PDB-8zig: Crystal structure of the methyltransferase PsiM in complex with s...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8zig

タイトル

Crystal structure of the methyltransferase PsiM in complex with s-adenosylmethionine (SAM)

要素

Psilocybin synthase

キーワード

TRANSFERASE / norbaeocystin / baeocystin / psilocybin / methyltransferase / SAM

機能・相同性

機能・相同性情報

psilocybin synthase / 4-hydroxytryptamine 4-phosphate methyltransferase activity / psilocybin biosynthetic process / rRNA base methylation / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Psilocybe cubensis (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.35 Å

データ登録者

Meng, C.Y. / Wen, Y. / Guo, W.T. / Wu, B.X.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural basis for psilocybin biosynthesis.
著者: Meng, C. / Guo, W. / Xiao, C. / Wen, Y. / Zhu, X. / Zhang, Q. / Liang, Y. / Li, H. / Xu, S. / Qiu, Y. / Chen, H. / Lin, W.J. / Wu, B.

履歴

登録	2024年5月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2025年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8zig.cif.gz	166.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8zig.ent.gz	108 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8zig.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/8zig ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zi/8zig	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8x4qC 8x4sC 8ziaC 8zicC 8zieSC 8zihC 8ziiC 8zimC 8zioC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Psilocybin synthase

ヘテロ分子

35 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.339, 126.744, 39.559
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

#1: タンパク質	Psilocybin synthase / Psilocybin biosynthesis methyltransferase 分子量: 34553.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: The first serine residue is from tag / 由来: (組換発現) Psilocybe cubensis (菌類) / 遺伝子: psiM / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: P0DPA9, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.88 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 30% w/v Polyethylene glycol 4,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→63.37 Å / Num. obs: 60331 / % possible obs: 93.1 % / 冗長度: 8.6 % / B_iso Wilson estimate: 12.65 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.074 / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 16.4
反射シェル	解像度: 1.35→1.43 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.593 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 5949 / CC_1/2: 0.672 / R_pim(I) all: 0.307 / R_rim(I) all: 0.694 / % possible all: 64.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
autoPROC		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8ZIE

8zie

解像度: 1.35→31.7 Å / SU ML: 0.1239 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.9837
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2038	3036	5.04 %
R_work	0.1825	57192	-
obs	0.1836	60228	93.08 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.35→31.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2352	0	27	200	2579

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0059	2470
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0201	3367
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0759	381
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0123	436
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.9065	352

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.35-1.38	0.2844	96	0.2906	1534	X-RAY DIFFRACTION	56.97
1.38-1.4	0.2803	99	0.269	1725	X-RAY DIFFRACTION	62.87
1.4-1.42	0.2971	105	0.2328	1957	X-RAY DIFFRACTION	70.18
1.42-1.45	0.2136	127	0.2239	2088	X-RAY DIFFRACTION	77.26
1.45-1.48	0.2368	127	0.2082	2357	X-RAY DIFFRACTION	85.57
1.48-1.51	0.2401	131	0.1966	2662	X-RAY DIFFRACTION	96.31
1.51-1.54	0.1958	143	0.1926	2792	X-RAY DIFFRACTION	99.97
1.54-1.57	0.2398	153	0.184	2743	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.57-1.61	0.2045	140	0.1924	2748	X-RAY DIFFRACTION	99.9
1.61-1.66	0.2093	150	0.186	2767	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.66-1.71	0.2138	146	0.1835	2770	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.71-1.76	0.2341	137	0.189	2793	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.76-1.82	0.1872	124	0.187	2783	X-RAY DIFFRACTION	99.76
1.82-1.9	0.179	159	0.1796	2771	X-RAY DIFFRACTION	99.69
1.9-1.98	0.2282	149	0.1828	2757	X-RAY DIFFRACTION	99.08
1.98-2.09	0.1833	147	0.1851	2811	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.09-2.22	0.1927	148	0.1791	2780	X-RAY DIFFRACTION	99.8
2.22-2.39	0.1805	139	0.1814	2786	X-RAY DIFFRACTION	99.42
2.39-2.63	0.2537	146	0.1888	2851	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.63-3.01	0.2154	162	0.1894	2811	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.01-3.79	0.1904	155	0.1723	2875	X-RAY DIFFRACTION	99.87
3.79-31.7	0.1758	153	0.1606	3031	X-RAY DIFFRACTION	99.72

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -16.7414360052 Å / Origin y: 15.6947350832 Å / Origin z: -16.4189349989 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.083735671269 Å²	-0.00603755520643 Å²	0.0075401850385 Å²	-	0.0839572075444 Å²	0.00309387188579 Å²	-	-	0.0857081270154 Å²
L	0.630120790234 °²	-0.0121845123435 °²	0.150135461621 °²	-	0.696499948806 °²	-0.0496243280525 °²	-	-	0.722538842305 °²
S	-0.00545176855619 Å °	-0.00398913462848 Å °	0.0385217180973 Å °	0.000768247806298 Å °	-0.00898392015628 Å °	-0.0434349684488 Å °	-0.0228610164825 Å °	0.0462943968689 Å °	0.0143626262272 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)