PDB-8zxs: Crystal structure of multidrug efflux transporter OqxB from Klebs...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8zxs

タイトル

Crystal structure of multidrug efflux transporter OqxB from Klebsiella pneumoniae

要素

Efflux pump membrane transporter

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Multidrug efflux transporter / Membrane transporter / Antimicrobial resistance / AMR / Klebsiella pneumoniae / TRANSPORT PROTEIN

機能・相同性

Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / Acriflavin resistance protein / AcrB/AcrD/AcrF family / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / plasma membrane / Efflux pump membrane transporter

機能・相同性情報

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Murakami, S. / Yamashita, E. / Okada, U.

資金援助

日本, 3件

組織	認可番号	国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP21H02412	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP18K06079	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	21K19337	日本

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of multidrug efflux transporter OqxB from Klebsiella pneumoniae
著者: Murakami, S. / Yamashita, E. / Okada, U.

履歴

登録	2024年6月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年6月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8zxs.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8zxs.ent.gz	1015.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8zxs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/8zxs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zx/8zxs	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7cz9
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Efflux pump membrane transporter

B: Efflux pump membrane transporter

C: Efflux pump membrane transporter

ヘテロ分子

346 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.392, 165.939, 249.032
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Efflux pump membrane transporter 分子量: 114393.211 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: The 6-His residues are purification tag. / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) 遺伝子: bepE_2, bepE_1, B5L96_27435, GJJ13_005705, GJJ18_08150, NCTC204_03625, NCTC9637_01899, QIG75_20820, SAMEA4364603_03846 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: U5U6L7
#2: 糖	ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシドタイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.34 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 10% PEG 4000, 0.1M ADA, 0.2M magnesium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→49.34 Å / Num. obs: 130594 / % possible obs: 99.65 % / 冗長度: 7.33 % / B_iso Wilson estimate: 93.76 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.082 / R_pim(I) all: 0.032 / Net I/av σ(I): 12.9 / Net I/σ(I): 12.9
反射シェル	解像度: 2.75→2.8 Å / 冗長度: 7.3 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 44929 / CC_1/2: 0.498 / % possible all: 95.19

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
Coot		モデル構築
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.75→43.04 Å / SU ML: 0.4744 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.619
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2877	6532	5.01 %
R_work	0.2363	123910	-
obs	0.2389	130442	99.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 124.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.75→43.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	23767	0	216	1	23984

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	24459
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8882	33290
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0506	3975
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0064	4250
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.3034	3421

