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- PDB-9az0: Crystal crystal of FC2591 peroxidase from Frankia casuarinae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9az0
タイトルCrystal crystal of FC2591 peroxidase from Frankia casuarinae
要素Dyp-type peroxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / FERRIDOXIN-LIKE
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxidase activity / heme binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / Dyp-type peroxidase, C-terminal / Dyp-type peroxidase, N-terminal / DyP-type peroxidase family. / Dyp-type peroxidase / Dimeric alpha-beta barrel / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / OXYGEN MOLECULE / Dyp-type peroxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Frankia casuarinae (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Skarina, T. / Choolaei, Z. / Yakunin, A. / Savchenko, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2025
タイトル: Structural and Biochemical Insights into Lignin-Oxidizing Activity of Bacterial Peroxidases against Soluble Substrates and Kraft Lignin.
著者: Choolaei, Z. / Khusnutdinova, A.N. / Skarina, T. / Stogios, P. / Diep, P. / Lemak, S. / Edwards, E.A. / Savchenko, A. / Yakunin, A.F.
履歴
登録2024年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dyp-type peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4063
ポリマ－40,7581
非ポリマー6482
水12,683704
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.434, 71.639, 76.638
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.230, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1049-

HOH

21A-1090-

HOH

31A-1206-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Dyp-type peroxidase


分子量: 40757.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Frankia casuarinae (バクテリア) / 遺伝子: Francci3_2591 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2J9T9
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシラジカル


分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 704 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.97 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 15 mg/mL protein plus 40 mM zinc acetate, 18% (w/v) Polyethylene glycol (PEG) 3350, cryoprotectant paratone oil

