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- PDB-9b8o: Synaptic Vesicle V-ATPase with synaptophysin and SidK, State 3, Vo -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9b8o
タイトルSynaptic Vesicle V-ATPase with synaptophysin and SidK, State 3, Vo
要素
  • (V-type proton ATPase ...) x 6
  • ATPase H+-transporting V1 subunit D
  • ATPase, H+ transporting, V0 subunit B (Predicted), isoform CRA_a
  • Renin receptor
  • Rnasek protein
  • Synaptophysin
キーワードPROTON TRANSPORT / Membrane / Synaptic / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of opioid receptor signaling pathway / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / Ion channel transport / Transferrin endocytosis and recycling / Amino acids regulate mTORC1 / negative regulation of autophagic cell death / plasma membrane proton-transporting V-type ATPase complex / Insulin receptor recycling / RHOA GTPase cycle / eye pigmentation ...regulation of opioid receptor signaling pathway / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / Ion channel transport / Transferrin endocytosis and recycling / Amino acids regulate mTORC1 / negative regulation of autophagic cell death / plasma membrane proton-transporting V-type ATPase complex / Insulin receptor recycling / RHOA GTPase cycle / eye pigmentation / central nervous system maturation / rostrocaudal neural tube patterning / cellular response to increased oxygen levels / regulation of synaptic vesicle priming / positive regulation of transforming growth factor beta1 production / transporter activator activity / proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / synaptic vesicle lumen acidification / extrinsic component of synaptic vesicle membrane / vacuolar transport / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V1 domain / clathrin-coated vesicle membrane / endosome to plasma membrane protein transport / vacuolar proton-transporting V-type ATPase, V0 domain / lysosomal lumen acidification / endosomal lumen acidification / neuron spine / proton-transporting V-type ATPase complex / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex / osteoclast development / head morphogenesis / protein localization to cilium / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / vacuolar acidification / neuron projection terminus / dendritic spine membrane / regulation of cellular pH / syntaxin-1 binding / ROS and RNS production in phagocytes / Neutrophil degranulation / cholesterol binding / response to amyloid-beta / ATPase activator activity / presynaptic active zone / regulation of MAPK cascade / regulation of neuronal synaptic plasticity / autophagosome membrane / excitatory synapse / cilium assembly / positive regulation of Wnt signaling pathway / regulation of macroautophagy / angiotensin maturation / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / axon terminus / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / RNA endonuclease activity / proton transmembrane transport / receptor-mediated endocytosis / SH2 domain binding / SNARE binding / modulation of chemical synaptic transmission / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / terminal bouton / neuromuscular junction / Schaffer collateral - CA1 synapse / small GTPase binding / transmembrane transport / synaptic vesicle membrane / endocytosis / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / synaptic vesicle / melanosome / presynapse / signaling receptor activity / presynaptic membrane / ATPase binding / cell body / postsynaptic membrane / intracellular iron ion homeostasis / early endosome / lysosome / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / neuron projection / postsynaptic density / endosome / endosome membrane / cilium / apical plasma membrane / protein domain specific binding / axon / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / synapse / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex
類似検索 - 分子機能
Synaptophysin/synaptoporin / Synaptophysin / synaptoporin signature. / Marvel domain / Membrane-associating domain / MARVEL domain profile. / ATPase, V0 complex, subunit e1/e2, metazoa / V0 complex accessory subunit Ac45 / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / Renin receptor-like ...Synaptophysin/synaptoporin / Synaptophysin / synaptoporin signature. / Marvel domain / Membrane-associating domain / MARVEL domain profile. / ATPase, V0 complex, subunit e1/e2, metazoa / V0 complex accessory subunit Ac45 / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / V-type proton ATPase subunit S1, luminal domain / Renin receptor-like / Renin receptor-like transmembrane spanning segment / : / V-type proton ATPase subunit f-like / Ribonuclease kappa / V-type proton ATPase subunit S1/VOA1, transmembrane domain / V0 complex accessory subunit Ac45/VOA1 transmembrane domain / ATPase, V1 complex, subunit F, eukaryotic / ATPase, V0 complex, subunit e1/e2 / ATP synthase subunit H / ATPase, V0 complex, subunit d / V-ATPase proteolipid subunit C, eukaryotic / ATPase, V0 complex, subunit 116kDa, eukaryotic / ATPase, V0 complex, c/d subunit / V-type ATPase subunit C/d / V-type ATP synthase subunit c/d subunit superfamily / V-type ATP synthase c/d subunit, domain 3 superfamily / ATP synthase (C/AC39) subunit / V-ATPase proteolipid subunit / V-type ATPase, V0 complex, 116kDa subunit family / V-type ATPase 116kDa subunit family / ATPase, V1 complex, subunit D / ATPase, V1 complex, subunit F / ATPase, V1 complex, subunit F superfamily / ATP synthase subunit D / ATP synthase (F/14-kDa) subunit / V-ATPase proteolipid subunit C-like domain / F/V-ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase subunit C
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / Chem-LP3 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Chem-WJP / Rnasek protein / ATPase, H+ transporting, V0 subunit B (Predicted), isoform CRA_a / V-type proton ATPase subunit S1 / Synaptophysin / V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 1 ...CHOLESTEROL / Chem-LP3 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Chem-WJP / Rnasek protein / ATPase, H+ transporting, V0 subunit B (Predicted), isoform CRA_a / V-type proton ATPase subunit S1 / Synaptophysin / V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 1 / V-type proton ATPase subunit F / V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c / V-type proton ATPase subunit e 2 / V-type proton ATPase subunit / Renin receptor / V-type proton ATPase subunit D
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Coupland, C.E. / Rubinstein, J.L.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT166152 カナダ
引用ジャーナル: Science / 年: 2024
タイトル: High-resolution electron cryomicroscopy of V-ATPase in native synaptic vesicles.
著者: Claire E Coupland / Ryan Karimi / Stephanie A Bueler / Yingke Liang / Gautier M Courbon / Justin M Di Trani / Cassandra J Wong / Rayan Saghian / Ji-Young Youn / Lu-Yang Wang / John L Rubinstein /
要旨: Intercellular communication in the nervous system occurs through the release of neurotransmitters into the synaptic cleft between neurons. In the presynaptic neuron, the proton pumping vesicular- or ...Intercellular communication in the nervous system occurs through the release of neurotransmitters into the synaptic cleft between neurons. In the presynaptic neuron, the proton pumping vesicular- or vacuolar-type ATPase (V-ATPase) powers neurotransmitter loading into synaptic vesicles (SVs), with the V complex dissociating from the membrane region of the enzyme before exocytosis. We isolated SVs from rat brain using SidK, a V-ATPase-binding bacterial effector protein. Single-particle electron cryomicroscopy allowed high-resolution structure determination of V-ATPase within the native SV membrane. In the structure, regularly spaced cholesterol molecules decorate the enzyme's rotor and the abundant SV protein synaptophysin binds the complex stoichiometrically. ATP hydrolysis during vesicle loading results in a loss of the V region of V-ATPase from the SV membrane, suggesting that loading is sufficient to induce dissociation of the enzyme.
履歴
登録2024年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.22024年7月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: ATPase H+-transporting V1 subunit D
P: V-type proton ATPase subunit S1
U: Synaptophysin
a: V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 1
b: ATPase, H+ transporting, V0 subunit B (Predicted), isoform CRA_a
d: V-type proton ATPase subunit
e: V-type proton ATPase subunit e 2
f: Rnasek protein
g: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c
h: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c
i: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c
j: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c
k: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c
l: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c
m: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c
n: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c
o: V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c
p: Renin receptor
L: V-type proton ATPase subunit F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)512,03475
ポリマ－483,31819
非ポリマー28,71656
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 5種, 5分子 HUbfp

