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- PDB-9axt: Non-translating S. pombe ribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9axt
タイトルNon-translating S. pombe ribosome
要素
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 40
  • (Small ribosomal subunit protein ...) x 31
  • 18S ribosomal RNA
  • 28S ribosomal RNA
  • 5.8S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
キーワードRIBOSOME / Schizosaccharomyces pombe / protein synthesis / S. pombe / TRANSLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


mTORC1-mediated signalling / Translation initiation complex formation / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Ribosomal scanning and start codon recognition / Protein methylation / Protein hydroxylation / RMTs methylate histone arginines / positive regulation of SREBP signaling pathway / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / cytosolic large ribosomal subunit assembly ...mTORC1-mediated signalling / Translation initiation complex formation / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Ribosomal scanning and start codon recognition / Protein methylation / Protein hydroxylation / RMTs methylate histone arginines / positive regulation of SREBP signaling pathway / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / cytosolic large ribosomal subunit assembly / ribonuclease MRP complex / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Formation of a pool of free 40S subunits / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / cytoplasmic translational elongation / preribosome / tRNA processing / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / pre-mRNA intronic binding / protein-RNA complex assembly / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / maintenance of translational fidelity / cytoplasmic stress granule / rRNA processing / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / negative regulation of gene expression / mRNA binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Ribosomal protein L28e / : / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. ...40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Ribosomal protein L28e / : / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L10e / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / : / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / : / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein L13e / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S17e, conserved site / : / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L30e signature 1. / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / : / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal protein S19e / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S6, eukaryotic
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein eS10B / Large ribosomal subunit protein eL8 ...: / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein eS10B / Large ribosomal subunit protein eL8 / Small ribosomal subunit protein eS24A / Small ribosomal subunit protein eS12A / Large ribosomal subunit protein eL28 / Small ribosomal subunit protein uS7A / Large ribosomal subunit protein uL22A / Large ribosomal subunit protein eL27A / Large ribosomal subunit protein eL19B / Large ribosomal subunit protein eL21B / Large ribosomal subunit protein uL13A / Small ribosomal subunit protein eS17A / Small ribosomal subunit protein uS4B / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein uL30C / Large ribosomal subunit protein eL13 / Large ribosomal subunit protein uL18B / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein eS27 / Large ribosomal subunit protein eL24B / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL6B / Large ribosomal subunit protein eL14 / Small ribosomal subunit protein eS1B / Large ribosomal subunit protein eL36B / Large ribosomal subunit protein eL37B / Small ribosomal subunit protein eS21 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Small ribosomal subunit protein uS11B / Small ribosomal subunit protein uS8A / Large ribosomal subunit protein uL14B / Small ribosomal subunit protein eS30B / Small ribosomal subunit protein uS9A / Small ribosomal subunit protein uS13B / Large ribosomal subunit protein eL20A / Large ribosomal subunit protein uL2C / Small ribosomal subunit protein uS17A / Small ribosomal subunit protein uS12A / Large ribosomal subunit protein uL5A / Small ribosomal subunit protein eS28A / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein uL4A / Large ribosomal subunit protein uL3A / Large ribosomal subunit protein eL30A / Large ribosomal subunit protein uL15B / Small ribosomal subunit protein eS19A / Large ribosomal subunit protein uL24 / Small ribosomal subunit protein eS25A / Large ribosomal subunit protein eL32A / Large ribosomal subunit protein eL6 / Large ribosomal subunit protein uL16A / Large ribosomal subunit protein eL22 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Large ribosomal subunit protein uL23A / Large ribosomal subunit protein eL18B / Large ribosomal subunit protein eL29 / Small ribosomal subunit protein eS6B / Large ribosomal subunit protein eL43A / Small ribosomal subunit protein eS4C / Small ribosomal subunit protein eS8B / Large ribosomal subunit protein eL34B / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein eL15B / Large ribosomal subunit protein eL38A / Large ribosomal subunit protein eL33A / Small ribosomal subunit protein eS26B / Large ribosomal subunit protein eL42 / Small ribosomal subunit protein uS19B / Small ribosomal subunit protein uS2A
