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- PDB-8zuk: Cluster structure of the BAFF-BAFFR-TRAF3 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zuk
タイトルCluster structure of the BAFF-BAFFR-TRAF3 complex
要素
  • TNF receptor-associated factor 3
  • Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
キーワードIMMUNE SYSTEM / Receptor cluster / Signal complex / membrane receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


B cell costimulation / regulation of interferon-beta production / TRAF3 deficiency - HSE / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / Toll signaling pathway / CD40 receptor complex / regulation of defense response to virus / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / serine/threonine protein kinase complex / thioesterase binding ...B cell costimulation / regulation of interferon-beta production / TRAF3 deficiency - HSE / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / Toll signaling pathway / CD40 receptor complex / regulation of defense response to virus / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / serine/threonine protein kinase complex / thioesterase binding / tumor necrosis factor receptor binding / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / toll-like receptor 4 signaling pathway / toll-like receptor signaling pathway / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / type I interferon-mediated signaling pathway / regulation of proteolysis / positive regulation of type I interferon production / ubiquitin ligase complex / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / T cell costimulation / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / positive regulation of B cell proliferation / signaling adaptor activity / positive regulation of T cell proliferation / regulation of cytokine production / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / RING-type E3 ubiquitin transferase / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / cytoplasmic side of plasma membrane / Ovarian tumor domain proteases / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / signaling receptor activity / TRAF3-dependent IRF activation pathway / protein phosphatase binding / regulation of apoptotic process / defense response to virus / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway / endosome membrane / endosome / external side of plasma membrane / ubiquitin protein ligase binding / apoptotic process / protein kinase binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / signal transduction / mitochondrion / zinc ion binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 13C, TALL-1 binding domain / Tumour necrosis factor receptor 13C / BAFF-R, TALL-1 binding / TNF receptor-associated factor 3 / TRAF3, MATH domain / : / TNF receptor-associated factor 2/3/5, RING domain / Tumor necrosis factor receptor 13C/17 / TRAF-type zinc finger / TNF receptor-associated factor TRAF, metazoa ...Tumour necrosis factor receptor 13C, TALL-1 binding domain / Tumour necrosis factor receptor 13C / BAFF-R, TALL-1 binding / TNF receptor-associated factor 3 / TRAF3, MATH domain / : / TNF receptor-associated factor 2/3/5, RING domain / Tumor necrosis factor receptor 13C/17 / TRAF-type zinc finger / TNF receptor-associated factor TRAF, metazoa / : / TRAF/meprin, MATH domain / Zinc finger, TRAF-type / Zinc finger TRAF-type profile. / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. / meprin and TRAF homology / TRAF-like / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
TNF receptor-associated factor 3 / Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.83 Å
データ登録者Lim, C.S. / Lee, J.O.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
Other government 韓国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Highly ordered clustering of TNFα and BAFF ligand-receptor-intracellular adaptor complexes on a lipid membrane.
著者: Chan Seok Lim / Jisun Lee / Ji Won Kim / Jie-Oh Lee /
要旨: The TNF family plays a critical role in immune regulation. Here, we present high-resolution structures of clusters formed by two TNF receptor family proteins, TNFR1 and BAFFR. Using a lipid monolayer ...The TNF family plays a critical role in immune regulation. Here, we present high-resolution structures of clusters formed by two TNF receptor family proteins, TNFR1 and BAFFR. Using a lipid monolayer method to mimic their membrane-bound state, we observe that the TNFα-TNFR1 complex forms highly ordered clusters of trimers on the lipid membrane. A non-competitive TNFR1 antagonist that inhibits receptor activation disrupted these clusters without blocking ligand binding or receptor trimerization. Furthermore, we find that the BAFF-BAFFR, BAFF-TACI, and BAFF-BCMA receptor-ligand complexes predominantly form pentagonal clusters of trimers on the lipid membrane. Notably, the binding of the intracellular adaptor TRAF3 to the BAFF-BAFFR complex induces a structural transition from a pentagonal to a flat hexagonal cluster. Mutations in BAFF that impair BAFFR activation prevented cluster formation. Our findings demonstrate that ligand binding induces the formation of highly ordered clusters of TNFR1 and BAFFR receptors on the lipid membrane, which is essential for their activation.
履歴
登録2024年6月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年6月11日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月2日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.22025年8月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TNF receptor-associated factor 3
B: TNF receptor-associated factor 3
C: TNF receptor-associated factor 3
D: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
E: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
F: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
G: TNF receptor-associated factor 3
H: TNF receptor-associated factor 3
I: TNF receptor-associated factor 3
J: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
K: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
L: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
M: TNF receptor-associated factor 3
N: TNF receptor-associated factor 3
O: TNF receptor-associated factor 3
P: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
Q: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
R: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
S: TNF receptor-associated factor 3
T: TNF receptor-associated factor 3
U: TNF receptor-associated factor 3
V: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
W: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
X: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
Y: TNF receptor-associated factor 3
Z: TNF receptor-associated factor 3
a: TNF receptor-associated factor 3
b: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
c: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
d: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
e: TNF receptor-associated factor 3
f: TNF receptor-associated factor 3
g: TNF receptor-associated factor 3
h: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
i: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
j: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
k: TNF receptor-associated factor 3
l: TNF receptor-associated factor 3
m: TNF receptor-associated factor 3
n: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
o: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C
p: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,162,29242
ポリマ－1,162,29242
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 ...
TNF receptor-associated factor 3 / CD40 receptor-associated factor 1 / CRAF1 / CD40-binding protein / CD40BP / LMP1-associated protein ...CD40 receptor-associated factor 1 / CRAF1 / CD40-binding protein / CD40BP / LMP1-associated protein 1 / LAP1 / RING-type E3 ubiquitin transferase TRAF3


分子量: 35444.441 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRAF3, CAP-1, CRAF1, TRAFAMN / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q13114, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: タンパク質 ...
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 13C / B-cell-activating factor receptor / BAFF receptor / BAFF-R / BLyS receptor 3


分子量: 19902.789 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFRSF13C, BAFFR, BR3 / 細胞株 (発現宿主): HEK293s GnTi- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96RJ3
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cluster structure of the BAFF-BAFFR-TRAF3 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTrisC4H11NO31
2150 mMSodium chlorideNaCl1
試料濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 205165 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
18T5P

8t5p

18T5P1PDBexperimental model
22GKW

2gkw

12GKW2PDBexperimental model
精密化交差検証法: NONE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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