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- PDB-9az1: Crystal structure of PR9465 peroxidase from Pseudomonas rhizosphaerae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9az1
タイトルCrystal structure of PR9465 peroxidase from Pseudomonas rhizosphaerae
要素Deferrochelatase
キーワードOXIDOREDUCTASE / FERRIDOXIN-LIKE
機能・相同性
機能・相同性情報


ferrochelatase activity / iron import into cell / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / peroxidase activity / periplasmic space / heme binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Deferrochelatase / : / : / Dyp-type peroxidase, C-terminal / Dyp-type peroxidase, N-terminal / DyP-type peroxidase family. / Dyp-type peroxidase / Dimeric alpha-beta barrel / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / OXYGEN MOLECULE / Deferrochelatase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas rhizosphaerae (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Skarina, T. / Choolaei, Z. / Yakunin, A. / Savchenko, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of PR9465 peroxidase from Pseudomonas rhizosphaerae
著者: Stogios, P.J.
履歴
登録2024年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deferrochelatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,85910
ポリマ－43,9011
非ポリマー9579
水5,549308
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)94.552, 94.552, 98.498
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Deferrochelatase / Peroxidase EfeB


分子量: 43901.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas rhizosphaerae (バクテリア)
遺伝子: LT40_09465 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A089YV40, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ

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非ポリマー , 5種, 317分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシラジカル


分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.94 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30 mg/mL protein with 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 1.8 M ammonium sulfate, 2% (v/v) PEG 550 monomethyl ether (MME), cryoprotectant 2% (v/v) PEG 200 and 2% (w/v) glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30.02 Å / Num. obs: 18809 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 11.3 % / Biso Wilson estimate: 30.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 20.42
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / Rmerge(I) obs: 0.462 / Mean I/σ(I) obs: 2.09 / Num. unique obs: 986 / CC1/2: 0.871 / Rpim(I) all: 0.215

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→30.02 Å / SU ML: 0.2528 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.09 / 位相誤差: 23.2431
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2489 1866 9.92 %
Rwork0.2028 16943 -
obs0.2074 18809 92.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3039 0 56 308 3403
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00213162
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.44134307
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0378457
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032578
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.4442431
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.360.28071310.23491186X-RAY DIFFRACTION86.08
2.36-2.430.3221410.23641284X-RAY DIFFRACTION92.71
2.43-2.510.2571460.2361278X-RAY DIFFRACTION92.71
2.51-2.60.32371500.23371306X-RAY DIFFRACTION94.92
2.6-2.710.33661350.23851302X-RAY DIFFRACTION93.68
2.71-2.830.28481550.23981315X-RAY DIFFRACTION95.15
2.83-2.980.25951480.2241349X-RAY DIFFRACTION95.29
2.98-3.160.27491440.20711327X-RAY DIFFRACTION95.58
3.16-3.410.25451470.20711351X-RAY DIFFRACTION95.6
3.41-3.750.3171100.22681008X-RAY DIFFRACTION71.07
3.75-4.290.18961500.17141323X-RAY DIFFRACTION92.88
4.29-5.40.18071410.15151408X-RAY DIFFRACTION96.51
5.4-30.020.21241680.19331506X-RAY DIFFRACTION97.5
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.247805250180.0323434401633-0.01225747541451.15673751024-0.02098714869531.456157487190.00833380355464-0.01853968117430.135417717194-0.0296628435397-0.0351671084634-0.044592658083-0.3224918688310.153208570450.01960134037980.314066436793-0.001569966543390.01528615152930.229542740335-0.03071799644660.233651202487-24.261.264-0.548
21.26485540813-0.289249117027-0.02922920680841.251397516820.1229579233131.219117252740.07250132392150.05591233491740.019999586356-0.0305028577989-0.09547669138850.0780965913999-0.0643278544784-0.06685401598180.02046978099380.211876657309-0.0187715858696-0.0005503997127080.1537317874250.008130673133120.18227922615-24.485-8.547-8.853
33.2483715148-1.96428367579-0.6462046326082.234415627170.5164592821790.5394857351140.1326631445520.311063007040.17465452484-0.271869830147-0.133654781007-0.168902092387-0.110615528472-0.0822613023280.008807874152720.217036865769-0.00782316732991-0.01285799319660.2271745186670.00995051504470.198883053275-12.691-12.868-23.33
42.64340872428-0.419713204144-0.5906801238343.143928636880.5875255203945.796829511650.2339944994610.4736336972270.0826840145777-0.723572818931-0.2406560021140.0727687435005-0.393713004395-0.142932755647-0.02852815509070.2442037644540.0601605295782-0.03946093737550.294931831851-0.01335003409110.252803634383-13.145-16.27-28.849
51.59557951233-1.207438721350.5260491136142.404943429590.06746664162570.4666008055820.1446033162140.116521222729-0.0899933430745-0.211135863382-0.05542526192170.01690532148680.1039551223310.013953694753-0.08670912606070.174591350844-0.008873541839090.006432216772440.253707350044-0.0536172255330.212878407009-21.311-19.621-18.092
66.729428908132.204033699230.5837605140688.233210538380.6861013000674.205803288440.176690519869-0.007193193219850.435936476623-0.036269263121-0.06814414936080.783146390684-0.631721371873-0.402886446443-0.134613451650.4238005938240.0631146829909-0.05289706266360.287077403472-0.01327511086630.323067358697-35.578.086-13.971
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 44:126 )A44 - 126
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 127:237 )A127 - 237
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 238:323 )A238 - 323
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 324:359 )A324 - 359
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 360:411 )A360 - 411
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 412:432 )A412 - 432

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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