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Yorodumi- PDB-9az2: Crystal structure of PF3257 peroxidase from Pseudomonas fluorescens -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 9az2 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of PF3257 peroxidase from Pseudomonas fluorescens | ||||||
Components | Deferrochelatase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / FERRIDOXIN-LIKE | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationferrochelatase activity / iron import into cell / Oxidoreductases; Acting on a peroxide as acceptor; Peroxidases / peroxidase activity / periplasmic space / heme binding / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Pseudomonas fluorescens (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.52 Å | ||||||
Authors | Stogios, P.J. / Skarina, T. / Choolaei, Z. / Yakunin, A. / Savchenko, A. | ||||||
| Funding support | 1items
| ||||||
Citation | Journal: Acs Chem.Biol. / Year: 2025Title: Structural and Biochemical Insights into Lignin-Oxidizing Activity of Bacterial Peroxidases against Soluble Substrates and Kraft Lignin. Authors: Choolaei, Z. / Khusnutdinova, A.N. / Skarina, T. / Stogios, P. / Diep, P. / Lemak, S. / Edwards, E.A. / Savchenko, A. / Yakunin, A.F. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 9az2.cif.gz | 2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb9az2.ent.gz | 1.5 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 9az2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 9az2_validation.pdf.gz | 7.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 9az2_full_validation.pdf.gz | 7.1 MB | Display | |
| Data in XML | 9az2_validation.xml.gz | 203.8 KB | Display | |
| Data in CIF | 9az2_validation.cif.gz | 258.7 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/9az2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/9az2 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 9az0C ![]() 9az1C C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
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Components
| #1: Protein | Mass: 43540.930 Da / Num. of mol.: 12 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas fluorescens (strain ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5) (bacteria)Strain: ATCC BAA-477 / NRRL B-23932 / Pf-5 / Gene: efeB, PFL_3257 / Production host: ![]() References: UniProt: Q4KBM1, Oxidoreductases; Acting on a peroxide as acceptor; Peroxidases #2: Chemical | ChemComp-HEM / #3: Chemical | ChemComp-OXY / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | Has protein modification | N | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.39 Å3/Da / Density % sol: 48.64 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 15 mg/mL protein, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 0.2 M magnesium chloride, 25% w/v PEG 3350, cryoprotectant: paratone |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.5418 Å |
| Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV / Detector: IMAGE PLATE / Date: Jul 2, 2019 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.52→25 Å / Num. obs: 158500 / % possible obs: 96.8 % / Redundancy: 3 % / Biso Wilson estimate: 31.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.185 / Rpim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 5.5 |
| Reflection shell | Resolution: 2.52→2.56 Å / Redundancy: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.759 / Mean I/σ(I) obs: 1.25 / Num. unique obs: 7703 / CC1/2: 0.525 / Rpim(I) all: 0.525 / % possible all: 94.9 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.52→19.99 Å / SU ML: 0.3162 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.15 / Phase error: 26.1775 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 38.62 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.52→19.99 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Movie
Controller
About Yorodumi



Pseudomonas fluorescens (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
Citation

PDBj






















