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- PDB-8zh7: Crystal structure of N-terminal domain of N-methyl-D-aspartate re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8zh7
タイトルCrystal structure of N-terminal domain of N-methyl-D-aspartate receptor subunit NR1 in complex with patient-derived antibody
要素
  • Antibody #003-102 heavy chain
  • Antibody #003-102 light chain
  • Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Receptor / Transmembrane / Ion channel / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


glycine-gated cation channel activity / excitatory chemical synaptic transmission / Synaptic adhesion-like molecules / response to glycine / propylene metabolic process / regulation of monoatomic cation transmembrane transport / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / NMDA glutamate receptor activity / neurotransmitter receptor complex / NMDA selective glutamate receptor complex ...glycine-gated cation channel activity / excitatory chemical synaptic transmission / Synaptic adhesion-like molecules / response to glycine / propylene metabolic process / regulation of monoatomic cation transmembrane transport / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / NMDA glutamate receptor activity / neurotransmitter receptor complex / NMDA selective glutamate receptor complex / Neurexins and neuroligins / ligand-gated sodium channel activity / glutamate binding / calcium ion transmembrane import into cytosol / protein heterotetramerization / glycine binding / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / monoatomic cation transmembrane transport / Negative regulation of NMDA receptor-mediated neuronal transmission / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / Long-term potentiation / monoatomic cation transport / excitatory synapse / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / monoatomic ion channel complex / regulation of neuronal synaptic plasticity / synaptic cleft / calcium ion homeostasis / glutamate-gated calcium ion channel activity / EPHB-mediated forward signaling / sodium ion transmembrane transport / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / excitatory postsynaptic potential / regulation of membrane potential / synaptic membrane / postsynaptic density membrane / brain development / visual learning / calcium ion transmembrane transport / regulation of synaptic plasticity / terminal bouton / synaptic vesicle / signaling receptor activity / amyloid-beta binding / RAF/MAP kinase cascade / response to ethanol / chemical synaptic transmission / dendritic spine / postsynaptic membrane / calmodulin binding / neuron projection / postsynaptic density / synapse / dendrite / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. ...: / : / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Nomura, N. / Kumazaki, K. / Amano, Y.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Monoclonal humanized monovalent antibody blocking therapy for anti-NMDA receptor encephalitis.
著者: Kanno, A. / Kito, T. / Maeda, M. / Yamaki, S. / Amano, Y. / Shimomura, T. / Anisimova, M. / Kanazawa, N. / Suzuki, K. / Razai, A. / Mihara, T. / Kubo, K. / Shimada, T. / Nakamura, K. / ...著者: Kanno, A. / Kito, T. / Maeda, M. / Yamaki, S. / Amano, Y. / Shimomura, T. / Anisimova, M. / Kanazawa, N. / Suzuki, K. / Razai, A. / Mihara, T. / Kubo, K. / Shimada, T. / Nakamura, K. / Nomura, N. / Kondo, Y. / Okimoto, A. / Sugiyama, A. / Park, D. / Stein, I. / Petshow, S. / Vandendoren, V. / Bilic, S. / Kazimi, R. / Eastman, V. / Snipas, S.J. / Mitchell, M. / Maurer, M. / Jefson, M. / Lichter, J. / Yamajuku, D. / Shirai, H. / Adachi, M. / Hoeppner, D.J. / Kubo, S. / Zito, K. / Iizuka, T. / Flynn, P. / Matsumoto, M.
履歴
登録2024年5月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
B: Antibody #003-102 heavy chain
C: Antibody #003-102 light chain
D: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
E: Antibody #003-102 heavy chain
F: Antibody #003-102 light chain
G: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
H: Antibody #003-102 heavy chain
I: Antibody #003-102 light chain
J: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
K: Antibody #003-102 heavy chain
L: Antibody #003-102 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)377,95712
ポリマ－377,95712
非ポリマー00
水00
1
A: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
B: Antibody #003-102 heavy chain
C: Antibody #003-102 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,4893
ポリマ－94,4893
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
E: Antibody #003-102 heavy chain
F: Antibody #003-102 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,4893
ポリマ－94,4893
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
H: Antibody #003-102 heavy chain
I: Antibody #003-102 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,4893
ポリマ－94,4893
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
J: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
K: Antibody #003-102 heavy chain
L: Antibody #003-102 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,4893
ポリマ－94,4893
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)287.010, 287.010, 53.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質
Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1 / GluN1 / Glutamate [NMDA] receptor subunit zeta-1 / N-methyl-D-aspartate receptor subunit NR1 / NMD-R1


分子量: 42620.430 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GRIN1, NMDAR1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q05586
#2: 抗体
Antibody #003-102 heavy chain


分子量: 26519.721 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体
Antibody #003-102 light chain


分子量: 25349.107 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M MES or HEPES, pH6.5-7.5, and 6-8 %w/v PEG20000

-
データ収集

回折平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→248.558 Å / Num. obs: 62589 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 42.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.268 / Rrim(I) all: 0.271 / Net I/σ(I): 16.03
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
3.5-3.592.79447520.4822.8331
3.59-3.692.0743930.6662.0961
3.69-3.81.60344370.7841.6231
3.8-3.911.21442280.8741.231
3.91-4.040.95241350.9260.9651
4.04-4.180.72240270.9580.7321
4.18-4.340.55238110.980.5581
4.34-4.520.42137670.9870.4261
4.52-4.720.3335140.9920.3341
4.72-4.950.2834400.9940.2831
4.95-5.220.26532020.9950.2681
5.22-5.530.24530630.9950.2481
5.53-5.920.23228870.9960.2341
5.92-6.390.20526510.9950.2071
6.39-70.18224730.9960.1851
7-7.830.14522540.9980.1461
7.83-9.040.11919600.9980.121
9.04-11.070.10516420.9980.1071
11.07-15.650.09812660.9980.0991
3.5-3.592.79447520.4822.8331

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.5→49.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 18.15 / SU ML: 0.305 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22724 3132 5 %RANDOM
Rwork0.18639 ---
obs0.18848 59463 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 132.166 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.31 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.31 Å2-0 Å2
3---0.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→49.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24484 0 0 0 24484
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01925076
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6641.94734144
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.48353184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.14824.3821004
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.546154072
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.64115116
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.23868
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02118792
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it9.63213.23712784
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it15.35619.81515952
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it9.05613.23412292
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined22.70637056
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.591 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.221 238 -
Rwork0.206 4505 -
obs--99.52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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