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Gluc, M. / Gemin, O. / Purdy, M. / Mattei, S. / Jomaa, A.
資金援助 米国, ドイツ, 2件
組織認可番号国
American Cancer Society 米国
EIPOD fellowship under Marie Sklodowska-Curie Actions COFUND ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Ribosomes hibernate on mitochondria during cellular stress.
著者: Olivier Gemin / Maciej Gluc / Higor Rosa / Michael Purdy / Moritz Niemann / Yelena Peskova / Simone Mattei / Ahmad Jomaa /
要旨: Cell survival under nutrient-deprived conditions relies on cells' ability to adapt their organelles and rewire their metabolic pathways. In yeast, glucose depletion induces a stress response mediated ...Cell survival under nutrient-deprived conditions relies on cells' ability to adapt their organelles and rewire their metabolic pathways. In yeast, glucose depletion induces a stress response mediated by mitochondrial fragmentation and sequestration of cytosolic ribosomes on mitochondria. This cellular adaptation promotes survival under harsh environmental conditions; however, the underlying mechanism of this response remains unknown. Here, we demonstrate that upon glucose depletion protein synthesis is halted. Cryo-electron microscopy structure of the ribosomes show that they are devoid of both tRNA and mRNA, and a subset of the particles depicted a conformational change in rRNA H69 that could prevent tRNA binding. Our in situ structural analyses reveal that the hibernating ribosomes tether to fragmented mitochondria and establish eukaryotic-specific, higher-order storage structures by assembling into oligomeric arrays on the mitochondrial surface. Notably, we show that hibernating ribosomes exclusively bind to the outer mitochondrial membrane via the small ribosomal subunit during cellular stress. We identify the ribosomal protein Cpc2/RACK1 as the molecule mediating ribosomal tethering to mitochondria. This study unveils the molecular mechanism connecting mitochondrial stress with the shutdown of protein synthesis and broadens our understanding of cellular responses to nutrient scarcity and cell quiescence.
履歴
登録2024年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: 18S ribosomal RNA
AD: Small ribosomal subunit protein uS2A
AE: Small ribosomal subunit protein eS1B
AF: Small ribosomal subunit protein uS5
AG: Small ribosomal subunit protein uS3
AH: Small ribosomal subunit protein eS4C
AI: Small ribosomal subunit protein uS7A
AJ: Small ribosomal subunit protein eS6B
AK: Small ribosomal subunit protein eS7
AL: Small ribosomal subunit protein eS8B
AM: Small ribosomal subunit protein uS4B
AN: Small ribosomal subunit protein eS10B
AO: Small ribosomal subunit protein uS17A
AP: Small ribosomal subunit protein eS12A
AQ: Small ribosomal subunit protein uS15
AR: Small ribosomal subunit protein uS11B
AS: Small ribosomal subunit protein uS19B
AT: Small ribosomal subunit protein uS9A
AU: Small ribosomal subunit protein eS17A
AV: Small ribosomal subunit protein uS13B
AW: Small ribosomal subunit protein eS19A
Aa: Small ribosomal subunit protein uS10
Ab: Small ribosomal subunit protein eS21
Ac: Small ribosomal subunit protein uS8A
Ad: Small ribosomal subunit protein uS12A
Ae: Small ribosomal subunit protein eS24A
Af: Small ribosomal subunit protein eS25A
Ag: Small ribosomal subunit protein eS26B
Ah: Small ribosomal subunit protein eS27
Ai: Small ribosomal subunit protein eS28A
Aj: Small ribosomal subunit protein uS14
Ak: Small ribosomal subunit protein eS30B
B0: Large ribosomal subunit protein eL42
B1: Large ribosomal subunit protein eL43A
B2: 28S ribosomal RNA
B3: 5S ribosomal RNA
B4: 5.8S ribosomal RNA
BN: Large ribosomal subunit protein uL2C
BO: Large ribosomal subunit protein uL3A
BP: Large ribosomal subunit protein uL4A
BQ: Large ribosomal subunit protein uL18B
BR: Large ribosomal subunit protein eL6
BS: Large ribosomal subunit protein uL30C
BT: Large ribosomal subunit protein eL8
BU: Large ribosomal subunit protein uL6B
BV: Large ribosomal subunit protein uL16A
BW: Large ribosomal subunit protein uL5A
BX: Large ribosomal subunit protein eL13
BY: Large ribosomal subunit protein eL14
BZ: Large ribosomal subunit protein eL15B
Ba: Large ribosomal subunit protein uL13A
Bb: Large ribosomal subunit protein uL22A
Bc: Large ribosomal subunit protein eL18B
Bd: Large ribosomal subunit protein eL19B
Be: Large ribosomal subunit protein eL20A
Bf: Large ribosomal subunit protein eL21B
Bg: Large ribosomal subunit protein eL22
Bh: Large ribosomal subunit protein uL14B
Bi: Large ribosomal subunit protein eL24B
Bj: Large ribosomal subunit protein uL23A
Bk: Large ribosomal subunit protein uL24
Bl: Large ribosomal subunit protein eL27A
Bm: Large ribosomal subunit protein uL15B
Bn: Large ribosomal subunit protein eL29
Bo: Large ribosomal subunit protein eL30A
Bp: Large ribosomal subunit protein eL31
Bq: Large ribosomal subunit protein eL32A
Br: Large ribosomal subunit protein eL33A
Bs: Large ribosomal subunit protein eL34B
Bt: Large ribosomal subunit protein uL29
Bu: Large ribosomal subunit protein eL36B
Bv: Large ribosomal subunit protein eL37B
Bw: Large ribosomal subunit protein eL38A
Bx: Large ribosomal subunit protein eL39
By: Large ribosomal subunit protein eL28
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,150,25781
ポリマ－3,149,86575
非ポリマー3926
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
RNA鎖 , 4種, 4分子 AAB2B3B4

