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- PDB-9b9o: Crystal structure of FlcD from Pseudomonas aeruginosa bond to iro... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 9b9o | |||||||||
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Title | Crystal structure of FlcD from Pseudomonas aeruginosa bond to iron(II) and substrate | |||||||||
![]() | Pyrroloquinoline quinone (Coenzyme PQQ) biosynthesis protein C | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / mono-iron dioxygenase | |||||||||
Function / homology | ![]() pyrroloquinoline-quinone synthase / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / periplasmic space / oxidoreductase activity Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Walker, M.E. / Grove, T.L. / Li, B. / Redinbo, M.R. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural Basis for Methine Excision by a Heme Oxygenase-like Enzyme Authors: Simke, W.C. / Walker, M.E. / Calderone, L.A. / Putz, A.T. / Patteson, J.B. / Vitro, C.N. / Zizola, C.F. / Redinbo, M.R. / Pandelia, M.E. / Grove, T.L. / Li, B. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 288.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | Display | ![]() | |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.1 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2.1 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 27.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 38.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8w1qC ![]() 9b9mC ![]() 9b9nC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 40240.246 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: pqqC_2, CAZ10_19980, DT376_18990, NCTC13621_03444, PAERUG_P19_London_7_VIM_2_05_10_05324 Production host: ![]() ![]() References: UniProt: A0A0C7AN42, pyrroloquinoline-quinone synthase #2: Chemical | #3: Chemical | Mass: 207.204 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Formula: C6H9NO5S / Feature type: SUBJECT OF INVESTIGATION #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.08 Å3/Da / Density % sol: 40.84 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M sodium phosphate dibasic, citric acid pH 4.2, 20 % (w/v) PEG 8000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Dec 1, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.16→28.62 Å / Num. obs: 35471 / % possible obs: 99.08 % / Redundancy: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 43.48 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.04369 / Rpim(I) all: 0.04369 / Rrim(I) all: 0.06178 / Net I/σ(I): 9.85 |
Reflection shell | Resolution: 2.16→2.238 Å / Redundancy: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.5479 / Mean I/σ(I) obs: 1.34 / Num. unique obs: 3373 / CC1/2: 0.603 / Rpim(I) all: 0.5479 / Rrim(I) all: 0.7749 / % possible all: 94.83 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.16→28.62 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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