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- PDB-8s6m: SARS-CoV-2 BQ.1.1 RBD bound to the S2V29 and the S2H97 Fab fragments -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8s6m
タイトルSARS-CoV-2 BQ.1.1 RBD bound to the S2V29 and the S2H97 Fab fragments
要素
  • S2H97 Fab heavy chain
  • S2H97 Fab light chain
  • S2V29 Fab heavy chain
  • S2V29 Fab light chain
  • Spike protein S1
キーワードVIRAL PROTEIN / Sarbecoviruses / Spike glycoprotein / fusion protein / neutralizing antibodies / inhibitor / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / receptor ligand activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Errico, J.M. / Park, Y.J. / Rietz, T. / Czudnochowski, N. / Nix, J.C. / Cameroni, E. / Corti, D. / Snell, G. / Marco, A.D. / Pinto, D. ...Errico, J.M. / Park, Y.J. / Rietz, T. / Czudnochowski, N. / Nix, J.C. / Cameroni, E. / Corti, D. / Snell, G. / Marco, A.D. / Pinto, D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Veesler, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93022C00036 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: A potent pan-sarbecovirus neutralizing antibody resilient to epitope diversification.
著者: Laura E Rosen / M Alejandra Tortorici / Anna De Marco / Dora Pinto / William B Foreman / Ashley L Taylor / Young-Jun Park / Dana Bohan / Tyson Rietz / John M Errico / Kevin Hauser / Ha V Dang ...著者: Laura E Rosen / M Alejandra Tortorici / Anna De Marco / Dora Pinto / William B Foreman / Ashley L Taylor / Young-Jun Park / Dana Bohan / Tyson Rietz / John M Errico / Kevin Hauser / Ha V Dang / Justin W Chartron / Martina Giurdanella / Giuseppe Cusumano / Christian Saliba / Fabrizia Zatta / Kaitlin R Sprouse / Amin Addetia / Samantha K Zepeda / Jack Brown / Jimin Lee / Exequiel Dellota / Anushka Rajesh / Julia Noack / Qiqing Tao / Yvonne DaCosta / Brian Tsu / Rima Acosta / Sambhavi Subramanian / Guilherme Dias de Melo / Lauriane Kergoat / Ivy Zhang / Zhuoming Liu / Barbara Guarino / Michael A Schmid / Gretja Schnell / Jessica L Miller / Florian A Lempp / Nadine Czudnochowski / Elisabetta Cameroni / Sean P J Whelan / Hervé Bourhy / Lisa A Purcell / Fabio Benigni / Julia di Iulio / Matteo Samuele Pizzuto / Antonio Lanzavecchia / Amalio Telenti / Gyorgy Snell / Davide Corti / David Veesler / Tyler N Starr /
