PDB-8zkz: Cryo-EM structure of the Drosophila INDY (apo-asymmetric, pH8)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8zkz

タイトル

Cryo-EM structure of the Drosophila INDY (apo-asymmetric, pH8)

要素

Protein I'm not dead yet

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / INDY / SLC13A5 / citrate transporter

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of triglyceride storage / Sodium-coupled sulphate, di- and tri-carboxylate transporters / pyruvate transport / succinate transport / citrate transmembrane transporter activity / citrate transport / pyruvate transmembrane transporter activity / succinate transmembrane transporter activity / determination of adult lifespan / transmembrane transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Kim, S. / Park, J.G. / Choi, S.H. / Kim, J.W. / Jin, M.S.

資金援助

韓国, 4件

組織	認可番号	国
National Research Foundation (NRF, Korea)	NRF-2019M3E5D6063908	韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)	NRF-2021M3A9I4022846	韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)	NRF-2022R1A2C1091278	韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)	NRF-2021R1A6A3A01086747	韓国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structures reveal the cation-independent citrate transport mechanism of the Drosophila longevity protein, INDY
著者: Kim, S. / Park, J.G. / Choi, S.H. / Kim, J.W. / Jin, M.S.

履歴

登録	2024年5月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8zkz.cif.gz	195.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8zkz.ent.gz	155.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8zkz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8zkz_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8zkz_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	8zkz_validation.xml.gz	37.4 KB	表示
CIF形式データ	8zkz_validation.cif.gz	55.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/8zkz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zk/8zkz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	60213MC 60210C 60215C 60216C 60217C 60218C 60220C 8zkwC 8zl1C 8zl2C 8zl3C 8zl4C 8zl6C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein I'm not dead yet

B: Protein I'm not dead yet

ヘテロ分子

133 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, not applicable

#1: タンパク質

Protein I'm not dead yet / INDY transporter protein / drIndy

分子量: 65637.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Indy, CG3979 / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9VVT2

#2: 化合物

ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

分子量: 734.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₀H₈₀NO₈P / コメント: リン脂質*YM

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

Has protein modification

N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素

ID	名称	タイプ	Entity ID	Parent-ID	由来
1	citrate transporter INDY in nanodiscs	COMPLEX	#1	0	RECOMBINANT
2	INDY	COMPLEX	#1	1	RECOMBINANT

分子量

ID	Entity assembly-ID	値 (°)	実験値
1	1		NO
2	1	0.13 MDa	YES
3	1		NO

由来(天然)

ID	Entity assembly-ID	生物種	Ncbi tax-ID
2	1	Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)	7227
3	2	Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)	7227

由来(組換発現)

ID	Entity assembly-ID	生物種	Ncbi tax-ID
2	1	Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)	7111
3	2	Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)	7111

緩衝液

pH: 8

試料

濃度: 0.35 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES

急速凍結

凍結剤: ETHANE / 凍結前の試料温度: 278 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影	電子線照射量: 60 e/Å² フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

対称性

点対称性: C₁ (非対称)

3次元再構成

解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 599067 / 対称性のタイプ: POINT

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.007	8712
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.67	11842
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	17.811	1235
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.045	1384
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.005	1442

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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