#1: RNA鎖 18S ribosomal RNA


分子量: 593528.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: GenBank: NR_151432.1
#35: RNA鎖 28S ribosomal RNA


分子量: 1129828.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: GenBank: 157310483
#36: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 78518.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: GenBank: 157310380
#37: RNA鎖 5.8S ribosomal RNA


分子量: 52880.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: GenBank: 288694

+
Small ribosomal subunit protein ... , 31種, 31分子 ADAEAFAGAHAIAJAKALAMANAOAPAQARASATAUAVAWAaAbAcAdAeAfAgAhAiAjAk

#2: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS2A / 40S ribosomal protein S0-A


分子量: 31794.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q9Y7L8
#3: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS1B / 40S ribosomal protein S1-B / S3aE-B


分子量: 28574.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O94438
#4: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS5 / 40S ribosomal protein S2


分子量: 27681.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O74892
#5: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS3 / 40S ribosomal protein S3


分子量: 27594.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O60128
#6: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS4C / 40S ribosomal protein S4-C


分子量: 29735.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q9P4W9
#7: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS7A / 40S ribosomal protein S5-A


分子量: 22257.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O14277
#8: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS6B / 40S ribosomal protein S6-B


分子量: 27537.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q9C0Z7
#9: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS7 / 40S ribosomal protein S7


分子量: 21987.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q10101
#10: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS8B / 40S ribosomal protein S8-B


分子量: 22614.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q9P7B2
#11: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS4B / 40S ribosomal protein S9-B


分子量: 22290.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O59675
#12: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS10B / 40S ribosomal protein S10-B


分子量: 16470.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O13614
#13: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS17A / 40S ribosomal protein S11-A


分子量: 17535.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P0CT73
#14: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS12A / 40S ribosomal protein S12-A


分子量: 15632.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O14062
#15: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS15 / 40S ribosomal protein S13


分子量: 16985.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P28189
#16: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS11B / 40S ribosomal protein S14-B


分子量: 14723.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P0CT57
#17: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS19B / 40S ribosomal protein S15-B


分子量: 17667.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q9UTQ6
#18: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS9A / 40S ribosomal protein S16-A


分子量: 15424.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P0CT64
#19: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS17A / 40S ribosomal protein S17-A


分子量: 15544.997 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O42984
#20: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS13B / 40S ribosomal protein S18-B


分子量: 17470.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P0CT67
#21: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS19A / 40S ribosomal protein S19-A / S16-A


分子量: 16178.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P58234
#22: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS10 / 40S ribosomal protein S20


分子量: 13569.792 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O74893
#23: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS21 / 40S ribosomal protein S21 / S28


分子量: 9627.737 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P05764
#24: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS8A / 40S ribosomal protein S22-A


分子量: 14785.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P0CT58
#25: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS12A / 40S ribosomal protein S23-A


