PDB-8zcm: Cryogenic Temperature Crystal Structure of Fc Fragment of Human I...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8zcm

タイトル

Cryogenic Temperature Crystal Structure of Fc Fragment of Human IgG1 from Biosimilar VEGF-Trap

要素

Immunoglobulin gamma-1 heavy chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / fusion protein / immunoglobin / N-glycans

機能・相同性

機能・相同性情報

immunoglobulin complex / adaptive immune response / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.64 Å

データ登録者

Destan, E. / DeMirci, H.

資金援助

トルコ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryogenic Temperature Crystal Structure of Fc Fragment of Human IgG1 from Biosimilar VEGF-Trap
著者: Destan, E. / DeMirci, H.

履歴

登録	2024年4月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年5月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8zcm.cif.gz	192.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8zcm.ent.gz	153.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8zcm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8zcm_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8zcm_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	8zcm_validation.xml.gz	18.8 KB	表示
CIF形式データ	8zcm_validation.cif.gz	24.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/8zcm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/8zcm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9iieC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (2) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Immunoglobulin gamma-1 heavy chain

B: Immunoglobulin gamma-1 heavy chain

ヘテロ分子

50.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.450, 79.620, 125.540
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体

Immunoglobulin gamma-1 heavy chain / Immunoglobulin gamma-1 heavy chain NIE

分子量: 23634.676 Da / 分子数: 2 / 断片: Fc Fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト)
発現宿主:

Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P0DOX5

#2: 多糖

beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1625.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGalpb1-4DGlcpNAcb1-3DManpa1-6[DGlcpNAcb1-2DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpb1-6]DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/5,9,8/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5][a1221m-1b_1-5]/1-1-2-3-1-3-1-4-5/a4-b1_a6-i1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f3-g1_g4-h1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}}}[(6+1)][b-L-Fucp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1260.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-2DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/4,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-3-1-4/a4-b1_a6-g1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e2-f1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 化合物

ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル

分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.18 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: batch mode 詳細: 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月16日

放射

モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.64→46.01 Å / Num. obs: 14547 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 2.85 % / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.106 / R_rim(I) all: 0.128 / Net I/σ(I): 7.55

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
2.64-2.8	0.876	2341	0.441	1.071	1
2.8-2.99	0.578	2131	0.574	0.72	1
2.99-3.23	0.32	2062	0.85	0.392	1
3.23-3.54	0.185	1867	0.938	0.225	1
3.54-3.96	0.131	1733	0.967	0.157	1
3.96-4.57	0.076	1525	0.989	0.091	1
4.57-5.6	0.064	1310	0.99	0.077	1
5.6-7.92	0.06	1009	0.993	0.073	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
XSCALE		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.64→46.01 Å / SU ML: 0.73 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 49.36 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.4093	1454	10.01 %
R_work	0.354	-	-
obs	0.3597	14531	95.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.64→46.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3312	0	201	29	3542

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3624
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.547	4940
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.543	1409
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	595
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	608

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.64-2.73	0.3978	145	0.3655	1303	X-RAY DIFFRACTION	98
2.73-2.84	0.4349	144	0.3736	1300	X-RAY DIFFRACTION	97
2.84-2.97	0.4136	142	0.3978	1270	X-RAY DIFFRACTION	96
2.97-3.13	0.4228	146	0.4208	1315	X-RAY DIFFRACTION	96
3.13-3.33	0.503	139	0.4342	1264	X-RAY DIFFRACTION	94
3.33-3.58	0.5129	144	0.4014	1295	X-RAY DIFFRACTION	96
3.58-3.94	0.4918	148	0.3714	1322	X-RAY DIFFRACTION	97
3.94-4.51	0.3762	147	0.3551	1330	X-RAY DIFFRACTION	96
4.51-5.68	0.3616	147	0.3179	1320	X-RAY DIFFRACTION	96
5.69-46.01	0.3419	152	0.2942	1358	X-RAY DIFFRACTION	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2689	-0.1477	0.7964	0.3816	-0.3781	1.3715	-0.1417	1.6656	0.271	-0.8447	0.4136	-0.4932	-0.0366	0.3029	0.5771	2.1495	-0.4971	1.1322	1.9084	0.5162	1.4885	-6.8984	12.3734	2.5276
2	1.6417	-0.2141	0.3217	2.5861	0.0406	2.125	-0.6168	-0.3702	-0.1565	1.0131	0.2028	0.2542	0.2641	-0.0822	0.1372	0.626	0.1566	0.2534	0.5847	-0.0764	0.3006	-6.0563	10.4483	34.2809
3	1.7895	-0.1872	-0.7845	2.5016	0.9001	2.7506	0.0721	-0.2728	-0.0986	-0.011	-0.3444	0.2392	-0.2868	-0.0117	-0.3173	0.4197	0.195	0.3357	0.4339	0.1972	0.6791	16.1184	-12.6814	19.0485
4	1.1521	0.2497	0.039	0.449	-0.2332	0.382	-0.4083	0.4576	-0.28	-0.2491	0.1797	-0.093	0.2509	0.04	0.1194	0.4363	-0.0851	0.1855	1.4523	0.6036	0.5936	19.3516	-15.4755	1.4477
5	3.9478	1.8896	2.7077	6.4139	1.6987	4.5417	-0.2989	0.413	0.8204	-0.4103	-0.5958	1.26	0.2239	0.0373	0.7467	1.0776	0.2689	-0.1916	0.6186	-0.0551	0.7519	16.4061	-18.7364	6.5639
6	0.8297	0.1158	0.3609	1.3464	-0.2486	0.8224	-0.4181	0.3389	0.5638	-0.7645	-0.1395	0.0309	-0.0691	0.4891	0.1028	0.351	-0.3773	-0.0462	0.2886	0.2908	0.2937	23.0001	-10.0125	12.3924
7	0.8599	0.2236	1.1601	2.3837	-0.0926	1.6313	-0.0638	0.2163	0.5308	0.0554	-0.6263	0.069	0.2714	-0.3536	0.2929	1.2761	0.2475	0.0507	0.5853	-0.1149	0.5585	3.6849	1.1079	38.2395
8	1.0644	0.1297	0.5794	1.8056	0.4682	1.3502	-0.0836	-0.1128	-0.1698	0.4491	-0.1741	0.1434	0.081	-0.2672	-0.0153	0.7107	0.193	-0.0451	0.5012	-0.1598	0.2689	2.5556	-4.5251	36.0459
9	1.2959	-2.1	0.4045	5.1212	-2.1233	2.5262	-0.1786	-0.4461	-0.1509	1.1219	1.0132	0.574	-0.5945	-0.278	0.2087	0.9502	0.4192	0.0131	0.8805	-0.2238	0.4382	2.3947	-9.3634	44.3015
10	0.1464	0.3525	-0.5559	0.8614	-1.162	2.3727	-0.1108	-1.0153	-0.5733	-0.1562	0.2152	0.147	0.233	0.1093	0.0653	1.385	0.1486	-0.3286	0.8014	0.2761	0.4406	13.0111	-6.2021	41.8354

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 223 through 321 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 322 through 428 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 222 through 249 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 250 through 264 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 265 through 286 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 287 through 321 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 322 through 357 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 358 through 403 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 404 through 413 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 414 through 428 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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