[日本語] English
万見
- EMDB-60210: Cryo-EM structure of the Drosophila INDY (apo-asymmetric, pH 6) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-60210
タイトルCryo-EM structure of the Drosophila INDY (apo-asymmetric, pH 6)
マップデータ
試料
  • 複合体: citrate transporter INDY in nanodiscs
    • 複合体: INDY
      • タンパク質・ペプチド: Protein I'm not dead yet
  • リガンド: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードINDY / SLC13A5 / citrate transporter / Membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of triglyceride storage / Sodium-coupled sulphate, di- and tri-carboxylate transporters / pyruvate transport / succinate transport / citrate transmembrane transporter activity / citrate transport / pyruvate transmembrane transporter activity / succinate transmembrane transporter activity / determination of adult lifespan / transmembrane transport ...regulation of triglyceride storage / Sodium-coupled sulphate, di- and tri-carboxylate transporters / pyruvate transport / succinate transport / citrate transmembrane transporter activity / citrate transport / pyruvate transmembrane transporter activity / succinate transmembrane transporter activity / determination of adult lifespan / transmembrane transport / basolateral plasma membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sodium/sulphate symporter, conserved site / Sodium:sulfate symporter family signature. / Sodium:sulfate symporter transmembrane region / Solute carrier family 13
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein I'm not dead yet
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.77 Å
データ登録者Kim S / Park JG / Choi SH / Kim JW / Jin MS
資金援助 韓国, 4件
OrganizationGrant number国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2019M3E5D6063908 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2021M3A9I4022846 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2022R1A2C1091278 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2021R1A6A3A01086747 韓国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structures reveal the cation-independent citrate transport mechanism of the Drosophila longevity protein, INDY
著者: Kim S / Park JG / Choi SH / Kim JW / Jin MS
履歴
登録2024年5月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月29日-
マップ公開2025年1月29日-
更新2025年1月29日-
現状2025年1月29日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_60210.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_60210.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 59.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 250 pix.
= 206.625 Å		0.83 Å/pix.
x 250 pix.
= 206.625 Å		0.83 Å/pix.
x 250 pix.
= 206.625 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8265 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0655
最小 - 最大-0.17546573 - 0.38439035
平均 (標準偏差)0.0015175355 (±0.01501719)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ250250250
Spacing250250250
セルA=B=C: 206.625 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_60210_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_60210_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : citrate transporter INDY in nanodiscs

全体名称: citrate transporter INDY in nanodiscs
要素
  • 複合体: citrate transporter INDY in nanodiscs
    • 複合体: INDY
      • タンパク質・ペプチド: Protein I'm not dead yet
  • リガンド: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

-
超分子 #1: citrate transporter INDY in nanodiscs

超分子名称: citrate transporter INDY in nanodiscs / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

-
超分子 #2: INDY

超分子名称: INDY / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

-
分子 #1: Protein I'm not dead yet

分子名称: Protein I'm not dead yet / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 65.637023 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MATETTKMIY TPPPLDIKME IEIGEQPQPP VKCSNFFANH WKGLVVFLVP LLCLPVMLLN EGAEFRCMYL LLVMAIFWVT EALPLYVTS MIPIVAFPIM GIMSSDQTCR LYFKDTLVMF MGGIMVALAV EYCNLHKRLA LRVIQIVGCS PRRLHFGLIM V TMFLSMWI ...文字列:
MATETTKMIY TPPPLDIKME IEIGEQPQPP VKCSNFFANH WKGLVVFLVP LLCLPVMLLN EGAEFRCMYL LLVMAIFWVT EALPLYVTS MIPIVAFPIM GIMSSDQTCR LYFKDTLVMF MGGIMVALAV EYCNLHKRLA LRVIQIVGCS PRRLHFGLIM V TMFLSMWI SNAACTAMMC PIIQAVLEEL QAQGVCKINH EPQYQIVGGN KKNNEDEPPY PTKITLCYYL GIAYASSLGG CG TIIGTAT NLTFKGIYEA RFKNSTEQMD FPTFMFYSVP SMLVYTLLTF VFLQWHFMGL WRPKSKEAQE VQRGREGADV AKK VIDQRY KDLGPMSIHE IQVMILFIFM VVMYFTRKPG IFLGWADLLN SKDIRNSMPT IFVVVMCFML PANYAFLRYC TRRG GPVPT GPTPSLITWK FIQTKVPWGL VFLLGGGFAL AEGSKQSGMA KLIGNALIGL KVLPNSVLLL VVILVAVFLT AFSSN VAIA NIIIPVLAEM SLAIEIHPLY LILPAGLACS MAFHLPVSTP PNALVAGYAN IRTKDMAIAG IGPTIITIIT LFVFCQ TWG LVVYPNLNSF PEWAQIYAAA ALGNKTH

UniProtKB: Protein I'm not dead yet

-
分子 #2: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

分子名称: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: PTY
分子量理論値: 734.039 Da
Chemical component information

ChemComp-PTY:
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM

-
分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 6
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.77 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 801142
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る