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万見
- PDB-8zty: Cryo-EM structure of the Cas13a-rAcrVIA1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zty
タイトルCryo-EM structure of the Cas13a-rAcrVIA1 complex
要素
  • CRISPR-associated endoribonuclease Cas13a
  • rAcrVIA1
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / STRUCTURAL PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性: / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding / : / RNA / RNA (> 10) / CRISPR-associated endoribonuclease Cas13a
機能・相同性情報
生物種Listeria seeligeri serovar 1/2b str. SLCC3954 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Zhang, J.T. / Li, Y.L. / Jia, N.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Science / 年: 2025
タイトル: RNA-mediated CRISPR-Cas13 inhibition through crRNA structural mimicry.
著者: Victoria M Hayes / Jun-Tao Zhang / Mark A Katz / Yuelong Li / Benjamin Kocsis / David M Brinkley / Ning Jia / Alexander J Meeske /
要旨: To circumvent CRISPR-Cas immunity, phages express anti-CRISPR factors that inhibit the expression or activities of Cas proteins. Whereas most anti-CRISPRs described to date are proteins, recently ...To circumvent CRISPR-Cas immunity, phages express anti-CRISPR factors that inhibit the expression or activities of Cas proteins. Whereas most anti-CRISPRs described to date are proteins, recently described small RNAs called RNA anti-CRISPRs (rAcrs) have sequence homology to CRISPR RNAs (crRNAs) and displace them from cognate Cas nucleases. In this work, we report the discovery of rAcrVIA1-a plasmid-encoded small RNA that inhibits the RNA-targeting CRISPR-Cas13 system in its natural host, . We solved the cryo-electron microscopy structure of the Cas13-rAcr complex, which revealed that rAcrVIA1 adopts a fold nearly identical to crRNA despite sharing negligible sequence similarity. Collectively, our findings expand the diversity of rAcrs and reveal an example of immune antagonism through RNA structural mimicry.
履歴
登録2024年6月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated endoribonuclease Cas13a
B: rAcrVIA1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,2242
ポリマ－153,2242
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 CRISPR-associated endoribonuclease Cas13a / CRISPR-associated endoribonuclease C2c2 / EndoRNase / LseC2c2


分子量: 132466.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria seeligeri serovar 1/2b str. SLCC3954 (バクテリア)
遺伝子: cas13, c2c2, lse_1149 / 発現宿主: Listeria seeligeri (バクテリア)
参照: UniProt: P0DPB8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: RNA鎖 rAcrVIA1


分子量: 20757.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria seeligeri serovar 1/2b str. SLCC3954 (バクテリア)
発現宿主: Listeria seeligeri (バクテリア) / 参照: GenBank: 2703972415
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cas13a-rAcrVIA1 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Listeria seeligeri serovar 1/2b str. SLCC3954 (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Listeria seeligeri (バクテリア)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / C2レンズ絞り径: 70 µm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 2.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 451586 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0039204
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.67712642
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.2461667
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0381439
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051389

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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