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→25 Å / Num. obs: 39461 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 20.13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 28.97
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.389 / Mean I/σ(I) obs: 2.07 / Num. unique obs: 1922 / CC1/2: 0.888 / Rpim(I) all: 0.221 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.65→24.12 Å / SU ML: 0.2025 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.8406
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1796 1972 5 %
Rwork0.1441 37489 -
obs0.1459 39461 98.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→24.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2647 0 45 704 3396
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00682757
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91273765
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0558401
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0087508
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3883985
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.690.29221280.27882445X-RAY DIFFRACTION91.24
1.69-1.730.25471410.22872654X-RAY DIFFRACTION98.07
1.73-1.780.23921420.1852687X-RAY DIFFRACTION98.47
1.78-1.840.211390.16192654X-RAY DIFFRACTION98.76
1.84-1.910.20711400.16072657X-RAY DIFFRACTION99.33
1.91-1.980.19351390.15692670X-RAY DIFFRACTION99.43
1.98-2.070.21481420.16582700X-RAY DIFFRACTION99.61
2.07-2.180.20411420.14982708X-RAY DIFFRACTION99.89
2.18-2.320.22681420.1462692X-RAY DIFFRACTION99.93
2.32-2.50.17681420.14082698X-RAY DIFFRACTION100
2.5-2.750.14821420.14332707X-RAY DIFFRACTION100
2.75-3.150.17221430.13832707X-RAY DIFFRACTION100
3.15-3.960.14721440.11922742X-RAY DIFFRACTION99.93
3.96-24.120.1571460.12842768X-RAY DIFFRACTION99.9
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.46710363405-2.52969424420.9543368987232.664159708690.09806491690651.889217921320.01838463222440.05373720134330.136665031304-0.0536139612541-0.07312815625330.0438769163843-0.0968173387575-0.02393576616460.04862766878560.0807359802203-0.02845866102950.03322022363790.1035638986330.04865980454420.07303575013069.60408566406-3.3922383248514.4537371487
24.0779140819-4.606090689842.125437301559.9032018079-4.515683995114.078523497990.0232257856995-0.003972114639110.1719932277130.0653924001691-0.120844572672-0.3343349319510.04909206272380.2960832578030.09588865791620.106461772220.00218750993767-0.0009673522514170.151672941451-0.03189909656670.10931829800922.0728553633-6.7613796314815.5657603819
30.191887452412-0.3329811415510.6599746570651.60328250667-2.294823945774.637959773510.03845247156720.0351482525231-0.0104444726307-0.0233124322395-0.0271914744969-0.0526863007583-0.1248694208620.2896644295330.02546016148370.129369768252-0.02452689230220.008378516166940.19859808957-0.005499965161190.20806540141415.740777155-1.008786466488.20960570815
40.531022028398-0.0929705332516-0.4038213288651.53086835667-0.4626240560760.827919156315-0.0120446654565-0.0162090065215-0.117486302169-0.0549871528942-0.00709184229810.0550272520370.1951083202830.03207920105470.01435474606580.149757846704-0.0031005728507-0.006775104000230.14843237384-0.001050479059470.1645664618595.8717590297-13.257965713519.4851961327
51.82240863402-0.5517541992471.258218258231.4534230135-1.527578792161.972148563820.05867625634290.050651497811-0.0179754039895-0.121840892315-0.0759397550497-0.1360083706130.1195660665220.1779926121110.02000069457970.1898540329660.01925977748790.01593754698330.169412702845-0.01961055323020.16296541495112.2130630955-7.827528330465.11051449743
61.5937413970.963304400752-0.7022702328761.793316451860.6438023816261.654175437830.0620448225248-0.08749319186640.117910511236-0.05554518573380.0214346703429-0.0709861477674-0.0965800667715-0.152077399918-0.08990526310490.1761258308230.0268270746995-0.000552177800790.162504050330.0106150036710.175671577871-9.378651125175.85217799098.38542104132
74.82068675464-0.07146118799491.826965768370.637128925871-0.1206337019671.74873211673-0.123488779331-0.1849827307580.4279293639610.07874703941980.0283728438202-0.0307034144794-0.0994095881099-0.05348140228350.09746719906880.13730213562-0.01444829870810.01666133614050.1119810735050.00545585176610.1315543221191.67365097915-1.2389616738224.5952837674
82.93695890413-0.377062792689-0.2974754371154.202676275232.476125937834.29007381352-0.0217611537840.3489378544250.0233923662326-0.249940285358-0.03110198543580.148473779608-0.323326626911-0.1739708284960.08199718630970.1256959328550.00429824115194-0.006291824124770.1860164712920.03148475007350.116882447826-22.8290773192-0.53000569280714.9250737956
91.83921069209-0.211856802821-1.703329648850.186870555044-0.1450655395342.09104461365-0.04196854533840.0506300165207-0.03928424819060.00968237309135-0.01108095872340.09296721555930.106873913413-0.05329255693240.05923817150740.152202882347-0.0001451313368530.000621223482870.1356006696910.006753007364210.165210841494-14.62323514-4.6027581448220.5437749895
104.447907240170.4045501445140.6779136253350.4404559109370.1314717453380.292911572687-0.0189810794617-0.0840425533169-0.09558407377550.01998047166080.01537407607460.03279519686020.03804453825670.00413694290329-0.006398341948620.14415792097-0.0002158925703820.001867437478930.1153388287610.004412734086380.1088596959151.17448012342-8.8566317751521.7631801875
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 30 through 55 )30 - 551 - 26
22chain 'A' and (resid 56 through 78 )56 - 7827 - 49
33chain 'A' and (resid 79 through 111 )79 - 11150 - 82
44chain 'A' and (resid 112 through 150 )112 - 15083 - 121
55chain 'A' and (resid 151 through 178 )151 - 178122 - 149
66chain 'A' and (resid 179 through 198 )179 - 198150 - 169
77chain 'A' and (resid 199 through 238 )199 - 238170 - 209
88chain 'A' and (resid 239 through 275 )239 - 275210 - 246
99chain 'A' and (resid 276 through 330 )276 - 330247 - 301
1010chain 'A' and (resid 331 through 389 )331 - 389302 - 360

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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