PDB-9b9m: Crystal structure of iron-bound FlcD from Pseudomonas aeruginosa

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9b9m

タイトル

Crystal structure of iron-bound FlcD from Pseudomonas aeruginosa

要素

Pyrroloquinoline quinone (Coenzyme PQQ) biosynthesis protein C

キーワード

OXIDOREDUCTASE / mono-iron dioxygenase

機能・相同性

機能・相同性情報

pyrroloquinoline-quinone synthase / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / periplasmic space / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.07 Å

データ登録者

Walker, M.E. / Grove, T.L. / Li, B. / Redinbo, M.R.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM148685	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM137286	米国

引用

ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2024
タイトル: Structural Basis for Methine Excision by a Heme Oxygenase-like Enzyme.
著者: Simke, W.C. / Walker, M.E. / Calderone, L.A. / Putz, A.T. / Patteson, J.B. / Vitro, C.N. / Zizola, C.F. / Redinbo, M.R. / Pandelia, M.E. / Grove, T.L. / Li, B.

履歴

登録	2024年4月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年9月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb9b9m.ent.gz	448.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	9b9m_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9b9m_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
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CIF形式データ	9b9m_validation.cif.gz	80.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/9b9m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/9b9m	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8w1qC 9b9nC 9b9oC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (1)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (1)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Pyrroloquinoline quinone (Coenzyme PQQ) biosynthesis protein C

B: Pyrroloquinoline quinone (Coenzyme PQQ) biosynthesis protein C

C: Pyrroloquinoline quinone (Coenzyme PQQ) biosynthesis protein C

D: Pyrroloquinoline quinone (Coenzyme PQQ) biosynthesis protein C

ヘテロ分子

161 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pyrroloquinoline quinone (Coenzyme PQQ) biosynthesis protein C

B: Pyrroloquinoline quinone (Coenzyme PQQ) biosynthesis protein C

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
80.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Pyrroloquinoline quinone (Coenzyme PQQ) biosynthesis protein C

D: Pyrroloquinoline quinone (Coenzyme PQQ) biosynthesis protein C

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
80.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.941, 114.061, 103.952
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.54, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Pyrroloquinoline quinone (Coenzyme PQQ) biosynthesis protein C / Pyrroloquinoline-quinone synthase 分子量: 40240.246 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) 遺伝子: pqqC_2, CAZ10_19980, DT376_18990, NCTC13621_03444, PAERUG_P19_London_7_VIM_2_05_10_05324 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0C7AN42, pyrroloquinoline-quinone synthase
#2: 化合物	ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 852 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.46 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M MgCl2, 25% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9201 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9201 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.07→29.35 Å / Num. obs: 99235 / % possible obs: 99.19 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.05238 / R_pim(I) all: 0.05238 / R_rim(I) all: 0.07408 / Net I/σ(I): 9.7
反射シェル	解像度: 2.07→2.144 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.4512 / Mean I/σ(I) obs: 1.64 / Num. unique obs: 9909 / CC_1/2: 0.676 / R_pim(I) all: 0.4512 / R_rim(I) all: 0.638 / % possible all: 99.97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.17.1_3660: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.07→29.35 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.68 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2411	1992	2.01 %
R_work	0.1995	-	-
obs	0.2003	99008	98.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.07→29.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10283	0	0	852	11135

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	10654
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.27	14496
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.412	1497
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	1593
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	1915