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.75-2.78	0.4218	204	0.4081	3854	X-RAY DIFFRACTION	94.44
2.78-2.81	0.4266	214	0.3986	4141	X-RAY DIFFRACTION	99.77
2.81-2.85	0.393	178	0.3762	4095	X-RAY DIFFRACTION	99.67
2.85-2.88	0.4162	237	0.3786	4073	X-RAY DIFFRACTION	99.65
2.88-2.92	0.4399	211	0.3972	4102	X-RAY DIFFRACTION	99.77
2.92-2.96	0.4365	239	0.3802	4133	X-RAY DIFFRACTION	99.66
2.96-3	0.3792	216	0.3476	4011	X-RAY DIFFRACTION	99.55
3-3.05	0.3963	224	0.3185	4094	X-RAY DIFFRACTION	99.54
3.05-3.1	0.3587	212	0.2981	4073	X-RAY DIFFRACTION	99.58
3.1-3.15	0.3373	211	0.2825	4123	X-RAY DIFFRACTION	99.75
3.15-3.2	0.3385	228	0.2843	4108	X-RAY DIFFRACTION	99.75
3.2-3.26	0.3029	211	0.2692	4111	X-RAY DIFFRACTION	99.84
3.26-3.32	0.3352	209	0.2685	4094	X-RAY DIFFRACTION	99.63
3.32-3.39	0.3298	213	0.2636	4121	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.39-3.46	0.3234	200	0.2632	4145	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.46-3.55	0.3391	233	0.2602	4126	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.55-3.63	0.3128	220	0.2624	4095	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.63-3.73	0.2986	225	0.2456	4103	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.73-3.84	0.3046	205	0.2408	4157	X-RAY DIFFRACTION	99.91
3.84-3.97	0.2895	235	0.2329	4122	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.97-4.11	0.3001	202	0.2361	4139	X-RAY DIFFRACTION	99.75
4.11-4.27	0.2749	201	0.2256	4171	X-RAY DIFFRACTION	99.98
4.27-4.47	0.2574	224	0.2012	4167	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.47-4.7	0.2423	222	0.1979	4163	X-RAY DIFFRACTION	99.91
4.7-4.99	0.2433	205	0.1941	4164	X-RAY DIFFRACTION	100
5-5.38	0.288	220	0.2154	4178	X-RAY DIFFRACTION	99.98
5.38-5.92	0.2652	251	0.237	4177	X-RAY DIFFRACTION	99.98
5.92-6.77	0.2874	225	0.2406	4230	X-RAY DIFFRACTION	99.96
6.77-8.52	0.2428	216	0.1958	4257	X-RAY DIFFRACTION	99.58
8.52-43.04	0.2708	241	0.2245	4383	X-RAY DIFFRACTION	98.97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.639575428241	0.128807744494	0.119467197615	0.541592662844	0.237243015545	0.818263737553	-0.106663929338	-0.125933737478	-0.138491323952	0.298191554263	0.0451570063841	-0.0547487776314	0.450587604476	-0.0657560658407	-5.87908983635E-5	0.82380756872	0.0358539872769	0.166308212406	0.771492768906	0.0312166042375	0.848566149338	-1.39904292126	-2.09509218996	-12.3515843074
2	0.7051715213	-0.0717178326854	0.0143402284724	-0.0232081381111	-0.305092551849	1.16906236648	0.111246134229	0.066717559154	-0.00472339208711	0.00878721784486	-0.0469443728668	-0.0230487151126	0.411651105284	-0.528288007648	-0.00185733553759	0.725396961609	-0.254469452272	0.0487627825862	0.946405871456	-0.24524062223	0.812030923638	-14.4054059027	-13.122491993	-41.571162953
3	1.11038114118	-0.659427556529	-0.766745684519	1.47465073564	0.455483333625	0.973253450319	-0.0701369091749	-0.214903431175	0.0239853841108	0.0960824845429	-0.175158568752	0.184895294108	0.0211184695308	-0.665191061644	-0.0017909571845	0.601294035395	0.0319096872987	0.00987157027154	0.991807567626	-0.013989498721	0.709216636059	-12.7351045604	20.5897888084	-7.55551067071
4	0.848114725186	-0.380226105763	0.160595731242	0.961844577553	-0.88888762863	0.833525418595	0.0284539744194	0.106830031793	-0.0133162377396	-0.346754374824	-0.274024714273	0.159923076925	0.592941354932	-0.487101173885	-0.00144807849898	0.907498559368	0.287522847045	0.00610452328815	1.50025525694	-0.0903154719692	0.974114143632	-9.69320879837	24.2092975919	-24.455981561
5	0.500181851146	-0.258949800908	0.60635948634	1.14019054973	-0.683138093019	0.803019998772	-0.264056826603	0.551147336607	-0.356096840256	-0.0933945852283	0.36521315471	0.347384514077	0.486238654452	-0.684321032194	-1.45113724533E-6	0.831925526491	-0.150117152543	0.0990823009187	1.19537901175	-0.297547357946	1.04567127669	-12.1199071951	-13.1769123241	-57.3320488324
6	1.99011685521	-0.271060340868	0.0630426682531	0.357286287412	-0.103169846575	1.4828250989	0.149187764581	-0.367443042283	-0.149198703619	0.308840673364	0.0594337535077	0.0766576661282	0.497231203932	-0.311854898731	0.0334707821095	0.928766769559	0.076043310017	-0.154378485505	0.474078242762	0.138904584552	0.683970404419	26.8673196182	-5.49105305325	-9.67386530346
7	0.812828539445	-0.671907544845	0.237278961969	1.12052429984	-0.459556977049	0.235039133654	-0.0995300182853	-0.280267885817	0.0610114052794	0.00702807363063	0.1038992206	-0.38679462988	0.191793134471	0.514881214911	-7.6047931028E-5	1.01460737134	0.0988785546666	-0.0737481643203	1.26374385426	0.0181687974334	0.9020896587	36.1600018037	23.0566371825	8.17187015507
8	1.04520437546	-0.345027356722	-0.825386654093	0.0798819407846	0.239971855757	0.738546809451	0.475494061877	0.438949269591	-0.534056932222	-0.357679471049	-0.064519404815	-0.346466563053	0.433643024383	0.879495063029	-0.0506947777159	1.68086865005	0.599270232877	-0.267664093304	1.19208122417	-0.0489211489504	1.11371818032	45.035472127	-14.7665346944	-10.544942542
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10	1.72512882863	-1.51125999642	-1.03502735358	1.70675346439	0.591806317788	0.961010834054	-0.198593913635	-1.40137716072	0.859889624819	0.787565053602	0.601244177382	-0.46022897967	0.318687127373	0.430847391383	1.98560581539	1.47925763566	0.470903754726	-0.207757963746	0.741761809774	0.577519583726	0.425991251905	30.448836357	-26.870352566	1.54403985003
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

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1	1	chain 'A' and (resid 1 through 426 )	A	A	1 - 426	1 - 426
2	2	chain 'A' and (resid 427 through 631 )	A	A	427 - 631	427 - 631
3	3	chain 'A' and (resid 632 through 801 )	A	A	632 - 801	632 - 801
4	4	chain 'A' and (resid 802 through 877 )	A	A	802 - 877	802 - 877
5	5	chain 'A' and (resid 878 through 1040 )	A	A	878 - 1040	878 - 1040
6	6	chain 'B' and (resid 1 through 163 )	B	B	1 - 163	1 - 163
7	7	chain 'B' and (resid 164 through 275 )	B	B	164 - 275	164 - 275
8	8	chain 'B' and (resid 276 through 361 )	B	B	276 - 361	276 - 361
9	9	chain 'B' and (resid 362 through 542 )	B	B	362 - 542	362 - 542
10	10	chain 'B' and (resid 543 through 631 )	B	B	543 - 631	543 - 631
11	11	chain 'B' and (resid 632 through 684 )	B	B	632 - 684	632 - 684
12	12	chain 'B' and (resid 685 through 816 )	B	B	685 - 816	685 - 816
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14	14	chain 'B' and (resid 899 through 1042 )	B	B	899 - 1042	899 - 1042
15	15	chain 'C' and (resid 1 through 101 )	C	C	1 - 101	1 - 101
16	16	chain 'C' and (resid 102 through 163 )	C	C	102 - 163	102 - 163
17	17	chain 'C' and (resid 164 through 250 )	C	C	164 - 250	164 - 250
18	18	chain 'C' and (resid 251 through 331 )	C	C	251 - 331	251 - 331
19	19	chain 'C' and (resid 332 through 631 )	C	C	332 - 631	332 - 631
20	20	chain 'C' and (resid 632 through 833 )	C	C	632 - 833	632 - 833
21	21	chain 'C' and (resid 834 through 898 )	C	C	834 - 898	834 - 898
22	22	chain 'C' and (resid 899 through 1041 )	C	C	899 - 1041	899 - 1041

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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