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- PDB-9au1: SARS-CoV-2 XBB.1.5 RBD bound to the VIR-7229 and the S309 Fab fra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9au1
タイトルSARS-CoV-2 XBB.1.5 RBD bound to the VIR-7229 and the S309 Fab fragments
要素
  • (VIR-7229 Fab ...) x 2
  • S309 Fab heavy chain
  • S309 Fab light chain
  • SARS-CoV-2 XBB.1.5 RBD
キーワードVIRAL PROTEIN / Sarbecoviruses / Spike glycoprotein / fusion protein / neutralizing antibodies / inhibitor / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性ACETIC ACID / :
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Rietz, T. / Park, Y.J. / Errico, J. / Czudnochowski, N. / Nix, J.C. / Corti, D. / Snell, G. / Marco, A.D. / Pinto, D. / Cameroni, E. ...Rietz, T. / Park, Y.J. / Errico, J. / Czudnochowski, N. / Nix, J.C. / Corti, D. / Snell, G. / Marco, A.D. / Pinto, D. / Cameroni, E. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Veesler, D. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93022C00036 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: A potent pan-sarbecovirus neutralizing antibody resilient to epitope diversification.
著者: Laura E Rosen / M Alejandra Tortorici / Anna De Marco / Dora Pinto / William B Foreman / Ashley L Taylor / Young-Jun Park / Dana Bohan / Tyson Rietz / John M Errico / Kevin Hauser / Ha V Dang ...著者: Laura E Rosen / M Alejandra Tortorici / Anna De Marco / Dora Pinto / William B Foreman / Ashley L Taylor / Young-Jun Park / Dana Bohan / Tyson Rietz / John M Errico / Kevin Hauser / Ha V Dang / Justin W Chartron / Martina Giurdanella / Giuseppe Cusumano / Christian Saliba / Fabrizia Zatta / Kaitlin R Sprouse / Amin Addetia / Samantha K Zepeda / Jack Brown / Jimin Lee / Exequiel Dellota / Anushka Rajesh / Julia Noack / Qiqing Tao / Yvonne DaCosta / Brian Tsu / Rima Acosta / Sambhavi Subramanian / Guilherme Dias de Melo / Lauriane Kergoat / Ivy Zhang / Zhuoming Liu / Barbara Guarino / Michael A Schmid / Gretja Schnell / Jessica L Miller / Florian A Lempp / Nadine Czudnochowski / Elisabetta Cameroni / Sean P J Whelan / Hervé Bourhy / Lisa A Purcell / Fabio Benigni / Julia di Iulio / Matteo Samuele Pizzuto / Antonio Lanzavecchia / Amalio Telenti / Gyorgy Snell / Davide Corti / David Veesler / Tyler N Starr /
要旨: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) evolution has resulted in viral escape from clinically authorized monoclonal antibodies (mAbs), creating a need for mAbs that are ...Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) evolution has resulted in viral escape from clinically authorized monoclonal antibodies (mAbs), creating a need for mAbs that are resilient to epitope diversification. Broadly neutralizing coronavirus mAbs that are sufficiently potent for clinical development and retain activity despite viral evolution remain elusive. We identified a human mAb, designated VIR-7229, which targets the viral receptor-binding motif (RBM) with unprecedented cross-reactivity to all sarbecovirus clades, including non-ACE2-utilizing bat sarbecoviruses, while potently neutralizing SARS-CoV-2 variants since 2019, including the recent EG.5, BA.2.86, and JN.1. VIR-7229 tolerates extraordinary epitope variability, partly attributed to its high binding affinity, receptor molecular mimicry, and interactions with RBM backbone atoms. Consequently, VIR-7229 features a high barrier for selection of escape mutants, which are rare and associated with reduced viral fitness, underscoring its potential to be resilient to future viral evolution. VIR-7229 is a strong candidate to become a next-generation medicine.
履歴
登録2024年2月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
M: S309 Fab heavy chain
N: S309 Fab light chain
H: VIR-7229 Fab heavy chain
L: VIR-7229 Fab light chain
R: SARS-CoV-2 XBB.1.5 RBD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,03811
ポリマ－123,3565
非ポリマー6836
水1,26170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12050 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area45750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.726, 112.525, 170.314
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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抗体 , 4種, 4分子 MNHL

