PDB-8zia: The L-tryptophan specific decarboxylase PsiD(50-439) in complex w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8zia

タイトル

The L-tryptophan specific decarboxylase PsiD(50-439) in complex with tryptamine

要素

(L-tryptophan decarboxylase) x 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / decarboxylase / psilocybin / L-tryptophan / psilocin / tryptamine

機能・相同性

機能・相同性情報

L-tryptophan decarboxylase / L-tryptophan decarboxylase activity / psilocybin biosynthetic process / phosphatidylserine decarboxylase activity / phosphatidylethanolamine biosynthetic process / mitochondrion
類似検索 - 分子機能

生物種

Psilocybe cubensis (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Meng, C.Y. / Wen, Y. / Guo, W.T. / Wu, B.X.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural basis for psilocybin biosynthesis.
著者: Meng, C. / Guo, W. / Xiao, C. / Wen, Y. / Zhu, X. / Zhang, Q. / Liang, Y. / Li, H. / Xu, S. / Qiu, Y. / Chen, H. / Lin, W.J. / Wu, B.

履歴

登録	2024年5月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8zia.cif.gz	422.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8zia.ent.gz	286.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8zia.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/8zia ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/8zia	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8x4qSC 8x4sC 8zicC 8zieC 8zigC 8zihC 8ziiC 8zimC 8zioC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

I: L-tryptophan decarboxylase

J: L-tryptophan decarboxylase

A: L-tryptophan decarboxylase

B: L-tryptophan decarboxylase

ヘテロ分子

89.1 kDa, 4 ポリマー
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1

I: L-tryptophan decarboxylase

J: L-tryptophan decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
44.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: L-tryptophan decarboxylase

B: L-tryptophan decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	77.277, 59.265, 104.138
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.464, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	L-tryptophan decarboxylase / Psilocybin biosynthesis decarboxylase 分子量: 40350.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Psilocybe cubensis (菌類) / 遺伝子: psiD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DPA6, L-tryptophan decarboxylase
#2: タンパク質・ペプチド	L-tryptophan decarboxylase / Psilocybin biosynthesis decarboxylase 分子量: 4021.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Psilocybe cubensis (菌類) / 遺伝子: psiD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DPA6, L-tryptophan decarboxylase
#3: 化合物	ChemComp-TSS / 2-(1H-INDOL-3-YL)ETHANAMINE / TRYPTAMINE / トリプタミン分子量: 160.216 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₂N₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 923 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.12 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M Magnesium formate dihydrate, 15% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 124004 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 20.75 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.046 / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 20.4
反射シェル	解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.542 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 18007 / CC_1/2: 0.93 / R_pim(I) all: 0.224 / R_rim(I) all: 0.587 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21rc1_5156	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8X4Q

8x4q

解像度: 1.6→35.51 Å / SU ML: 0.1774 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.6534
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.181	6317	5.1 %
R_work	0.164	117630	-
obs	0.1649	123947	99.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→35.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6132	0	34	923	7089

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0055	6335
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8051	8584
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0559	907
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1135
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.9236	2312

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.62	0.3564	198	0.3241	3890	X-RAY DIFFRACTION	99.83
1.62-1.64	0.3263	218	0.2792	3891	X-RAY DIFFRACTION	99.78
1.64-1.66	0.2682	191	0.2578	3914	X-RAY DIFFRACTION	99.85
1.66-1.68	0.2689	206	0.2306	3921	X-RAY DIFFRACTION	99.81
1.68-1.7	0.2265	226	0.2196	3868	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.7-1.72	0.2164	224	0.2034	3844	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.72-1.75	0.1902	209	0.191	3940	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.75-1.77	0.2117	212	0.1881	3909	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.77-1.8	0.1995	221	0.1804	3936	X-RAY DIFFRACTION	99.95
1.8-1.83	0.2051	219	0.1827	3838	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.83-1.86	0.2075	220	0.1761	3915	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.86-1.9	0.1977	212	0.1837	3899	X-RAY DIFFRACTION	99.73
1.9-1.93	0.2193	211	0.1873	3900	X-RAY DIFFRACTION	99.88
1.93-1.97	0.2254	209	0.1927	3904	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.97-2.02	0.2027	175	0.1772	3931	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.02-2.06	0.2005	198	0.1688	3927	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.06-2.11	0.1959	202	0.1661	3955	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.11-2.17	0.2038	209	0.1658	3916	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.17-2.24	0.1865	214	0.1677	3870	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.24-2.31	0.1875	215	0.1629	3945	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.31-2.39	0.1645	204	0.1694	3938	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.39-2.49	0.1838	205	0.17	3946	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.49-2.6	0.2081	212	0.168	3890	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.6-2.74	0.193	220	0.1674	3944	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.74-2.91	0.1672	236	0.1641	3912	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.91-3.13	0.1741	210	0.1631	3949	X-RAY DIFFRACTION	99.71
3.13-3.45	0.1725	221	0.1534	3920	X-RAY DIFFRACTION	99.76
3.45-3.94	0.1405	200	0.1413	3980	X-RAY DIFFRACTION	99.45
3.94-4.97	0.1475	194	0.1304	3996	X-RAY DIFFRACTION	99.69
4.97-35.51	0.1551	226	0.1461	4042	X-RAY DIFFRACTION	99.16

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -25.9346070549 Å / Origin y: 8.09174714363 Å / Origin z: -29.7639021722 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.176655088156 Å²	0.000214669226742 Å²	-0.0218122266848 Å²	-	0.142616652072 Å²	-0.00748456352226 Å²	-	-	0.166243321591 Å²
L	0.808644294096 °²	-0.050737269209 °²	-0.374713359288 °²	-	0.255659415125 °²	0.0510850423189 °²	-	-	0.595484765183 °²
S	0.00322571626053 Å °	-0.0966421955015 Å °	0.0339224823235 Å °	-0.00508499374821 Å °	0.0198599588969 Å °	-0.0174933069943 Å °	0.0130195428212 Å °	-0.015322443041 Å °	-0.0186435906649 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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