PDB-9at2: Crystal Structure of human Tryptophan 2,3-dioxygenase in complex ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9at2

タイトル

Crystal Structure of human Tryptophan 2,3-dioxygenase in complex with PAN3 inhibitor

要素

Tryptophan 2,3-dioxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / Inhibitor / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

response to nitroglycerin / tryptophan catabolic process to acetyl-CoA / tryptophan 2,3-dioxygenase / tryptophan 2,3-dioxygenase activity / tryptophan catabolic process to kynurenine / Tryptophan catabolism / amino acid binding / oxygen binding / protein homotetramerization / heme binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Geeraerts, Z. / Yeh, S.-R.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM115773	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM151419	米国

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structural Insights into Protein-Inhibitor Interactions in Human Tryptophan Dioxygenase.
著者: Geeraerts, Z. / Ishigami, I. / Lewis-Ballester, A. / Pham, K.N. / Kozlova, A. / Mathieu, C. / Frederick, R. / Yeh, S.R.

履歴

登録	2024年2月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年8月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年9月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb9at2.ent.gz		表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9at2_validation.pdf.gz	3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9at2_full_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示
XML形式データ	9at2_validation.xml.gz	50.4 KB	表示
CIF形式データ	9at2_validation.cif.gz	66.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/9at2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/9at2	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7lu7C 8vtqC 8vugC 8vzvC 8w1hC 8w2kC 9b17C 9b1qC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tryptophan 2,3-dioxygenase

B: Tryptophan 2,3-dioxygenase

C: Tryptophan 2,3-dioxygenase

D: Tryptophan 2,3-dioxygenase

ヘテロ分子

185 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	144.042, 155.112, 88.515
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A
7	4	A
8	4	A
9	5	A
10	5	A
11	6	A
12	6	A

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	HIS	HIS	40 - 391	24 - 375
2	1	1	HIS	HIS	40 - 391	24 - 375
3	2	2	LEU	LEU	40 - 389	24 - 373
4	2	2	LEU	LEU	40 - 389	24 - 373
5	3	3	PHE	PHE	40 - 388	24 - 372
6	3	3	PHE	PHE	40 - 388	24 - 372
7	4	4	LEU	LEU	40 - 389	24 - 373
8	4	4	LEU	LEU	40 - 389	24 - 373
9	5	5	LEU	LEU	40 - 389	24 - 373
10	5	5	LEU	LEU	40 - 389	24 - 373
11	6	6	LEU	LEU	40 - 389	24 - 373
12	6	6	LEU	LEU	40 - 389	24 - 373

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質	Tryptophan 2,3-dioxygenase / TDO / Tryptamin 2 / 3-dioxygenase / Tryptophan oxygenase / TRPO / Tryptophan pyrrolase / Tryptophanase 分子量: 45182.535 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 18-389 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TDO2, TDO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P48775, tryptophan 2,3-dioxygenase
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-ZIQ / alpha-methyl-L-tryptophan / α-メチル-L-トリプトファンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 218.252 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₄N₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-A1AF5 / (6M)-6-(1H-indol-3-yl)-1-[2-(piperazin-1-yl)ethyl]-1H-1,2,3-benzotriazole 分子量: 346.429 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₂N₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.74 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.04 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法詳細: 50 mM Sodium Citrate pH 5.6, 2.0% Tacsimate pH 5.0, 5.0% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.25→155.11 Å / Num. obs: 94512 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.058 / R_pim(I) all: 0.037 / R_rim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 12.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
12.32-155.11	5.7	0.038	664	0.997	0.023	0.045
2.25-2.29	6.2	1.451	4618	0.47	0.946	1.741

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
autoPROC		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.25→88.672 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / WR_factor R_free: 0.231 / WR_factor R_work: 0.208 / SU B: 17.848 / SU ML: 0.186 / Average fsc free: 0.9553 / Average fsc work: 0.9634 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.248 / ESU R Free: 0.187 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2233	4874	5.16 %
R_work	0.2015	89576	-
all	0.203	-	-
obs	-	94450	99.781 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 88.555 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.138 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.045 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.093 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→88.672 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11644	0	340	23	12007

