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万見
- PDB-8zl4: Cryo-EM structure of the Drosophila INDY (citrate-bound inward-oc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zl4
タイトルCryo-EM structure of the Drosophila INDY (citrate-bound inward-occluded, pH 6)
要素Protein I'm not dead yet
キーワードMEMBRANE PROTEIN / INDY / SLC13A5 / citrate transporter / citrate
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of triglyceride storage / Sodium-coupled sulphate, di- and tri-carboxylate transporters / pyruvate transport / succinate transport / citrate transmembrane transporter activity / citrate transport / pyruvate transmembrane transporter activity / succinate transmembrane transporter activity / determination of adult lifespan / transmembrane transport ...regulation of triglyceride storage / Sodium-coupled sulphate, di- and tri-carboxylate transporters / pyruvate transport / succinate transport / citrate transmembrane transporter activity / citrate transport / pyruvate transmembrane transporter activity / succinate transmembrane transporter activity / determination of adult lifespan / transmembrane transport / basolateral plasma membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sodium/sulphate symporter, conserved site / Sodium:sulfate symporter family signature. / Sodium:sulfate symporter transmembrane region / Solute carrier family 13
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Protein I'm not dead yet
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.65 Å
データ登録者Kim, S. / Park, J.G. / Choi, S.H. / Kim, J.W. / Jin, M.S.
資金援助 韓国, 4件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2019M3E5D6063908 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2021M3A9I4022846 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2022R1A2C1091278 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2021R1A6A3A01086747 韓国
引用ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structures reveal the H/citrate symport mechanism of INDY.
著者: Subin Kim / Jun Gyou Park / Seung Hun Choi / Ji Won Kim / Mi Sun Jin /
要旨: I'm Not Dead Yet (INDY) functions as a transporter for citrate, a key metabolite in the citric acid cycle, across the plasma membrane. Partial deficiency of INDY extends lifespan, akin to the ... I'm Not Dead Yet (INDY) functions as a transporter for citrate, a key metabolite in the citric acid cycle, across the plasma membrane. Partial deficiency of INDY extends lifespan, akin to the effects of caloric restriction. In this work, we use cryo-electron microscopy to determine structures of INDY in the presence and absence of citrate and in complex with the well-known inhibitor 4,4'-diisothiocyano-2,2'-disulfonic acid stilbene (DIDS) at resolutions ranging from 2.7 to 3.6 Å. Together with functional data obtained in vitro, the INDY structures reveal the H/citrate co-transport mechanism, in which aromatic residue F119 serves as a one-gate element. They also provide insight into how protein-lipid interactions at the dimerization interface affect the stability and function of the transporter, and how DIDS disrupts the transport cycle.
履歴
登録2024年5月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年1月29日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年1月29日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年1月29日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年1月29日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年1月29日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月2日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.22025年8月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein I'm not dead yet
B: Protein I'm not dead yet
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,5638
ポリマ－131,2742
非ポリマー2,2896
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Protein I'm not dead yet / INDY transporter protein / drIndy


分子量: 65637.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Indy, CG3979 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9VVT2
#2: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION


分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 734.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H80NO8P / コメント: リン脂質*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1citrate transporter INDY in nanodiscsCOMPLEX#10RECOMBINANT
2INDYCOMPLEX#11RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
11NO
210.13 MDaYES
31NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)7227
32Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)7227
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
32Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
緩衝液pH: 6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 49.9 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.65 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 520040 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0058818
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.76211978
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d17.711258
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0481390
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051458

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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