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タイトルA potent pan-sarbecovirus neutralizing antibody resilient to epitope diversification.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 187, Issue 25, Page 7196-7213.e26, Year 2024
掲載日2024年12月12日
著者Laura E Rosen / M Alejandra Tortorici / Anna De Marco / Dora Pinto / William B Foreman / Ashley L Taylor / Young-Jun Park / Dana Bohan / Tyson Rietz / John M Errico / Kevin Hauser / Ha V Dang / Justin W Chartron / Martina Giurdanella / Giuseppe Cusumano / Christian Saliba / Fabrizia Zatta / Kaitlin R Sprouse / Amin Addetia / Samantha K Zepeda / Jack Brown / Jimin Lee / Exequiel Dellota / Anushka Rajesh / Julia Noack / Qiqing Tao / Yvonne DaCosta / Brian Tsu / Rima Acosta / Sambhavi Subramanian / Guilherme Dias de Melo / Lauriane Kergoat / Ivy Zhang / Zhuoming Liu / Barbara Guarino / Michael A Schmid / Gretja Schnell / Jessica L Miller / Florian A Lempp / Nadine Czudnochowski / Elisabetta Cameroni / Sean P J Whelan / Hervé Bourhy / Lisa A Purcell / Fabio Benigni / Julia di Iulio / Matteo Samuele Pizzuto / Antonio Lanzavecchia / Amalio Telenti / Gyorgy Snell / Davide Corti / David Veesler / Tyler N Starr /
PubMed 要旨Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) evolution has resulted in viral escape from clinically authorized monoclonal antibodies (mAbs), creating a need for mAbs that are ...Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) evolution has resulted in viral escape from clinically authorized monoclonal antibodies (mAbs), creating a need for mAbs that are resilient to epitope diversification. Broadly neutralizing coronavirus mAbs that are sufficiently potent for clinical development and retain activity despite viral evolution remain elusive. We identified a human mAb, designated VIR-7229, which targets the viral receptor-binding motif (RBM) with unprecedented cross-reactivity to all sarbecovirus clades, including non-ACE2-utilizing bat sarbecoviruses, while potently neutralizing SARS-CoV-2 variants since 2019, including the recent EG.5, BA.2.86, and JN.1. VIR-7229 tolerates extraordinary epitope variability, partly attributed to its high binding affinity, receptor molecular mimicry, and interactions with RBM backbone atoms. Consequently, VIR-7229 features a high barrier for selection of escape mutants, which are rare and associated with reduced viral fitness, underscoring its potential to be resilient to future viral evolution. VIR-7229 is a strong candidate to become a next-generation medicine.
リンクCell / PubMed:39383863 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.67 - 3.3 Å
構造データ

43813

9asd

EMDB-43813, PDB-9asd:
VIR-7229 Fab fragment bound the SARS-CoV-2 BA.2.86 spike trimer (local refinement of the BA 2.86 RBD/VIR-7229 VHVL)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

43842

9au2

EMDB-43842, PDB-9au2:
VIR-7229 Fab fragment bound the BA.2.86 spike trimer (global refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

PDB-8s6m:
SARS-CoV-2 BQ.1.1 RBD bound to the S2V29 and the S2H97 Fab fragments
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.67 Å

PDB-9atm:
SARS-CoV-2 EG.5 RBD bound to the VIR-7229 and the S2H97 Fab fragments
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-9au1:
SARS-CoV-2 XBB.1.5 RBD bound to the VIR-7229 and the S309 Fab fragments
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.41 Å

化合物

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

ChemComp-NI:
NICKEL (II) ION

ChemComp-TRS:
2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / pH緩衝剤*YM

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-CL:
Unknown entry

ChemComp-K:
Unknown entry

ChemComp-ACY:
ACETIC ACID

ChemComp-EPE:
4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / pH緩衝剤*YM

由来
  • Sarbecovirus (ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN / Sarbecoviruses / Spike glycoprotein / fusion protein / neutralizing antibodies / inhibitor / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / Structural Genomics Consortium / SGC

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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