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	12309
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	11634
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.529	1.889	16633
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.537	1.791	26671
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.636	5	1361
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	15.353	6.111	108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.941	10	2265
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.932	10	649
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	1705
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	14451
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	3129
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.234	0.2	2537
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	10115
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	5999
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.07	0.2	6282
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	220
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.07	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.263	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.254	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.276	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.997	5.16	5479
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.992	5.16	5477
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.217	9.276	6827
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.216	9.277	6827
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.051	5.774	6830
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.051	5.774	6831
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.937	10.367	9806
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.937	10.367	9807
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	13.025	63.385	50756
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	13.025	63.383	50748
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.112	0.05	11562
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.12	0.05	11187
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.11	0.05	11320
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.116	0.05	11216
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.116	0.05	11421
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.126	0.05	11118

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11151	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11151	0.05008
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12028	0.05008
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12028	0.05008
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11022	0.05008
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11022	0.05008
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11583	0.05008
4	8	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11583	0.05008
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11624	0.05008
5	10	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11624	0.05008
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12555	0.05008
6	12	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12555	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.25-2.308	0.338	348	0.335	6519	0.335	6884	0.912	0.911	99.7531	0.33
2.308-2.372	0.311	386	0.302	6356	0.302	6747	0.93	0.934	99.9259	0.296
2.372-2.44	0.306	335	0.292	6233	0.293	6574	0.936	0.944	99.9087	0.281
2.44-2.515	0.288	374	0.274	6016	0.275	6396	0.951	0.954	99.9062	0.26
2.515-2.598	0.271	319	0.257	5843	0.258	6167	0.953	0.96	99.9189	0.238
2.598-2.689	0.296	286	0.246	5701	0.248	6005	0.954	0.967	99.7002	0.224
2.689-2.79	0.289	235	0.236	5539	0.239	5782	0.957	0.97	99.8616	0.212
2.79-2.904	0.264	300	0.222	5277	0.224	5580	0.96	0.973	99.9462	0.198
2.904-3.033	0.255	263	0.218	5078	0.22	5345	0.958	0.971	99.9252	0.195
3.033-3.181	0.241	263	0.198	4865	0.2	5135	0.963	0.976	99.8637	0.182
3.181-3.353	0.249	240	0.209	4628	0.211	4871	0.961	0.974	99.9384	0.198
3.353-3.556	0.247	238	0.202	4378	0.204	4635	0.965	0.978	99.5901	0.197
3.556-3.801	0.228	226	0.203	4132	0.205	4373	0.973	0.981	99.657	0.204
3.801-4.105	0.196	252	0.186	3798	0.187	4053	0.978	0.983	99.926	0.192
4.105-4.496	0.174	194	0.161	3578	0.162	3780	0.982	0.985	99.7884	0.176
4.496-5.025	0.172	192	0.146	3210	0.148	3417	0.981	0.987	99.561	0.164
5.025-5.799	0.221	137	0.192	2882	0.193	3041	0.968	0.978	99.2766	0.215
5.799-7.095	0.244	124	0.216	2471	0.217	2599	0.967	0.973	99.8461	0.241
7.095-10.001	0.189	99	0.172	1949	0.173	2057	0.979	0.982	99.5625	0.209
10.001-88.672	0.218	63	0.236	1123	0.235	1215	0.967	0.962	97.6132	0.315

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3891	1.1914	-0.5	3.4871	-0.5047	0.7384	0.0033	-0.0497	-0.0902	0.3227	-0.0038	-0.3258	-0.1225	0.2597	0.0005	0.0641	-0.0401	-0.0306	0.1564	-0.0173	0.2192	39.6046	-40.2346	-43.2689
2	3.2644	0.3806	-1.8711	0.861	-0.3524	1.8087	-0.1921	0.271	-0.4259	-0.0128	0.0841	0.1888	0.0506	-0.4473	0.108	0.0439	0.0129	-0.0204	0.1394	0.0024	0.3949	5.5075	-60.7062	-33.4187
3	1.4566	-0.1279	0.2507	2.8278	-1.7836	2.4975	-0.0131	-0.5119	-0.0438	0.5455	-0.3091	-0.8891	-0.0998	0.6434	0.3221	0.2384	-0.0341	-0.1371	0.5086	0.0421	0.446	28.4191	-44.407	-15.2489
4	1.8553	0.2366	-0.3716	1.3392	-0.518	3.115	-0.0762	0.4376	0.1117	-0.153	0.0562	0.2394	0.1806	-0.4193	0.02	0.0256	-0.019	-0.033	0.2213	0.0201	0.2564	7.2298	-34.724	-48.6561

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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