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.07-2.12	0.2885	138	0.2656	6699	X-RAY DIFFRACTION	96
2.12-2.18	0.2466	143	0.2528	6971	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.24	0.3187	141	0.2738	6807	X-RAY DIFFRACTION	98
2.24-2.31	0.3062	134	0.297	6643	X-RAY DIFFRACTION	96
2.31-2.39	0.2644	145	0.223	7018	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.49	0.2821	143	0.2126	6979	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.6	0.2548	143	0.2066	6952	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.74	0.2508	142	0.2058	6975	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-2.91	0.2395	144	0.2045	6994	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-3.14	0.2639	144	0.2062	6995	X-RAY DIFFRACTION	100
3.14-3.45	0.2532	143	0.1981	6964	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-3.95	0.2226	142	0.1828	6873	X-RAY DIFFRACTION	98
3.95-4.97	0.2018	144	0.165	7044	X-RAY DIFFRACTION	100
4.97-29.35	0.2218	146	0.1792	7102	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7086	0.3601	0.2973	3.2114	0.061	1.6226	-0.048	0.1745	-0.1223	-0.1889	0.0409	-0.1046	-0.0162	-0.0073	0.0071	0.104	-0.0096	-0.0006	0.2039	0.0079	0.2397	0.3843	14.6671	-4.3986
2	3.3472	-0.6331	-0.802	2.641	-2.4487	3.49	-0.6703	0.2153	-0.1263	0.1258	0.6349	0.5873	0.0211	-1.4912	-0.0208	0.3586	-0.0347	0.0231	0.5095	-0.0535	0.487	8.9705	-13.4083	4.5858
3	2.0758	-0.4574	0.2149	1.378	0.0332	1.0288	-0.0895	-0.271	-0.1875	0.193	0.1456	-0.0501	0.1259	-0.0285	-0.0545	0.2089	0.0222	-0.021	0.1953	0.0446	0.265	-1.8599	3.5966	9.7179
4	4.594	-0.9946	1.6438	1.9898	-0.7605	4.1482	-0.2855	0.7919	-1.0343	-0.7818	0.0966	-0.1484	1.1175	0.8275	0.0921	0.7732	-0.0121	0.166	0.4217	-0.0401	0.5831	1.2186	-10.429	15.4612
5	1.9135	-0.3223	0.287	1.394	-0.0669	1.4336	0.0103	0.184	-0.239	-0.0372	0.0433	0.0037	0.1609	-0.0547	-0.0787	0.2698	-0.0356	0.0029	0.1807	-0.0047	0.3367	-5.4772	-3.9224	-0.8911
6	4.708	1.5433	-0.2634	4.6553	-0.8578	3.4437	-0.1549	0.3098	0.1003	-0.3138	0.127	0.5767	0.061	-0.0523	-0.0196	0.216	-0.0078	-0.0429	0.277	0.043	0.3184	-25.535	24.5942	-6.1131
7	1.4716	0.1254	0.3826	2.8395	0.8648	2.3463	-0.0797	0.1109	0.3543	0.0069	0.1271	0.0678	-0.2609	0.1178	-0.0458	0.2013	-0.0283	-0.0105	0.2418	0.0714	0.3484	-18.2777	32.2102	2.3489
8	6.439	-0.229	1.6719	1.8671	-0.0578	3.6099	-0.0228	-1.6248	0.6068	0.8434	0.1173	-0.1562	-0.2326	0.0013	-0.0795	0.6248	0.057	-0.0372	0.7791	-0.2534	0.5526	-12.1894	32.6778	30.7514
9	1.8123	-0.5167	-1.7847	2.7505	0.97	4.2107	-0.0101	-0.3909	0.2104	0.447	-0.0401	-0.0632	-0.3999	-0.3305	0.1568	0.3738	0.0418	0.013	0.5153	0.0611	0.2934	-38.2216	22.9456	23.3739
10	2.4008	-0.7468	-0.6938	1.8726	-0.4536	1.7515	-0.1184	-0.292	-0.09	0.1121	0.1215	0.1035	0.1446	-0.082	0.0003	0.1864	0.0115	0.0024	0.2586	0.0328	0.1748	-21.7797	16.1435	15.8695
11	3.5272	-0.1093	-0.4903	1.6019	-0.0105	1.3421	-0.0309	-0.1301	0.2935	0.3303	0.169	0.4695	0.1156	0.2392	-0.1046	0.4253	0.0564	0.1321	0.4365	0.1538	0.4716	-33.0001	12.9955	28.4011
12	4.0781	-0.7769	0.8085	1.4834	0.3645	1.6586	-0.316	-0.8284	0.0629	0.5053	0.3325	-0.0163	-0.0196	-0.1354	-0.0442	0.3743	0.0636	0.0302	0.439	0.0166	0.2355	-20.3833	25.6399	25.0819
13	2.901	-0.3617	0.4798	3.0785	0.8069	3.6157	0.1583	0.3179	-0.2469	-0.2739	0.0244	-0.1264	0.3453	0.7101	-0.1552	0.4022	0.0396	0.0301	0.3514	-0.0895	0.2326	-22.4259	20.0734	-30.2579
14	1.4066	0.1335	-0.5163	1.2156	-0.0732	3.3029	0.0118	0.1477	0.0028	-0.3014	0.0676	0.1639	-0.2004	-0.4218	-0.0545	0.2725	0.0183	-0.0301	0.2338	-0.0162	0.2562	-42.5406	30.1015	-23.8952
15	0.6219	-0.1345	-1.1973	1.5573	0.8238	2.319	-0.0539	0.2993	0.1055	-0.1627	0.1861	0.205	-0.0049	-0.5616	-0.0727	0.4911	0.0571	-0.0802	0.4982	0.0208	0.4138	-50.4095	32.6803	-27.4775
16	1.4687	0.3266	0.7489	1.7275	-0.4725	7.0815	0.0197	0.0668	-0.2689	-0.3602	0.0863	0.1141	0.2654	-0.5491	-0.1325	0.2881	-0.0607	-0.0236	0.3327	-0.0195	0.3475	-43.8221	19.1505	-22.3944
17	2.5791	-0.9064	-0.4176	2.8038	0.7676	2.5521	0.0471	0.0379	-0.0041	-0.2316	0.0377	-0.1778	-0.1917	0.5854	-0.0748	0.6203	-0.0706	0.0712	0.4516	-0.0537	0.2241	-21.6541	29.4045	-54.7792
18	3.6716	-0.7221	2.1464	3.3526	-0.1789	4.2327	-0.381	0.4563	0.7279	-0.4514	0.0127	-0.6704	-1.1611	1.1261	0.2326	1.0551	-0.3735	0.1863	0.7355	-0.0325	0.6964	-13.3656	56.5102	-39.6333
19	1.8992	1.2219	-1.5808	3.8559	-1.5185	1.3416	0.3807	-0.0944	0.0996	-0.1478	-0.2493	-0.0386	0.0441	0.4893	-0.198	1.0378	-0.1239	0.0314	0.5433	0.0049	0.4129	-32.529	56.8475	-60.0947
20	1.5386	0.0947	-0.8553	1.6094	-0.4893	0.8294	0.142	0.1392	0.3741	-0.2551	0.0412	0.1106	-0.4215	-0.167	-0.1644	0.7861	-0.0162	0.0491	0.4104	0.0079	0.3704	-34.1102	49.6301	-45.488
21	1.7278	-1.1948	1.3455	1.0719	-2.0262	5.3586	0.0795	0.3388	0.2645	-0.6238	-0.0176	-0.2495	-0.2172	0.6849	-0.0121	0.9653	-0.1781	0.0905	0.4669	-0.0037	0.4364	-20.7232	52.0736	-53.2759

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 119 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 120 through 136 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 137 through 243 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 244 through 273 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 274 through 327 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid -1 through 31 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 32 through 93 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 94 through 119 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 120 through 151 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 152 through 243 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 244 through 273 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 274 through 328 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 2 through 93 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 94 through 229 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 230 through 295 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 296 through 328 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 3 through 93 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 94 through 119 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 120 through 151 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 152 through 295 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 296 through 327 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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