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- PDB-8zim: Crystal structure of the methyltransferase PsiM in complex with S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zim
タイトルCrystal structure of the methyltransferase PsiM in complex with SAH and Baeocystin
要素Psilocybin synthase
キーワードTRANSFERASE / norbaeocystin / baeocystin / psilocybin / methyltransferase / SAM / SAH
機能・相同性
機能・相同性情報


psilocybin synthase / 4-hydroxytryptamine 4-phosphate methyltransferase activity / psilocybin biosynthetic process / rRNA base methylation / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / nucleus
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase METTL16/PsiM / RNA methyltransferase / METTL16/RlmF family / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / : / Psilocybin synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Psilocybe cubensis (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Meng, C.Y. / Wen, Y. / Guo, W.T. / Wu, B.X.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural basis for psilocybin biosynthesis.
著者: Meng, C. / Guo, W. / Xiao, C. / Wen, Y. / Zhu, X. / Zhang, Q. / Liang, Y. / Li, H. / Xu, S. / Qiu, Y. / Chen, H. / Lin, W.J. / Wu, B.
履歴
登録2024年5月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Psilocybin synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5385
ポリマ－34,5531
非ポリマー9854
水8,215456
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area530 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area13450 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)39.399, 58.327, 130.409
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-631-

HOH

21A-931-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Psilocybin synthase / Psilocybin biosynthesis methyltransferase


分子量: 34553.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Psilocybe cubensis (菌類) / 遺伝子: psiM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P0DPA9, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの

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非ポリマー , 5種, 460分子

#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-XPN / Baeocystin / [3-[2-(methylamino)ethyl]-1~{H}-indol-4-yl] dihydrogen phosphate


分子量: 270.222 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15N2O4P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 456 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 20% w/v Polyethylene glycol 10,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 60183 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.6 % / Biso Wilson estimate: 11.28 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.014 / Rrim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 30.9
反射 シェル解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 12.9 % / Rmerge(I) obs: 0.246 / Mean I/σ(I) obs: 9.2 / Num. unique obs: 8615 / CC1/2: 0.986 / Rpim(I) all: 0.07 / Rrim(I) all: 0.256 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8ZIE

8zie


解像度: 1.4→33.72 Å / SU ML: 0.1327 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.3325
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1726 3047 5.07 %
Rwork0.1457 57045 -
obs0.147 60092 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 16.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→33.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2428 0 65 456 2949
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00612617
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93013572
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0789396
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0129462
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.6087395
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.420.24521410.15992521X-RAY DIFFRACTION99.96
1.42-1.450.19761200.15322570X-RAY DIFFRACTION99.85
1.45-1.470.20641440.14522567X-RAY DIFFRACTION99.85
1.47-1.50.21681390.13282566X-RAY DIFFRACTION99.96
1.5-1.530.18191360.13422516X-RAY DIFFRACTION99.85
1.53-1.560.17661460.13872557X-RAY DIFFRACTION99.96
1.56-1.590.19871250.13652572X-RAY DIFFRACTION99.93
1.59-1.630.20021290.14092580X-RAY DIFFRACTION99.96
1.63-1.670.19461340.14652585X-RAY DIFFRACTION99.96
1.67-1.710.19461390.14622584X-RAY DIFFRACTION99.96
1.71-1.760.20391410.15052539X-RAY DIFFRACTION99.96
1.76-1.820.18451280.15282576X-RAY DIFFRACTION99.93
1.82-1.890.2041220.15412619X-RAY DIFFRACTION99.85
1.89-1.960.18671390.15142570X-RAY DIFFRACTION99.96
1.96-2.050.19521600.14432551X-RAY DIFFRACTION99.93
2.05-2.160.1721440.14292616X-RAY DIFFRACTION99.96
2.16-2.290.1491270.13912590X-RAY DIFFRACTION99.96
2.29-2.470.15741550.14342614X-RAY DIFFRACTION99.89
2.47-2.720.18461410.15292618X-RAY DIFFRACTION100
2.72-3.110.17291530.15522622X-RAY DIFFRACTION100
3.11-3.920.14731370.13832702X-RAY DIFFRACTION100
3.92-33.720.13591470.14562810X-RAY DIFFRACTION99.73

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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