PDB-8zxt: sweet protein MNEI-Mut 6-3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8zxt

タイトル

sweet protein MNEI-Mut 6-3

要素

Monellin chain B,Monellin chain A

キーワード

PLANT PROTEIN / a kind of food protein

機能・相同性

Monellin, A chain / Monellin, A chain superfamily / Monellin, B chain / : / Monellin / Monellin / Cystatin superfamily / Monellin chain A / Monellin chain B

機能・相同性情報

生物種

Dioscoreophyllum cumminsii (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

You, T.J. / Liu, S.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2025
タイトル: Structural Basis for the Exceptional Thermal Stability of the Boiling-Resistant Sweet Protein MNEI.
著者: You, T. / Shi, S. / Chen, C. / Li, J. / Xu, J. / Ma, M. / Zhu, P. / Qi, T. / Dong, T. / Wang, Y. / Ye, S. / Liu, S.

履歴

登録	2024年6月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.0	2025年6月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年6月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2025年7月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8zxt.cif.gz	117.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8zxt.ent.gz	76.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8zxt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8zxt_validation.pdf.gz	433.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8zxt_full_validation.pdf.gz	436.9 KB	表示
XML形式データ	8zxt_validation.xml.gz	14.7 KB	表示
CIF形式データ	8zxt_validation.cif.gz	19.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/8zxt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/8zxt	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8zxjC 8zxvC 8zxyC 1iv7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Monellin chain B,Monellin chain A

B: Monellin chain B,Monellin chain A

22.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Monellin chain B,Monellin chain A

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
11.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Monellin chain B,Monellin chain A

登録者が定義した集合体
11.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	49.627, 60.993, 65.326
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Monellin chain B,Monellin chain A / Monellin chain II / Monellin chain I 分子量: 11312.838 Da / 分子数: 2 / 変異: I5E,E23A,I26R,Y65I,G83E,N90D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Dioscoreophyllum cumminsii (植物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P02882, UniProt: P02881
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.06 %
結晶化	温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 6000 30% BIS-TRIS Propone

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.94138 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年1月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.94138 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.43→27.28 Å / Num. obs: 16096 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9 % / B_iso Wilson estimate: 12.56 Å² / CC_1/2: 0.98 / Net I/σ(I): 51.9
反射シェル	解像度: 1.43→1.45 Å / Num. unique obs: 37657 / CC_1/2: 0.98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19_4092	モデル構築
PHENIX	1.19_4092	精密化
HKL-3000		データ削減
PHENIX	1.19_4092	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1IV7

1iv7

解像度: 1.9→27.28 Å / SU ML: 0.2261 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 25.9964
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2682	831	5.16 %
R_work	0.2229	15265	-
obs	0.2253	16096	99.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→27.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1596	0	0	257	1853

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0034	1634
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6149	2196
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0451	218
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0063	290
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.6876	218

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-2.02	0.2872	128	0.2272	2488	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.02-2.18	0.2921	131	0.2237	2531	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.18-2.4	0.3047	135	0.2271	2499	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.74	0.2556	129	0.2418	2547	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.74-3.45	0.2607	151	0.2189	2557	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-27.28	0.2524	157	0.2128	2643	X-RAY DIFFRACTION	99.04

