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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9awk | ||||||
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タイトル | Bovine fetal muscle nAChR resting state | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Bovine muscle / nicotinic acetylcholine receptor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Highly sodium permeable postsynaptic acetylcholine nicotinic receptors / Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors / Highly calcium permeable nicotinic acetylcholine receptors / postsynaptic membrane organization / skeletal muscle tissue growth / musculoskeletal movement / neuromuscular synaptic transmission / acetylcholine-gated channel complex / behavioral response to nicotine / muscle cell development ...Highly sodium permeable postsynaptic acetylcholine nicotinic receptors / Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors / Highly calcium permeable nicotinic acetylcholine receptors / postsynaptic membrane organization / skeletal muscle tissue growth / musculoskeletal movement / neuromuscular synaptic transmission / acetylcholine-gated channel complex / behavioral response to nicotine / muscle cell development / acetylcholine receptor activity / synaptic transmission, cholinergic / acetylcholine binding / postsynaptic specialization membrane / acetylcholine receptor signaling pathway / nervous system process / channel activity / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / neuromuscular junction development / muscle cell cellular homeostasis / monoatomic cation transport / membrane depolarization / skeletal muscle contraction / neuronal action potential / muscle contraction / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / response to nicotine / neuromuscular junction / neuron cellular homeostasis / postsynaptic membrane / neuron projection / synapse / cell surface / signal transduction / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.14 Å | ||||||
データ登録者 | Li, H. / Hibbs, R.E. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2024 タイトル: Structural switch in acetylcholine receptors in developing muscle 著者: Li, H. / Teng, J.F. / Hibbs, R.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9awk.cif.gz | 821 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9awk.ent.gz | 696.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 9awk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 9awk_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 9awk_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 9awk_validation.xml.gz | 79.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 9awk_validation.cif.gz | 118.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/9awk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/9awk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Acetylcholine receptor subunit ... , 4種, 5分子 ACEDB
#1: タンパク質 | 分子量: 49949.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P02709 #2: タンパク質 | | 分子量: 55111.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P04758 #3: タンパク質 | | 分子量: 56543.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P04759 #5: タンパク質 | | 分子量: 55994.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P13536 |
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-タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 9分子 FG
#11: 化合物 | ChemComp-POV / ( #4: タンパク質 | 分子量: 6993.089 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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-糖 , 6種, 7分子
#6: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1721.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 | ||||||||
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#7: 多糖 | #8: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #9: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #10: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #12: 糖 | ChemComp-NAG / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Bovine muscle nicotinic acetylcholine receptor / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1600 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 2.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 168720 / 対称性のタイプ: POINT |