PDB-8x4q: Apo structure of L-tryptophan specific decarboxylase PsiD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8x4q

タイトル

Apo structure of L-tryptophan specific decarboxylase PsiD

要素

(L-tryptophan decarboxylase) x 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / decarboxylase / psilocybin / L-tryptophan / psilocin / tryptamine

機能・相同性

機能・相同性情報

L-tryptophan decarboxylase / L-tryptophan decarboxylase activity / psilocybin biosynthetic process / phosphatidylserine decarboxylase activity / phosphatidylethanolamine biosynthetic process / mitochondrion
類似検索 - 分子機能

生物種

Psilocybe cubensis (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Meng, C.Y. / Wen, Y. / Guo, W.T. / Wu, B.X.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural basis for psilocybin biosynthesis.
著者: Meng, C. / Guo, W. / Xiao, C. / Wen, Y. / Zhu, X. / Zhang, Q. / Liang, Y. / Li, H. / Xu, S. / Qiu, Y. / Chen, H. / Lin, W.J. / Wu, B.

履歴

登録	2023年11月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年11月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年4月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8x4q.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8x4q.ent.gz	751.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8x4q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/8x4q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/8x4q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8x4sC 8ziaC 8zicC 8zieC 8zigC 8zihC 8ziiC 8zimC 8zioC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: L-tryptophan decarboxylase

C: L-tryptophan decarboxylase

E: L-tryptophan decarboxylase

G: L-tryptophan decarboxylase

I: L-tryptophan decarboxylase

K: L-tryptophan decarboxylase

L: L-tryptophan decarboxylase

J: L-tryptophan decarboxylase

H: L-tryptophan decarboxylase

F: L-tryptophan decarboxylase

D: L-tryptophan decarboxylase

B: L-tryptophan decarboxylase

298 kDa, 12 ポリマー
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1

A: L-tryptophan decarboxylase

B: L-tryptophan decarboxylase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
49.7 kDa, 2 ポリマー
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2

C: L-tryptophan decarboxylase

D: L-tryptophan decarboxylase

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3

E: L-tryptophan decarboxylase

F: L-tryptophan decarboxylase

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4

G: L-tryptophan decarboxylase

H: L-tryptophan decarboxylase

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5

I: L-tryptophan decarboxylase

J: L-tryptophan decarboxylase

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6

K: L-tryptophan decarboxylase

L: L-tryptophan decarboxylase

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49.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	82.285, 120.763, 128.456
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.432, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	L-tryptophan decarboxylase 分子量: 45684.344 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Psilocybe cubensis (菌類) / 遺伝子: psiD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DPA6
#2: タンパク質・ペプチド	L-tryptophan decarboxylase / Psilocybin biosynthesis decarboxylase 分子量: 4021.680 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: The S403 was processed to a pyruvoyl group / 由来: (組換発現) Psilocybe cubensis (菌類) / 遺伝子: psiD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DPA6, L-tryptophan decarboxylase
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 868 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.72 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M Sodium citrate pH 5.6, 30% w/v Polyethylene glycol 4,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→30 Å / Num. obs: 80722 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 37.49 Å² / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.168 / R_pim(I) all: 0.07 / R_rim(I) all: 0.182 / Net I/σ(I): 9.1
反射シェル	解像度: 2.55→2.69 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.808 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 11754 / CC_1/2: 0.755 / R_pim(I) all: 0.34 / R_rim(I) all: 0.878 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21rc1_5156	精密化
autoPROC	1.20.1_4487	data processing
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AlphaFold

解像度: 2.55→29.37 Å / SU ML: 0.3198 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.0393
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2224	4090	5.07 %
R_work	0.1722	76589	-
obs	0.1747	80679	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→29.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18150	0	30	868	19048

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0076	18656
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8936	25311
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0543	2715
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0089	3346
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.6247	2483

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.55-2.58	0.3309	131	0.2588	2654	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.58-2.61	0.2833	150	0.2439	2584	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.61-2.64	0.3053	145	0.2375	2647	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.64-2.68	0.2773	134	0.2374	2627	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.68-2.72	0.2843	153	0.2281	2616	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.72-2.75	0.2474	141	0.2184	2668	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.75-2.8	0.2638	134	0.2063	2617	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.8-2.84	0.2706	143	0.2038	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.89	0.2986	131	0.2097	2632	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.89-2.94	0.2817	139	0.211	2676	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.94-2.99	0.2847	127	0.2184	2622	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.99-3.05	0.277	140	0.2128	2663	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.05-3.11	0.2702	122	0.2071	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.18	0.2741	156	0.2108	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
3.18-3.25	0.27	141	0.2001	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
3.25-3.33	0.2748	139	0.1938	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
3.33-3.42	0.233	156	0.1912	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
3.42-3.52	0.2286	133	0.1825	2654	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.52-3.63	0.2384	122	0.168	2661	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.64-3.76	0.2163	140	0.1623	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
3.76-3.91	0.1928	152	0.1554	2634	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.91-4.09	0.186	146	0.1474	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
4.09-4.31	0.172	142	0.1353	2657	X-RAY DIFFRACTION	99.96
4.31-4.58	0.2034	135	0.1335	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
4.58-4.93	0.1718	141	0.1293	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
4.93-5.42	0.1782	142	0.1389	2659	X-RAY DIFFRACTION	99.82
5.42-6.2	0.2021	139	0.1527	2664	X-RAY DIFFRACTION	99.96
6.2-7.79	0.1855	161	0.1497	2656	X-RAY DIFFRACTION	99.96
7.79-29.37	0.165	155	0.1352	2695	X-RAY DIFFRACTION	99.3

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -22.7452443195 Å / Origin y: -3.02823465971 Å / Origin z: 32.9501162156 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.215370723372 Å²	-0.00578016033594 Å²	-0.0146048716575 Å²	-	0.206523051865 Å²	0.0065700167341 Å²	-	-	0.220154456457 Å²
L	0.129815089746 °²	0.00277737045156 °²	-0.0864593679605 °²	-	0.0939426813878 °²	0.104630416692 °²	-	-	0.202456345045 °²
S	0.00283665188483 Å °	-0.0166999473194 Å °	0.0126136714709 Å °	0.0126198073539 Å °	0.0187844440467 Å °	-0.0267564125411 Å °	-0.000260732794135 Å °	0.0431847523588 Å °	-0.0205112012782 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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関連情報:EMDBヘッダ

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