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.59507975952	1.70827914209	2.00332084798	2.63791002627	-0.129794784647	3.19026754245	-0.0676860156651	-0.278357433641	0.323365258715	-0.144438193288	-0.0874439281213	0.479192833939	-0.0997974431642	-0.715303595371	0.133871461248	0.151904553189	0.00168344971912	-0.0145812311575	0.226058258327	-0.100705420243	0.302026722345	18.7686490195	61.4756037398	51.1759353888
2	2.02661894666	-1.05292165725	-2.17484773454	3.36842121177	1.76773622962	4.67427532146	-0.207017935278	-0.255576935027	-0.132343891417	0.208627738992	-0.101070272113	0.123843025285	0.331439681379	0.102782037397	0.193506174358	0.105315133376	0.00508566978374	0.0162682696432	0.118303471647	-0.024351345081	0.088653853335	32.8215194383	49.2462651557	52.9601656389
3	0.195800378296	-0.0847289631354	-0.0921712461274	0.418642799247	0.0329686721621	0.355321725527	-0.103540554048	0.0518248559588	-0.045869916549	0.0921908974186	-0.109014231526	0.14421574748	0.0777713010352	-0.1559975617	-0.549993743941	0.139032565566	-0.00752851219989	-0.00852849512406	0.132208089771	-0.21881118398	0.209749116453	23.419722995	58.2386576493	50.9609276647
4	3.13921960946	-1.04121697665	-2.22116057186	1.2049046102	1.22178668855	2.70067686216	-0.0771345521509	0.339204613312	-0.302666420029	-0.0207052438634	-0.148694323835	0.225565682872	0.173292863965	-0.278726670283	0.197950719094	0.311033717368	-0.0719679246828	0.164583902585	0.500414340979	-0.304522322084	0.530359141803	1.965237935	49.6748899499	56.5922746549
5	2.5718224829	-0.0184040402823	-1.24278043587	0.705508826619	-0.012390791407	1.39020562988	-0.0857639831244	-0.0725124589738	0.12462621022	0.095870749653	-0.102178147024	0.275250968214	0.10527473165	-0.186922976363	0.0954317197135	0.0987787252328	-0.0137874055659	-0.000353107396534	0.176848639025	-0.0948061021055	0.170642700596	25.365789366	53.2997710522	49.8560477013
6	2.55179951462	-0.055247712286	-1.37780209167	1.35542380184	-0.160121988363	2.41040573368	-0.0497268387662	-0.125846404376	-0.115470133775	0.152218025658	-0.207806120863	0.288248445043	-0.0342433916542	-0.177688700563	0.102223661992	0.119455313324	-0.0187935398062	0.0243265769448	0.223791616389	-0.0648751924218	0.153641347234	24.0714377503	50.2829668937	51.1053221625
7	2.20592609921	-2.42230964838	1.99016136285	6.9314542535	-2.86978192389	7.71129371433	-0.0796069170041	0.309460904601	0.392413392039	0.0638450938158	-0.0822244772127	-0.469263709656	-0.00453618240282	0.759549154023	0.200043665094	0.139628627046	-0.0725895450033	0.0189016346681	0.153630469039	0.0347826694943	0.183214680291	30.5494945198	62.8291868134	29.7394375297
8	4.15875643808	2.43190897484	-0.713195194362	8.2774790004	-0.320623823288	1.92705712274	-0.111959881335	0.276423065995	0.0548146769168	-0.341533890469	-0.197368201066	-0.196961333144	-0.078642307115	0.122836461127	0.269669521965	0.0838931833794	-0.0159835439636	-0.0222567394309	0.148229062	0.00935143517291	0.0795715368471	18.6637635077	52.4633531938	24.240188083
9	1.89036035716	0.276054739503	0.174006327371	4.87320196981	0.667088780107	0.674493989825	0.186929973929	-0.153542927981	-0.0610305591125	0.184425416052	-0.091470819677	0.104060465729	0.287864900859	-0.0541499348907	0.0413215674057	0.184482911557	-0.103255940303	-0.0271175344788	0.19477923339	-0.00554402840592	0.108057260484	11.0779700246	46.9504761578	31.0364300811
10	0.443905210343	0.026460444878	0.0915278292838	0.262483493014	-0.141517680875	0.16870452381	-0.06474450848	-0.00301160132209	0.0789480715362	0.0445124668056	-0.00840848264092	-0.0363965130278	-0.10363930043	-0.000783548351323	-0.122431248934	0.124512419544	-0.000768805800587	-0.0677696174302	0.0540852223012	0.0931054760093	0.188135317128	26.0340207193	59.8541175077	29.3290773749
11	0.663276717426	0.0123403571179	-0.499348057018	0.851518433298	0.376045031844	0.870285866296	-0.0557031624482	-0.146846033505	-0.142463743895	0.189613140025	0.109619301808	0.0845952931484	0.104212107958	-0.0641617464564	-0.115050975004	0.193310954022	0.0539406568818	0.0113301717622	0.346014473596	0.289311920155	0.424833470645	47.8761798174	51.6817218589	24.3082210197
12	4.19886916804	0.324808404073	-1.48716092643	0.640733919182	-0.457695740642	1.53263494707	-0.0342067785089	-0.0168762040502	0.0708654235565	0.0106690275734	-0.0488877243516	-0.0759910184805	0.218106081431	0.15767373811	0.134281940976	0.0624499199742	-0.0278739056761	-0.0551085980801	0.157641088805	0.0290837846966	0.0773917942386	27.3927283663	55.6163014072	28.6115243928
13	3.88317124575	-1.14495929627	-0.602866666279	0.98232036145	0.678189969157	1.74301757083	-0.109023868227	0.0755037888619	0.0816773706812	-0.0172995315753	0.0115149604343	0.0562736565408	-0.0039638850779	0.0163052611393	-0.0324068396486	0.0580620858908	-0.0351456214919	-0.0578473800365	0.117640781273	0.0628970622979	0.117203767282	20.5055213064	53.4239720488	31.1133710062
14	5.36791810595	2.14090441674	-0.435767684364	3.13627266112	0.7302132759	0.989183745291	-0.509078148249	0.852855976917	0.0400804061681	-0.527573392452	0.503241770604	0.672674770237	0.367806118427	-0.476069094454	0.0534395865495	0.386793769596	-0.262071460464	0.0665993865336	0.381670939432	-0.0261706147255	0.37640572248	33.1657726494	50.3504336484	16.3459476676
15	5.12231717253	-1.14921851414	-2.26436656868	2.75104848946	2.1691863354	4.15621026487	-0.0270359656723	-0.330455370274	0.0981018834399	0.0794203120133	0.12626948352	-0.112836782049	0.0349662863217	-0.0587891371893	-0.106677564308	0.0830509136665	-0.0577353166497	-0.00812157516594	0.134943044946	0.0215751735729	0.120405299343	21.6137182884	51.8702666863	33.8632330522

