRK type signal peptide / : / Calcium-binding EGF domain / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / YSIRK Gram-positive signal peptide / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / LPXTG cell wall anchor motif / Coagulation Factor Xa inhibitory site / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Low-density lipoprotein receptor / Immunoglobulin G-binding protein A / Apolipoprotein B-100 / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Immunoglobulin G-binding protein G
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Escherichia coli (大腸菌)
Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
Streptococcus sp. 'group G' (バクテリア)
Camelus bactrianus (フタコブラクダ)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.18 Å
データ登録者Dearborn, A.D. / Reimund, M. / Graziano, G. / Lei, H. / Kumar, A. / Neufeld, E.B. / Remaley, A.T. / Marcotrigiano, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2025
タイトル: Structure of apolipoprotein B100 bound to the low-density lipoprotein receptor.
著者: Mart Reimund / Altaira D Dearborn / Giorgio Graziano / Haotian Lei / Anthony M Ciancone / Ashish Kumar / Ronald Holewinski / Edward B Neufeld / Francis J O'Reilly / Alan T Remaley / Joseph Marcotrigiano /
要旨: Apolipoprotein B100 (apoB100) is a structural component of low-density lipoprotein (LDL) and a ligand for the LDL receptor (LDLR). Mutations in apoB100 or in LDLR cause familial ...Apolipoprotein B100 (apoB100) is a structural component of low-density lipoprotein (LDL) and a ligand for the LDL receptor (LDLR). Mutations in apoB100 or in LDLR cause familial hypercholesterolaemia, an autosomal dominant disease that is characterized by a marked increase in LDL cholesterol (LDL-C) and a higher risk of cardiovascular disease. The structure of apoB100 on LDL and its interaction with LDLR are poorly understood. Here we present the cryo-electron microscopy structures of apoB100 on LDL bound to the LDLR and a nanobody complex, which can form a C-symmetric, higher-order complex. Using local refinement, we determined high-resolution structures of the interfaces between apoB100 and LDLR. One binding interface is formed between several small-ligand-binding modules of LDLR and a series of basic patches that are scattered along a β-belt formed by apoB100, encircling LDL. The other binding interface is formed between the β-propeller domain of LDLR and the N-terminal domain of apoB100. Our results reveal how both interfaces are involved in LDL dimer formation, and how LDLR cycles between LDL- and self-bound conformations. In addition, known mutations in either apoB100 or LDLR, associated with high levels of LDL-C, are located at the LDL-LDLR interface.
履歴
登録2024年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月25日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月25日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月25日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月25日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月25日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年12月25日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.12025年3月5日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Legobody 8D3 Fab Heavy Chain
A: Apolipoprotein B 100
L: Legobody 8D3 Fab light chain
B: Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Immunoglobulin G-binding protein A,Immunoglobulin G-binding protein G
N: ApoB100 nanobody 4
R: Low-density lipoprotein receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)735,93518
ポリマ－734,5496
非ポリマー1,38712
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AR

#2: タンパク質 Apolipoprotein B 100 / Apo B-100


分子量: 516167.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P04114
#6: タンパク質 Low-density lipoprotein receptor / LDL receptor


分子量: 95477.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LDLR / 細胞株 (発現宿主): HEK 293T GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01130

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抗体 , 4種, 4分子 HLBN

#1: 抗体 Legobody 8D3 Fab Heavy Chain


分子量: 25252.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Legobody 8D3 Fab light chain


分子量: 24095.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Immunoglobulin G-binding protein A,Immunoglobulin G-binding protein G / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP / IgG-binding protein A / ...MMBP / Maltodextrin-binding protein / Maltose-binding protein / MBP / IgG-binding protein A / Staphylococcal protein A / SpA / IgG-binding protein G


分子量: 59233.246 Da / 分子数: 1
Fragment: residues 27-384 (Uniprot numbering),residues 278-327 (Uniprot numbering),103-151 (Uniprot numbering),residues 440-497 (Uniprot numbering)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌), (組換発現) Streptococcus sp. 'group G' (バクテリア)
遺伝子: malE, b4034, JW3994, spa, SAOUHSC_00069, spg / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: P02976, UniProt: P19909
#5: 抗体 ApoB100 nanobody 4


分子量: 14322.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Camelus bactrianus (フタコブラクダ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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糖 / 非ポリマー , 2種, 12分子

#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#8: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Middle of ApoB100 bound to LDL receptor and Legobody
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影電子線照射量: 51.38 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21_5207 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 3689076 / 詳細: Picked with Topaz
3次元再構成解像度: 4.18 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 527598 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 165.02 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002217537
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.578823896
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04232792
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00383118
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.12872519

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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