要旨: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) evolution has resulted in viral escape from clinically authorized monoclonal antibodies (mAbs), creating a need for mAbs that are ...Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) evolution has resulted in viral escape from clinically authorized monoclonal antibodies (mAbs), creating a need for mAbs that are resilient to epitope diversification. Broadly neutralizing coronavirus mAbs that are sufficiently potent for clinical development and retain activity despite viral evolution remain elusive. We identified a human mAb, designated VIR-7229, which targets the viral receptor-binding motif (RBM) with unprecedented cross-reactivity to all sarbecovirus clades, including non-ACE2-utilizing bat sarbecoviruses, while potently neutralizing SARS-CoV-2 variants since 2019, including the recent EG.5, BA.2.86, and JN.1. VIR-7229 tolerates extraordinary epitope variability, partly attributed to its high binding affinity, receptor molecular mimicry, and interactions with RBM backbone atoms. Consequently, VIR-7229 features a high barrier for selection of escape mutants, which are rare and associated with reduced viral fitness, underscoring its potential to be resilient to future viral evolution. VIR-7229 is a strong candidate to become a next-generation medicine.
履歴
登録2024年2月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: S2V29 Fab heavy chain
R: Spike protein S1
I: S2H97 Fab heavy chain
L: S2V29 Fab light chain
M: S2H97 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,41817
ポリマ－124,4585
非ポリマー96112
水13,872770
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13100 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area44780 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)148.175, 48.099, 166.526
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "L" and (resid 2 through 7 or resid 9...
d_2ens_1(chain "M" and (resid 2 through 7 or resid 9...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11SERSERPROPROLD2 - 72 - 7
d_12SERSERSERSERLD9 - 179 - 17
d_13THRTHRGLYGLYLD19 - 2419 - 24
d_14SERSERGLYGLYLD26 - 3026 - 30
d_15TYRTYRASNASNLD32 - 3332 - 33
d_16VALVALLYSLYSLD35 - 4735 - 47
d_17METMETVALVALLD49 - 5349 - 53
d_18ARGARGVALVALLD56 - 6056 - 60
d_19ARGARGLEULEULD63 - 7563 - 75
d_110ILEILEALAALALD77 - 8277 - 82
d_111ASPASPTYRTYRLD84 - 9384 - 93
d_112SERSERSERSERLD9696
d_113VALVALGLYGLYLD100 - 102100 - 102
d_114GLYGLYTHRTHRLD104 - 105104 - 105
d_115VALVALTHRTHRLD109 - 213109 - 213
d_116EDOEDOEDOEDOHF301
d_21SERSERPROPROME2 - 72 - 7
d_22SERSERSERSERME9 - 179 - 17
d_23THRTHRGLYGLYME19 - 2419 - 24
d_24SERSERGLYGLYME26 - 3026 - 30
d_25TYRTYRASNASNME32 - 3332 - 33
d_26VALVALLYSLYSME35 - 4735 - 47
d_27METMETVALVALME49 - 5349 - 53
d_28ARGARGVALVALME56 - 6056 - 60
d_29ARGARGLEULEUME63 - 7563 - 75
d_210ILEILEALAALAME77 - 8277 - 82
d_211ASPASPTYRTYRME84 - 9384 - 93
d_212SERSERSERSERME9696
d_213VALVALGLYGLYME102 - 104102 - 104
d_214GLYGLYTHRTHRME106 - 107106 - 107
d_215VALVALTHRTHRME111 - 215111 - 215
d_216EDOEDOEDOEDOMP301