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 9 )	A	A	1 - 9	1 - 9
2	2	chain 'A' and (resid 10 through 33 )	A	A	10 - 33	10 - 33
3	3	chain 'A' and (resid 34 through 47 )	A	A	34 - 47	34 - 47
4	4	chain 'A' and (resid 48 through 54 )	A	A	48 - 54	48 - 54
5	5	chain 'A' and (resid 55 through 78 )	A	A	55 - 78	55 - 78
6	6	chain 'A' and (resid 79 through 96 )	A	A	79 - 96	79 - 96
7	7	chain 'B' and (resid 1 through 9 )	B	B	1 - 9	1 - 9
8	8	chain 'B' and (resid 10 through 26 )	B	B	10 - 26	10 - 26
9	9	chain 'B' and (resid 27 through 33 )	B	B	27 - 33	27 - 33
10	10	chain 'B' and (resid 34 through 47 )	B	B	34 - 47	34 - 47
11	11	chain 'B' and (resid 48 through 54 )	B	B	48 - 54	48 - 54
12	12	chain 'B' and (resid 55 through 66 )	B	B	55 - 66	55 - 66
13	13	chain 'B' and (resid 67 through 78 )	B	B	67 - 78	67 - 78
14	14	chain 'B' and (resid 79 through 83 )	B	B	79 - 83	79 - 83
15	15	chain 'B' and (resid 84 through 96 )	B	B	84 - 96	84 - 96

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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