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- PDB-9aw7: Yeast 20S proteasome soaked with isolated TMC-95B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9aw7
タイトルYeast 20S proteasome soaked with isolated TMC-95B
要素
  • (Proteasome subunit ...) x 4
  • (proteasome endopeptidase ...) x 2
  • PRE10 isoform 1
  • PRE5 isoform 1
  • PRE6 isoform 1
  • PRE7 isoform 1
  • PRE8 isoform 1
  • PRE9 isoform 1
  • PUP2 isoform 1
  • PUP3 isoform 1
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


proteasome core complex / Proteasome assembly / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / KEAP1-NFE2L2 pathway ...proteasome core complex / Proteasome assembly / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / KEAP1-NFE2L2 pathway / Neddylation / Orc1 removal from chromatin / MAPK6/MAPK4 signaling / proteasome storage granule / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Ub-specific processing proteases / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / proteasome core complex, alpha-subunit complex / proteasome complex / endopeptidase activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / mitochondrion / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site ...Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / : / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
: / ACETIC ACID / PRE5 isoform 1 / PRE9 isoform 1 / PUP2 isoform 1 / PRE7 isoform 1 / Proteasome subunit beta / PRE6 isoform 1 / proteasome endopeptidase complex / PRE10 isoform 1 ...: / ACETIC ACID / PRE5 isoform 1 / PRE9 isoform 1 / PUP2 isoform 1 / PRE7 isoform 1 / Proteasome subunit beta / PRE6 isoform 1 / proteasome endopeptidase complex / PRE10 isoform 1 / proteasome endopeptidase complex / PUP3 isoform 1 / PRE8 isoform 1 / Proteasome subunit beta / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit beta type-1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Meneghello, R. / Rustiguel, J.K. / Fernandes, A.Z.N. / Trivella, D.B.B.
資金援助 ブラジル, 3件
組織認可番号国
Other private1709-19681 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2014/10753-9 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2019/17721-9 ブラジル
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2025
タイトル: High-throughput protein crystallography to empower natural product-based drug discovery.
著者: Meneghello, R. / Rustiguel, J.K. / de Araujo, E.A. / de Felicio, R. / Fernandes, A.Z.N. / Ferreira, E.L.F. / Gubiani, J.R. / Takeda, A.A.S. / Araujo, A. / de Lima Silva, C.C. / Bertonha, A.F. ...著者: Meneghello, R. / Rustiguel, J.K. / de Araujo, E.A. / de Felicio, R. / Fernandes, A.Z.N. / Ferreira, E.L.F. / Gubiani, J.R. / Takeda, A.A.S. / Araujo, A. / de Lima Silva, C.C. / Bertonha, A.F. / Urano, R.P.M. / Trindade, D.M. / Cunha, T.M. / Cardoso, A.C. / Berlinck, R.G.S. / Nascimento, A.F.Z. / Trivella, D.B.B.
履歴
登録2024年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22025年5月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PRE8 isoform 1
B: PRE9 isoform 1
C: PRE6 isoform 1
D: PUP2 isoform 1
E: PRE5 isoform 1
F: PRE10 isoform 1
G: Proteasome subunit alpha type-1
O: PRE8 isoform 1
P: PRE9 isoform 1
Q: PRE6 isoform 1
R: PUP2 isoform 1
S: PRE5 isoform 1
T: PRE10 isoform 1
U: Proteasome subunit alpha type-1
H: proteasome endopeptidase complex
I: PUP3 isoform 1
J: Proteasome subunit beta
K: proteasome endopeptidase complex
L: PRE7 isoform 1
M: Proteasome subunit beta
N: Proteasome subunit beta type-1
V: proteasome endopeptidase complex
W: PUP3 isoform 1
X: Proteasome subunit beta
Y: proteasome endopeptidase complex
Z: PRE7 isoform 1
a: Proteasome subunit beta
b: Proteasome subunit beta type-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)741,029133
ポリマ－728,31028
非ポリマー12,719105
水4,540252
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)134.620, 299.912, 144.663
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.597, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

-
タンパク質 , 8種, 16分子 AOBPCQDRESFTIWLZ

#1: タンパク質 PRE8 isoform 1


分子量: 27191.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L1BIF8
#2: タンパク質 PRE9 isoform 1


分子量: 28748.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PXC6
#3: タンパク質 PRE6 isoform 1


分子量: 28478.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q273
#4: タンパク質 PUP2 isoform 1


分子量: 28649.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PXN2
#5: タンパク質 PRE5 isoform 1


分子量: 25634.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PTH4
#6: タンパク質 PRE10 isoform 1


分子量: 31443.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q4M4
#9: タンパク質 PUP3 isoform 1


分子量: 22627.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L0YA22
#12: タンパク質 PRE7 isoform 1


分子量: 24883.928 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q0P3

-
Proteasome subunit ... , 4種, 8分子 GUJXMaNb

#7: タンパク質 Proteasome subunit alpha type-1 / Macropain subunit C7-alpha / Multicatalytic endopeptidase complex C7 / Proteasome component C7- ...Macropain subunit C7-alpha / Multicatalytic endopeptidase complex C7 / Proteasome component C7-alpha / Proteasome component Y8 / Proteinase YSCE subunit 7 / SCL1 suppressor protein