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.329829549524, 0.910417942003, -0.249703101982), (0.891325049581, 0.38747178562, 0.235383243537), (0.311050034963, -0.144930280573, -0.9392779618)ベクター: 38. ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.329829549524, 0.910417942003, -0.249703101982), (0.891325049581, 0.38747178562, 0.235383243537), (0.311050034963, -0.144930280573, -0.9392779618)
ベクター: 38.7500527685, -15.1524835379, 42.9681752603)

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要素

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抗体 , 4種, 4分子 HILM

#1: 抗体 S2V29 Fab heavy chain


分子量: 24194.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 S2H97 Fab heavy chain


分子量: 24174.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 S2V29 Fab light chain


分子量: 22993.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 抗体 S2H97 Fab light chain


分子量: 22935.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 R

#2: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 30160.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 781分子

#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#9: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 770 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 20% PEG-MME 2000, and 10 mM NiCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→47.35 Å / Num. obs: 138934 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 29.32 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 1.67→1.73 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 13733 / CC1/2: 0.36

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PHASER2.8.3位相決定
XDSJan 10, 2022データ削減
Aimless0.7.9データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.67→47.35 Å / SU ML: 0.2338 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.5435
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2027 6987 5.03 %
Rwork0.1839 131943 -
obs0.1849 138930 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.67→47.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7807 0 59 770 8636
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00578114
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.857511099
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05881242
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00591423
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.76612785
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 4.32039878647 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.67-1.690.35622330.35974349X-RAY DIFFRACTION100
1.69-1.710.35712250.34494380X-RAY DIFFRACTION100
1.71-1.730.35262260.33614320X-RAY DIFFRACTION100
1.73-1.750.34382220.31794349X-RAY DIFFRACTION99.98
1.75-1.770.30632310.31064346X-RAY DIFFRACTION100
1.77-1.80.33072110.30144378X-RAY DIFFRACTION99.98
1.8-1.820.31512460.28334309X-RAY DIFFRACTION99.98
1.82-1.850.30592440.264411X-RAY DIFFRACTION100
1.85-1.880.31262230.24834310X-RAY DIFFRACTION100
1.88-1.910.2432010.23354396X-RAY DIFFRACTION100
1.91-1.940.24152330.2254350X-RAY DIFFRACTION100
1.94-1.980.25322340.21334336X-RAY DIFFRACTION99.98
1.98-2.020.23122560.20264380X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.060.2212360.19334345X-RAY DIFFRACTION99.98
2.06-2.10.21942200.1994411X-RAY DIFFRACTION99.98
2.1-2.150.23222360.19394331X-RAY DIFFRACTION99.98
2.15-2.210.21422440.1854397X-RAY DIFFRACTION99.98
2.21-2.270.21832310.18594360X-RAY DIFFRACTION99.93
2.27-2.330.21292310.17884369X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.410.20492160.17734454X-RAY DIFFRACTION100
2.41-2.490.20742480.1754349X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.590.1942390.17844389X-RAY DIFFRACTION99.98
2.59-2.710.22272130.17824432X-RAY DIFFRACTION100
2.71-2.860.2122310.17934450X-RAY DIFFRACTION99.98
2.86-3.030.16922110.1834446X-RAY DIFFRACTION99.98
3.03-3.270.20352720.1774396X-RAY DIFFRACTION99.94
3.27-3.60.18982360.17084433X-RAY DIFFRACTION99.76
3.6-4.120.1732330.15734498X-RAY DIFFRACTION99.66
4.12-5.190.15862410.14194533X-RAY DIFFRACTION99.79
5.19-47.350.18282640.18434736X-RAY DIFFRACTION99.86
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.05373075473-0.0396113791114-0.7482163275650.593087855360.2239425793445.80761552377-0.0990130179440.190494421390.0290121533125-0.1542295976930.08279978399480.0670723947623-0.202281482018-0.03178883376470.0198719488490.351178558139-0.09615415099050.06163536283340.266737597844-0.0139758781770.28653139744832.28925.671-6.487
20.418243848394-0.5124066181590.7616806694731.62409189574-1.144502284071.504941974220.3393081847930.301666598042-0.4928567650810.273159717411-0.5656617871971.653452985060.198839084547-1.160344041620.0009365438907260.504861023024-0.2751380251540.2081878102411.056241244-0.3586723385711.2509843037712.39215.458-25.37
31.111617096810.539191932253-0.5669800295622.25427091697-1.564116608232.750096170950.008246091100690.00839070924768-0.116736736867-0.06098718996250.02462758864220.06896315084020.141834392348-0.0242712493806-0.03489575993920.167662363298-0.001630922748880.006805059645740.178142411913-0.006010387145080.21452487668113.5365.49141.605
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN M AND RESID 2:119 )M2 - 119
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN M AND RESID 120:215 )M120 - 215
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN H AND RESID 1:123 )H1 - 123
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN H AND RESID 124:225 )H124 - 225
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN R AND RESID 333:364 )R333 - 364
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN R AND RESID 365:375 )R365 - 375
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN R AND RESID 376:393 )R376 - 393
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN R AND RESID 394:494 )R394 - 494
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN R AND RESID 495:528 )R495 - 528
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN I AND RESID 1:118 )I1 - 118
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN I AND RESID 119:220 )I119 - 220
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN L AND RESID 2:111 )L2 - 111
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN L AND RESID 112:214 )L112 - 214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る