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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8zmr | ||||||
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タイトル | Vesamicol-bound VAChT | ||||||
![]() | Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Vesicular acetylcholine transporter,DARPinoff7 | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / VAChT / SLC18A3 / Vesamicol / Acetylcholine | ||||||
機能・相同性 | ![]() acetylcholine:proton antiporter activity / acetylcholine uptake / positive regulation of neuromuscular junction development / clathrin-sculpted acetylcholine transport vesicle membrane / acetylcholine transmembrane transporter activity / monoamine:proton antiporter activity / AP-1 adaptor complex / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / AP-2 adaptor complex ...acetylcholine:proton antiporter activity / acetylcholine uptake / positive regulation of neuromuscular junction development / clathrin-sculpted acetylcholine transport vesicle membrane / acetylcholine transmembrane transporter activity / monoamine:proton antiporter activity / AP-1 adaptor complex / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / AP-2 adaptor complex / serotonin uptake / neurotransmitter transport / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / positive regulation of long-term synaptic potentiation / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / terminal bouton / synaptic vesicle membrane / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / outer membrane-bounded periplasmic space / chemical synaptic transmission / periplasmic space / DNA damage response / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | ||||||
![]() | Zhang, Z. / Zhang, Y. / Dai, F. / Zhang, Y.X. / Lee, C.-H. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural insights into VAChT neurotransmitter recognition and inhibition. 著者: Yang Zhang / Fei Dai / Nanhao Chen / Dong Zhou / Chia-Hsueh Lee / Chen Song / Yixiao Zhang / Zhe Zhang / ![]() ![]() | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 92.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 60254MC ![]() 8zmsC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 112705.180 Da / 分子数: 1 / 変異: A520E / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: malE, b4034, JW3994, SLC18A3, VACHT / 発現宿主: ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-A1LWL / 分子量: 259.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H25NO |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: VAChT / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.06 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.25 | ||||||||||||||||
試料 | 濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.21_5207: / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 184473 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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