分子量: 28049.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P21243
#10: タンパク質 Proteasome subunit beta


分子量: 22545.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q0W2
#13: タンパク質 Proteasome subunit beta


分子量: 25945.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A8H8ULD3
#14: タンパク質 Proteasome subunit beta type-1 / Macropain subunit PRE3 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE3 / Proteasome component ...Macropain subunit PRE3 / Multicatalytic endopeptidase complex subunit PRE3 / Proteasome component PRE3 / Proteinase YSCE subunit PRE3


分子量: 21517.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38624, proteasome endopeptidase complex

-
Proteasome endopeptidase ... , 2種, 4分子 HVKY

#8: タンパク質 proteasome endopeptidase complex


分子量: 25114.459 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: A0A6A5Q449, proteasome endopeptidase complex
#11: タンパク質 proteasome endopeptidase complex


分子量: 23325.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: A0A6A5Q5W3, proteasome endopeptidase complex

-
非ポリマー , 6種, 357分子

#15: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#16: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#17: 化合物
ChemComp-A1AHA / TMC-95B


分子量: 680.705 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H40N6O10 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#18: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#19: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#20: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

構成要素の詳細KNOWN AS PROTEASOME INHIBITOR, TMC-95A INHIBITED THE CHYMOTRYPSIN-LIKE (CHT-L), TRYPSIN-LIKE (T-L), ...KNOWN AS PROTEASOME INHIBITOR, TMC-95A INHIBITED THE CHYMOTRYPSIN-LIKE (CHT-L), TRYPSIN-LIKE (T-L), AND PEPTIDYLGLUTAMYL-PEPTIDE HYDROLYZING (PGPH) ACTIVITIES OF 20S PROTEASOME
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.78 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: MES 100 mM pH 5.5-6.9, MPD 8-18% and magnesium acetate 20 mM
PH範囲: 5.5-6.9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.458 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.458 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.91→30.04 Å / Num. obs: 228968 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 47.38 Å2 / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.267 / Rpim(I) all: 0.109 / Rrim(I) all: 0.289 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 7.4 / Num. measured all: 1591363
反射 シェル解像度: 2.91→2.96 Å / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 1.526 / Num. measured all: 79070 / Num. unique obs: 11282 / CC1/2: 0.689 / Rpim(I) all: 0.617 / Rrim(I) all: 1.647 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I) obs: 1.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.91→30.04 Å / SU ML: 0.3896 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.8474
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2319 11262 4.92 %
Rwork0.1944 217487 -
obs0.1962 228749 99.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 51.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.91→30.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数49219 0 743 252 50214
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002550971
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.549269090
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04447724
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00428848
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.79318725
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.91-2.940.39593920.32937162X-RAY DIFFRACTION98.36
2.94-2.980.36373860.31727174X-RAY DIFFRACTION98.48
2.98-3.010.35083950.30387141X-RAY DIFFRACTION98.54
3.01-3.050.34393770.29487195X-RAY DIFFRACTION98.58
3.05-3.090.34493670.28657151X-RAY DIFFRACTION98.64
3.09-3.130.3323930.28427244X-RAY DIFFRACTION98.75
3.13-3.180.31673960.28067118X-RAY DIFFRACTION98.66
3.18-3.230.31953830.27327258X-RAY DIFFRACTION98.76
3.23-3.280.29933440.2597258X-RAY DIFFRACTION98.98
3.28-3.330.29383830.24717138X-RAY DIFFRACTION98.84
3.33-3.390.30783830.24237259X-RAY DIFFRACTION99.11
3.39-3.450.26553600.22227260X-RAY DIFFRACTION99
3.45-3.520.25313760.21277190X-RAY DIFFRACTION99.14
3.52-3.590.2664050.21177190X-RAY DIFFRACTION99.15
3.59-3.670.26474040.20857233X-RAY DIFFRACTION99.23
3.67-3.750.2423470.19857259X-RAY DIFFRACTION99.3
3.75-3.840.22344020.19697249X-RAY DIFFRACTION99.34
3.84-3.950.21023640.18517288X-RAY DIFFRACTION99.42
3.95-4.060.20863750.18017264X-RAY DIFFRACTION99.58
4.06-4.190.21663860.17077255X-RAY DIFFRACTION99.57
4.19-4.340.19033510.16217314X-RAY DIFFRACTION99.53
4.34-4.520.18863500.15197332X-RAY DIFFRACTION99.68
4.52-4.720.17813730.14297242X-RAY DIFFRACTION99.66
4.72-4.970.17433790.14457358X-RAY DIFFRACTION99.77
4.97-5.280.1813980.15667240X-RAY DIFFRACTION99.82
5.28-5.680.20353680.17587311X-RAY DIFFRACTION99.92
5.69-6.250.22113600.18297351X-RAY DIFFRACTION99.92
6.25-7.150.21723810.17267344X-RAY DIFFRACTION99.94
7.15-8.960.15113380.13157393X-RAY DIFFRACTION99.86
8.96-30.040.13843460.13927316X-RAY DIFFRACTION98.52

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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