分子量: 15691.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P0CT75
#26: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS24A / 40S ribosomal protein S24-A


分子量: 15506.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O13784
#27: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS25A / 40S ribosomal protein S25-A / S31-A


分子量: 9979.782 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P79009
#28: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS26B / 40S ribosomal protein S26-B


分子量: 13895.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q9UTG4
#29: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS27 / 40S ribosomal protein S27


分子量: 9185.862 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O74330
#30: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS28A / 40S ribosomal protein S28-A / S33


分子量: 7678.962 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P0CT79
#31: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS14 / 40S ribosomal protein S29


分子量: 6672.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O74329
#32: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS30B / 40S ribosomal protein S30-B


分子量: 6928.257 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P0CT63

+
Large ribosomal subunit protein ... , 40種, 40分子 B0B1BNBOBPBQBRBSBTBUBVBWBXBYBZBaBbBcBdBeBfBgBhBiBjBkBlBmBnBo...

#33: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL42


分子量: 12239.647 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q9UTI8
#34: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL43A / L37A


分子量: 10444.286 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q9HGL8
#38: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL2C / 60S ribosomal protein L2-C / K37 / K5 / KD4


分子量: 27151.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P0CT72
#39: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL3A


分子量: 43889.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P40372
#40: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL4A / 60S ribosomal protein L4-A / L2


分子量: 39839.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P35679
#41: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL18B / 60S ribosomal protein L5-B


分子量: 33538.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O74306
#42: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL6


分子量: 21285.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P79071
#43: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL30C / 60S ribosomal protein L7-C


分子量: 28780.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O60143
#44: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL8 / L4 / L7A


分子量: 28659.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O13672
#45: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL6B / 60S ribosomal protein L9-B


分子量: 21413.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O74905
#46: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL16A / QM protein homolog / SpQM


分子量: 25421.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q09127
#47: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL5A


分子量: 19928.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P0CT77
#48: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL13


分子量: 23578.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O74175
#49: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL14


分子量: 15241.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O94238
#50: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL15B / 60S ribosomal protein L15-B / SP-L12


分子量: 23878.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q9US22
#51: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL13A / 60S ribosomal protein L16-A


分子量: 22050.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O42848
#52: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL22A


分子量: 20854.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O14339
#53: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL18B / 60S ribosomal protein L18-B


分子量: 21234.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q8TFH1
#54: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL19B / 60S ribosomal protein L19-B


分子量: 22813.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O42699
#55: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL20A / YL17


分子量: 20642.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P0CT68
#56: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL21B / 60S ribosomal protein L21-B


分子量: 18390.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O42706
#57: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL22


分子量: 13344.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q09668
#58: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL14B / 60S ribosomal protein L23-B


分子量: 14905.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P0CT61
#59: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL24B / 60S ribosomal protein L24-B


分子量: 16957.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O74884
#60: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL23A


分子量: 15870.718 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q10330
#61: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL24


分子量: 14375.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P78946
#62: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL27A


分子量: 15421.304 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O14388
#63: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL15B / 60S ribosomal protein L28-B


分子量: 16723.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P57728
#64: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL29 / L43


分子量: 7224.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q92366
#65: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL30A / 60S ribosomal protein L30-1 / L32


分子量: 11610.639 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P52808
#66: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL31


分子量: 13290.468 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q9URX6
#67: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL32A


分子量: 14491.099 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P79015
#68: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL33A / 60S ribosomal protein L33-A / L37A


分子量: 12212.304 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q9USX4
#69: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL34B / 60S ribosomal protein L34-2 / 60S ribosomal protein L34-B


分子量: 12828.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q9URT8
#70: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL29


分子量: 14333.901 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O74904
#71: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL36B


分子量: 11287.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O94658
#72: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL37B / L37-2 / YL27


分子量: 10112.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P05733
#73: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL38A


分子量: 8511.081 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: Q9USR7
#74: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL39 / YL36


分子量: 6326.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: P05767
#75: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL28 / Probable 60S ribosomal protein L28e


分子量: 14781.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: O14069

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非ポリマー , 1種, 6分子

#76: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Non-translating S. pombe ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#75 / 由来: NATURAL
分子量値: 3.5 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 0.25 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: EPU / カテゴリ: 画像取得
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 73376 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 46.32 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0034209364
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5209307858
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.030438589
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.003719838
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.18974055

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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