#1: 抗体 S309 Fab heavy chain


分子量: 24573.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 S309 Fab light chain


分子量: 22971.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 VIR-7229 Fab heavy chain


分子量: 24368.400 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 VIR-7229 Fab light chain


分子量: 22993.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 R

#10: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: タンパク質 SARS-CoV-2 XBB.1.5 RBD


分子量: 28449.012 Da / 分子数: 1 / Fragment: RBD / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
株: XBB.1.5 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 5種, 75分子

#6: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: K
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#9: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1 M carboxylic acids (0.02 M sodium formate, 0.02 M ammonium acetate, 0.02 M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.02 M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.02 M sodium oxamate), 0.1 M ...詳細: 0.1 M carboxylic acids (0.02 M sodium formate, 0.02 M ammonium acetate, 0.02 M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.02 M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.02 M sodium oxamate), 0.1 M buffer system 2 pH 7.5 (sodium HEPES, MOPS) and 30% precipitant mix 2 (20% v/v ethylene glycol, 10% w/v PEG 8000)

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1.195 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.195 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.41→44.98 Å / Num. obs: 55433 / % possible obs: 99.88 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 60.65 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.164 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 2.41→2.45 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 2722 / CC1/2: 0.318

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PHASER2.8.3位相決定
XDSJune 30, 2023データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.41→44.98 Å / SU ML: 0.4952 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.1305
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2574 2757 4.97 %
Rwork0.2266 52676 -
obs0.2282 55433 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 76.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.41→44.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8075 0 42 70 8187
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00758321
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94111340
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05271265
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00571451
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.83252941
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.41-2.450.43691230.42552599X-RAY DIFFRACTION99.82
2.45-2.50.46161170.4112600X-RAY DIFFRACTION99.96
2.5-2.540.43261350.40632627X-RAY DIFFRACTION99.89
2.54-2.60.41181530.39832531X-RAY DIFFRACTION99.78
2.6-2.650.41321370.40012645X-RAY DIFFRACTION99.71
2.65-2.710.43651520.39482544X-RAY DIFFRACTION99.81
2.71-2.780.39131420.36932602X-RAY DIFFRACTION100
2.78-2.860.33751310.3492644X-RAY DIFFRACTION99.89
2.86-2.940.32591190.30662630X-RAY DIFFRACTION99.78
2.94-3.040.34841400.31332610X-RAY DIFFRACTION99.85
3.04-3.140.34491420.29632607X-RAY DIFFRACTION99.93
3.14-3.270.36491400.30362612X-RAY DIFFRACTION99.96
3.27-3.420.30341400.26992599X-RAY DIFFRACTION99.89
3.42-3.60.26391270.23112641X-RAY DIFFRACTION99.86
3.6-3.830.25861550.21312637X-RAY DIFFRACTION99.93
3.83-4.120.24441160.192673X-RAY DIFFRACTION99.93
4.12-4.530.18891390.15492665X-RAY DIFFRACTION100
4.53-5.190.1671260.14382693X-RAY DIFFRACTION99.96
5.19-6.530.20251470.17162707X-RAY DIFFRACTION100
6.54-44.980.19851760.18042810X-RAY DIFFRACTION99.8
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.931181001152-0.6046113430930.06630315279074.180562714320.3661823541421.400443167870.140069578281-0.0671456415691-0.2501003305050.1361163292740.02534879154170.4737511663110.108269177976-0.28386518348-0.1487775519650.460855458138-0.01621521915580.05357766457980.5965193574850.050561763020.97891742234-36.2923581747-6.5207749241915.4027620024