#1: タンパク質 ATPase H+-transporting V1 subunit D / ATPase / H+ transporting / V1 subunit D / isoform CRA_c / lysosomal V1 subunit D


分子量: 28359.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q6P503
#3: タンパク質 Synaptophysin / Major synaptic vesicle protein p38


分子量: 33331.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P07825
#5: タンパク質 ATPase, H+ transporting, V0 subunit B (Predicted), isoform CRA_a / ATPase / H+ transporting / lysosomal V0 subunit B / Atp6v0b protein


分子量: 21618.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: B0K022
#8: タンパク質 Rnasek protein


分子量: 9502.132 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: A0A8J8YMT9
#10: タンパク質 Renin receptor / ATPase H(+)-transporting lysosomal accessory protein 2 / ATPase H(+)-transporting lysosomal- ...ATPase H(+)-transporting lysosomal accessory protein 2 / ATPase H(+)-transporting lysosomal-interacting protein 2 / Renin/prorenin receptor


分子量: 39118.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q6AXS4

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V-type proton ATPase ... , 6種, 14分子 PadeghijklmnoL

#2: タンパク質 V-type proton ATPase subunit S1 / V-ATPase subunit S1 / C7-1 protein / V-ATPase Ac45 subunit / V-ATPase S1 accessory protein / ...V-ATPase subunit S1 / C7-1 protein / V-ATPase Ac45 subunit / V-ATPase S1 accessory protein / Vacuolar proton pump subunit S1


分子量: 51160.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: O54715
#4: タンパク質 V-type proton ATPase 116 kDa subunit a 1 / V-ATPase 116 kDa subunit a 1 / Clathrin-coated vesicle/synaptic vesicle proton pump 116 kDa subunit ...V-ATPase 116 kDa subunit a 1 / Clathrin-coated vesicle/synaptic vesicle proton pump 116 kDa subunit / Vacuolar adenosine triphosphatase subunit Ac116 / Vacuolar proton pump subunit 1 / Vacuolar proton translocating ATPase 116 kDa subunit a isoform 1


分子量: 94950.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P25286
#6: タンパク質 V-type proton ATPase subunit


分子量: 40341.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q5M7T6
#7: タンパク質 V-type proton ATPase subunit e 2 / V-ATPase subunit e 2 / Vacuolar proton pump subunit e 2


分子量: 9203.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q5EB76
#9: タンパク質
V-type proton ATPase 16 kDa proteolipid subunit c / V-ATPase 16 kDa proteolipid subunit c / Vacuolar proton pump 16 kDa proteolipid subunit c


分子量: 15815.833 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P63081
#11: タンパク質 V-type proton ATPase subunit F / V-ATPase subunit F / V-ATPase 14 kDa subunit / Vacuolar proton pump subunit F


分子量: 13389.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: P50408

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糖 , 3種, 10分子

#12: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#13: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D- ...alpha-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1883.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpa1-2DGlcpa1-3DGlcpa1-3DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,11,10/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-4-4-4-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-j1_d2-e1_e2-f1_f3-g1_g3-h1_h2-i1_j6-k1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Glcp]{[(3+1)][a-D-Glcp]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}}}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#16: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 46分子

#14: 化合物
ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE


分子量: 790.145 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H88NO8P / コメント: リン脂質*YM
#15: 化合物 ChemComp-WJP / methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate / dolichol-pp


分子量: 534.603 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C26H48O7P2
#17: 化合物 ChemComp-LP3 / (7R)-4,7-DIHYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-10-OXO-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE / O-(1-O-ステアロイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン


分子量: 524.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H55NO7P
#18: 化合物
ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 734.039 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H80NO8P / コメント: リン脂質*YM
#19: 化合物...
ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Synaptic vesicle V-ATPase with synaptophysin and SidK, state 3, Vo
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1, #11, #3, #5-#6, #9-#10 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 株: Sprague Dawley / 細胞内の位置: Synaptic Vesicle Membrane / 器官: Brain / Organelle: Synaptic Vesicle
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GRAPHENE OXIDE / グリッドのタイプ: Homemade
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1900 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 37.5 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21_5207 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 198533 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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