24.19779983856-1.37726617746-1.302687098963.41750090741-1.604559219836.98982410655-0.1154407943570.1224697269590.307336474618-0.117184975425-0.06320396654270.0626960809298-0.1273498555820.3316651088360.1426897456260.3764836372720.0107314542686-0.02135643180450.49805741972-0.004778230369160.785020172054-28.367941990325.0080189961-3.11054832199
31.162559076852.07246747778-0.9393610398334.59988384234-2.648982681412.93948794384-0.0336152837787-0.0437582666346-0.26002428501-0.350505710172-0.20607175302-0.910040222920.3478593177650.3531915674580.2740360839010.5754819871910.1124653167710.05905949358370.5722683299970.1041711463130.982678427407-14.5698027959-7.377726262699.59275938357
43.446345176111.33069676353-0.7487119939494.91557863571.349316833943.07989882906-0.0051126304141-0.2843529777780.2726123322440.2528491796-0.1696408784440.0220683236689-0.05908736356740.07968654850680.1564361140930.4281974093350.0274142967089-0.01110127553640.5722385459670.01965708024320.860586793791-16.114179131628.19245334526.39882262431
54.42765426422-3.620648827930.2605504489044.50604499607-0.09047230410450.629295850733-0.266485200508-0.429680048667-0.2981165883270.2807950363330.3369755213010.0894945722037-0.0623994104377-0.0835276117082-0.08072543163220.6498939702450.0129697194548-0.04789387996820.5333217769390.0195577319430.81503612451-4.10404021508-63.70354111843.353734628
63.077019637150.899779970769-0.3102980225715.78778306381-0.3318621113196.20829733162-0.09099166105040.1247223220670.313823427683-0.0716731801426-0.096961224038-0.826475481097-0.03648872559380.7954174428120.1894165211560.487142414670.0206053431382-0.04154860923190.520041695730.03169528205840.81013177303831.01356887-79.117198924143.1950925577
74.66019511383-3.49710926578-0.06819181551432.540082871660.1880980270511.00692613219-0.006839083724370.09812873079770.376689575736-0.201201131275-0.076067905222-0.692919229442-0.1521917238460.1328990389060.06975142770320.678242703576-0.05441481324130.0194567393370.4583645347150.09769372170360.9449760829058.43396887937-51.647514082729.4780318124
83.5695264769-2.48448571946-0.9276457120176.168237412683.45164608345.082313043470.05243859563580.3251111961380.325598459734-0.219252826497-0.159847872181-0.543618777839-0.08380641735260.1125850479710.09976544522990.502849895277-0.0304948608615-0.003920685084840.5436166016730.1330055452580.84215176330526.636944166-75.319025414427.5267298102
95.4881805195-2.134619980232.237302672291.19680010181-1.718821333624.19565323880.2021032504830.5752734745770.0331839779341-0.350449574199-0.1291500736780.3306872590760.059190753086-0.112787776222-0.05549432591620.712114356404-0.0543605083066-0.1446342901670.5040839672450.00854318143520.837192049322-31.7252029025-35.863290733314.36918566
101.96459259842-0.8922461949540.8402149686722.10254708116-0.7184785127353.01491731986-0.0122268263678-0.02174295537640.0344260855782-0.0554152089580.06371655059040.1316720794690.19210282034-0.0645456265634-0.05616545118980.672812798391-0.0483921782752-0.06380924885360.4546389406560.00841204747360.879639163104-19.9847540985-39.367045938227.2695124715
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'M' and (resid 1 through 128 )MA1 - 1281 - 128
22chain 'M' and (resid 129 through 230 )MA129 - 230129 - 230
33chain 'N' and (resid 1 through 108 )NB1 - 1081 - 108
44chain 'N' and (resid 109 through 212 )NB109 - 212109 - 212
55chain 'H' and (resid 1 through 128 )HC1 - 1281 - 128
66chain 'H' and (resid 129 through 223 )HC129 - 223129 - 219
77chain 'L' and (resid 2 through 122 )LF2 - 1222 - 122
88chain 'L' and (resid 123 through 212 )LF123 - 212123 - 212
99chain 'R' and (resid 333 through 393 )RH333 - 3931 - 58
1010chain 'R' and (resid 394 through 528 )RH394 - 52859 - 195

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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